Кроме перечисленных в Индонезии существовало множество мелких групп, активно в сопротивлении не участвовавших, но ожидавших момента выступить против японцев. Само существование таких групп говорит о масштабах недовольства японской оккупацией. Однако яркая миротворческая агитация Сукарно, Шарира и Хатты нередко приводила к тому, что эти группы до самого конца войны ограничивались составлением планов на будущее.
Наконец, за годы оккупации в Индонезии произошло несколько крестьянских восстаний, вызванных тяжелым положением в деревнях. Они были стихийными, японцы подавляли их поодиночке, и угрозы оккупационному режиму они не представляли.
Осенью 1943 г. японцы, трезво оценивая обстановку в стране и будучи уверены в том, что общенациональное сопротивление им не угрожает, наконец-то дали согласие на организацию индонезийской "добровольческой" армии ПЕТА. Создание ее вызывалось ходом войны, требовавшим все больших подкреплений на островах Тихого океана. Людские ресурсы Японии были уже в значительной степени исчерпаны, тогда как гарнизонную службу в оккупированных странах несли кадровые части. Для того чтобы освободить эти части и перебросить их в места боевых действий, японцы нуждались во вспомогательных национальных частях, на которые можно было бы возложить охранные функции, гарнизонную службу во второстепенных пунктах и т. д. Поэтому акция, вроде бы направленная на удовлетворение просьб индонезийских националистов, на самом деле должна была принести пользу японской армии. Именно этим и можно объяснить, почему японцы решили сразу создать ПЕТА в значительных масштабах - она должна была состоять из 81 территориального батальона численностью 600-800 человек каждый. Таким образом, японцы предоставляли оружие более чем 50 тыс. индонезийцев, в симпатиях которых они имели основания сомневаться. Можно вспомнить, что численность бирманской армии, во главе которой стояли японские офицеры и бирманцы, получившие военную подготовку в Японии и проверенные в боях с англичанами, японское командование сократило в 1942 г. до 3 тыс., а потом даже в самые трудные для себя дни, когда оно нуждалось во вспомогательных войсках, более 7-8 тыс. человек в нее не записывало. Объяснение этому, на наш взгляд, заключается не в разнице в численности населения или площади этих стран, а в глубоком убеждении японцев, что части ПЕТА будут лишены общего командования, разобщены, а лидеры национального движения будут достаточно последовательны в желании не допустить никаких антияпонских выступлений в ПЕТА и будут рассматривать эти части как свой боевой резерв на случай, если Япония уйдет из Индонезии и надо будет бороться за власть как с голландцами, так и с внутренней оппозицией.
Доказательством того, что японцы не опасались восстания индонезийской армии, служит тот факт, что ПЕТА была весьма неплохо вооружена. Бирманская армия о таком вооружении могла только мечтать. Каждый батальон состоял из трех стрелковых рот и роты тяжелого оружия, делившейся на два минометных и два артиллерийских взвода. Правда, до поры до времени минометы и орудия армии не выдавались, а находились на складах, но по японским планам в случае высадки войск союзников батальонам ПЕТА предназначалась роль береговой охраны, которая должна была принять первый удар.
Армия создавалась срочно, и японцы проводили мобилизацию в нее, используя находившиеся под их эгидой молодежные организации. Были созданы краткосрочные курсы для подготовки младшего командного состава из индонезийцев, а также офицерские курсы, куда направляли образованных индонезийцев - студентов, учителей, клерков и т. д. Индонезийские солдаты и курсанты подвергались жестокой муштре. Японские унтер-офицеры обращались с ними как с японскими новобранцами, не делая никаких скидок, прибегая к побоям и наказаниям, заключавшимся в том, что курсантов и солдат заставляли часами стоять на коленях под солнцем; плохо кормили, так что некоторые из них умирали от истощения.
