Следует заметить, что "желтый" расизм японской пропаганды входил в противоречие с чисто прагматическими целями военных и политиков, и оттого "табель о рангах" различных этнических групп Малайи не вполне соответствовала реальному положению вещей. Официально на первом месте в Малайе стояли малайцы, которых объявили "братьями" японцев и противопоставляли всему "пришлому" населению. Однако в действительности наиболее тесные связи у японской армии были не с малайцами, а с индийцами. Это было вызвано тем, что в Сингапуре базировалась армия С. Ч. Боса и там же находилось его Временное правительство свободной Индии. Так как движению Боса придавали большое значение в Токио, в Малайе японцы старались не возбуждать против себя сильную индийскую общину. В результате и экономические позиции индийского капитала, хотя и подорванные нарушением традиционных колониальных связей, не так ущемлялись, как в других оккупированных странах, и индийская община в целом была менее других национальных групп поражена войной, хотя, конечно, японская оккупация отнюдь не улучшила ее положения, и чем ближе к концу войны, тем сильнее были в ней антияпонские настроения. Условия в лагерях, где содержались пленные индийцы, были куда лучше, чем в лагерях для военнопленных англичан, и именно из военнопленных агентам Боса удалось набрать костяк своей армии - несколько тысяч военнопленных предпочли жить в казармах ИНА, а не за колючей проволокой в лагерях.
Подавляющей массе малайцев - крестьян и рабочих на плантациях - "расовая близость" к японцам не мешала бедствовать, голодать и умирать в трудовых батальонах, хотя в целом малайское крестьянство, особенно в тех областях, где оно могло самообеспечиваться, пострадало не так, как население городов. В то же время национальное малайское буржуазное движение после 1943 г. заметно активизировалось. Сознавая свою слабость, оно в основном надеялось добиться успехов путем союза с более сильным национально-освободительным движением Индонезии. Союз молодой Малайи завязал связи с индонезийскими националистами и даже с созданной японцами индонезийской армией ПЕТА, подполковником которой стал один из лидеров СММ - Ибрахим бин Якоб. Однако прошел еще год, прежде чем японцы всерьез восприняли паниндонезийские идеи. В июле 1945 г. в Сингапуре состоялась конференция представителей японской военной администрации всех тех образований, на которые делился малайско-индонезийский мир. Это совещание запоздало на много месяцев и никакого значения не имело, ибо капитуляция Японии была близким делом. На совещании японские администраторы наконец-то решили поддержать концепцию Великой Индонезии, которая могла привлечь на их сторону малайскую и индонезийскую буржуазию и сделать ее союзником в борьбе с растущим партизанским движением, руководимым чаще всего левыми силами. В результате этой конференции в Малайе было разрешено создание националистической организации КРИС (Особое народное движение). Прошел еще месяц, прежде чем Ибрахиму бин Якобу удалось собрать в Куала-Лумпуре учредительную конференцию КРИС, на которую приехали представители 20 различных организаций.
В определении судеб Малайи эта конференция никакой роли сыграть уже не могла - Япония капитулировала, а Индонезия провозгласила свою независимость отдельно от Малайи. Решения конференции имели значение лишь для будущих отношений с Англией, и именно Великобританию имели в виду делегаты конференции, когда принимали резолюцию о борьбе за независимость Малайи с целью присоединения к Индонезии. Ибрахим бин Якоб после этого перебрался в Индонезию, а руководство КРИС перешло к д-ру Бурхануддину. В течение еще одного месяца эта организация принимала резолюции, пока не вошли английские войска и не закрыли ее. Однако сам опыт существования КРИС не прошел бесследно, так как это было первое значительное объединение малайской буржуазии, и из КРИС выросла через некоторое время Малайская национальная партия, сыгравшая определенную роль в освобождении Малайи от колониальной зависимости.