Командование армией ПЕТА японцы не намеревались выпускать из своих рук. При каждом командире батальона - индонезийце находился японский инструктор, инструкторы были в каждой роте и взводе. Для подготовки резерва армии ПЕТА японцы параллельно с ее созданием расширяли сеть молодежных военизированных организаций. Это были организация крестьянской молодежи "Сейнендан", которая выполняла зачастую роль деревенской полиции, организация городской и студенческой молодежи "Гакутотай" и крупнейшая из них - "Кейбодан" с числом членов более миллиона, которая занималась тушением пожаров и помогала бороться с последствиями воздушных налетов. Помимо этих организаций существовало немало других, в том числе ассоциации китайцев, охранная служба прибрежных вод, союзы "Бари-сан пелопор" (Боевой отряд), "Ангкатан муда" (Молодое поколение) и др. Это разнообразие объяснялось как желанием различных клик в армии, флоте и администрации создать "свои" организации, так и тем, что, создавая чувство причастности к той или иной организации, втолковывая идеалы преданности знамени и т. д., японцы старались разобщить молодежное движение.
Опыт создания прояпонских организаций, оправдавший себя, по мнению японцев, в Индонезии, они попытались перенести на Филиппины. Старые политические партии Филиппин, как поняли японцы через несколько месяцев после начала оккупации, являлись генераторами недовольства. Как ни старались их лидеры воздерживаться от выступлений против японцев, сам факт существования организаций, не обязанных своим созданием Японии и проповедовавших теории, так или иначе противоречившие концепциям "сферы сопроцветания", мог способствовать росту "подрывных действий" против Японии. К концу 1942 г. по крайней мере две партии, социалистическая и коммунистическая, находились в состоянии войны с японскими оккупантами, завтра это могло случиться и с другими политическими организациями. Поэтому японцы перестали играть в демократию и в конце года запретили все прежние политические партии. Вместо них была организована единая прояпонская политическая организация - Общество служения возрожденным Филиппинам (Калибапи), которая должна была объединить все национальные силы, все организации в области "культуры, идеологии, экономики для борьбы за возрождение Филиппин как составной части Великой Восточноазиатской сферы сопроцветания в сердечном сотрудничестве с военной администрацией Японии на Филиппинах". Во главе Калибапи был поставлен Варгас, его заместителем стал Акино, бывший министр в кабинете Кесона. Разговоры о независимости были оставлены, и инспирированные военным командованием японские общественные и военные деятели начали весьма откровенно запугивать филиппинцев. "Вы жаждете в качестве подарка от Японии независимости, - говорил по радио японский писатель Кимура, - тогда как вашей молодежи нужна скорее розга, чем независимость. Поэтому сначала Япония розгой пробудит в вас, молодых филиппинских бездельниках, расовое самосознание, а затем вы получите право думать о независимости". Такое выступление не было изолированным. Оккупанты были раздражены совершенно неожиданным для них размахом сопротивления, которое срывало возможности спокойно обирать страну, заставляло держать гарнизоны в маленьких городках и вело к тому, что японские сборщики налогов и даже военные чины не рисковали появляться малыми группами вне городов на Лусоне и Минданао и даже в Маниле не смели в одиночку выйти ночью на улицу.
Политика "твердой руки", не поддержанная до конца 1943 г. позитивными шагами, не смогла остановить ни расширение сопротивления, ни постоянное сужение базы японцев на островах. Чтобы удержать на своей стороне хотя бы имущие слои населения и правых националистов, надо было обратиться к "прянику". Однако решение Совета министров Японии предоставить Филиппинам независимость, о чем еще осенью 1942 г. не было и речи, явилось запоздалым шагом, так как американцы проявили куда большую оперативность, чем их европейские союзники. В Вашингтоне было принято решение опередить японцев, а так как Кесон и Осменья жили в США, то сделать это можно было с достаточной долей политической элегантности: 13 августа 1943 г. Рузвельт заявил, что США рассматривают эмигрантское правительство Филиппин "как обладающее теми же правами, что и правительство любого иного суверенного государства". 6 сентября Рузвельт обратился к конгрессу с посланием, в котором предлагал провозгласить независимость Филиппин, как только позволят обстоятельства. Это послание, пройдя через палату представителей и сенат, стало Законом о независимости Филиппин 29 июня 1944 г.