На нижней ступени социальной лестницы в оккупированной Малайе оказались китайцы, причем если китайская буржуазия была лишь ограблена, то десятки тысяч китайских кули, и до войны бывших самой бесправной частью населения страны, оказались в невыносимом положении. Они не могли, подобно малайцам, уйти к родственникам в сельскую местность, не могли, как индийские кули, вступить в армию. Единственной альтернативой голодной смерти для многих из них оказалось бегство на границу джунглей, где женщины, дети и старики могли хоть как-то прокормиться, собирая дикие растения и очищая небольшие участки земли для посева, а молодые мужчины - присоединиться к партизанам.
Коммунисты, которым удалось скрыться из Сингапура после его падения, ушли в горные районы Джохора, а те, что оставались в северных княжествах, - в горы Перака и уже в первые недели японской оккупации создали там группы сопротивления. Партизанские отряды, действовавшие в горах Малайи, быстро росли, и к началу 1943 г. в Антияпонской армии народов Малайи (ААНМ) насчитывалось более 7 тыс. бойцов. Армия эта опиралась на поддержку созданного в подполье и выросшего вскоре до 300 тыс. человек Антияпонского союза Малайи (АСМ). Сочетание боевых действий и широкого народного сопротивления придало антияпонской борьбе в Малайе особенно массовый и организованный характер. Антияпонская армия имела единое командование и подразделялась на полки, батальоны и роты. Во главе каждого подразделения стояли командир, политкомиссар и работник, руководивший образованием бойцов. Отряды имели свои зоны, базы в горах и хорошо налаженную связь с городами и отделениями Антияпонского союза, которые помимо снабжения партизан продовольствием и деньгами образовали добровольную разведсеть, охватившую всю страну. Поэтому японцы уже с 1943 г. чувствовали себя в Малайе неуверенно, и за пределами городов власть практически принадлежала партизанам.
Существование мощной армии, с которой японцы ничего не могли поделать, способствовало созданию в военные годы единого антияпонского фронта и сплочению основных национальностей страны. Большинство бойцов в ААНМ были китайцами, но в ее отрядах сражались также и индийцы, и малайцы. Руководители армии подчеркивали этот факт, и само антияпонское движение получило название "движение трех звезд" (На красном флаге ААНМ были три звезды, символизирующие китайцев, малайцев и индийцев, объединенных в борьбе против оккупантов).
В 1944 г. английская разведка наладила связи с партизанами Малайи, координировала с ними действия, снабжала оружием и получала разведданные. Однако, несмотря на попытки в этом направлении, никакой власти над Антияпонской армией англичане не имели и даже не знали, кто конкретно ею руководит.
С начала 1945 г. ААНМ перешла от диверсий и засад на дорогах и у местных комендатур к более широким операциям. Особо крупные сражения разгорелись в Джохоре, когда японские карательные отряды попытались ликвидировать партизанские базы. Считается, что в этих боях погибло более тысячи японских солдат. Вскоре в Малайе возникли освобожденные районы, ставшие базой для проведения первых социальных преобразований в стране. Незадолго до конца войны компартия Малайи опубликовала программу, в которой ставились, в частности, следующие задачи: изгнание японских фашистов и образование в Малайе республики; создание правительства, представляющего все национальности; преобразование партизанских отрядов в Национальную армию обороны.
Летом 1945 г. ААНМ контролировала уже несколько городов и большую часть территории горных штатов. На ее счету было более 10 тыс. убитых японских солдат, а сами партизаны потеряли в боях с карателями куда больше. Всего же за годы оккупации число жертв японских захватчиков составило более 100 тыс. человек.
Когда японцы капитулировали, английских войск в Сингапуре еще не было. Отряды антияпонской армии покидали джунгли и занимали города. С ними вместе выходили сотни тысяч семей, которые, как указывалось, бежали в леса из городов, с приисков и плантаций - кто от голода, кто от преследований. Это было в основном китайское, абсолютно бесправное и изголодавшееся население, которое, с одной стороны, подвергалось преследованиям японцев и уничтожалось ими в ходе карательных экспедиций, с другой - было резервом антияпонской армии, ее глазами и ушами.