Пока в Куала-Лумпуре заседали немногочисленные политики из КРИС, рассуждая о возможностях присоединения к Индонезии, страна была похожа на развороченный улей - все было в движении, сотни тысяч людей шли по дорогам, возвращаясь в города или на плантации. Отряды Антияпонской армии старались наладить порядок, формируя местные органы власти, организуя милицейскую службу и хоть какое-то снабжение городов. Возрождались профсоюзы. В то же время единство действий, достигнутое во время войны, начало рушиться. Малайская буржуазия ждала возвращения англичан, потому что считала, что господствующее влияние коммунистов (в основном китайцев) в Антияпонской армии угрожает ее позициям в стране. Политика японцев, никогда не устававших утверждать, что Малайя страна, где малайцы - "высшая раса", а китайцы - пришельцы, которых держат из милости, также дала свои плоды. Месяц, прошедший между капитуляцией Японии и приходом английских войск, характерен появлением трений между этническими группами страны. Начались стычки и внутри китайской общины, в которой шло размежевание между сторонниками Коммунистической партии Малайи и Гоминьдана.
Таким образом, промежуток между уходом японцев и приходом европейцев привел к провозглашению независимости Малайи. Главной причиной этого являлась национальная рознь, накладывавшаяся на социальные противоречия. Этот фактор использовали в своих интересах англичане. Первой же их акцией по возвращении в Малайю было изменение административного устройства страны, объявленное в октябре 1945 г. Система косвенного управления через султанов ликвидировалась, и Малайя разделялась на две части. Собственно Малайя, состоявшая из девяти султанатов и двух сеттльментов, объявлялась коронной колонией Малайский Союз. Сингапур с его по преимуществу китайским и индийским населением становился отдельной колонией. Местные органы власти, установленные Антияпонской армией, были распущены.
В отличие от материковой Малайи на Северном Калимантане в Сараваке и Сабахе никакого сопротивления оккупантам на первых порах не было. Его вызвали к жизни сами японцы, которые начали сгонять население на принудительные работы, отбирать рис и продовольствие. К тому же всякий обмен с другими странами прекратился, и, как везде, вскоре начала ощущаться нехватка предметов широкого потребления. Хуже всех приходилось китайцам, составлявшим в Сараваке и Сабахе многочисленную общину. В их руках находилась, в частности, почти вся местная торговля. Среди китайцев Саравака были сильные проанглийские настроения, и когда с 1943 г. в Сараваке начали появляться английские разведчики, они встретили там благожелательный прием. В Сабахе же существовали традиционные и тесные связи с филиппинскими островами Сулу, где разворачивалось партизанское движение против японцев. Слухи об успехах партизан на Сулу, сообщения о неудачах японцев на тихоокеанских островах возрождали надежды на то, что захватчиков скоро можно будет изгнать.
Особенно быстро стали развиваться события, когда во главе антияпонского движения в Сабахе встал молодой англизированный китаец Альберт Куок, создавший Ассоциацию обороны заморских китайцев и установивший постоянные связи с американской разведкой. Куок полагал, что, если поднять восстание в Сабахе, японский гарнизон которого был весьма слаб, и договориться о помощи с филиппинскими партизанами, можно будет освободить Сабах, не дожидаясь, когда придут союзники. Узнав об этом, американские разведчики встревожились восстание было почти наверняка обречено на неудачу, и в таком случае разведка США лишалась важной базы в этом районе. Возможно, восстание и удалось бы отсрочить, но в начале октября 1943 г. стало известно, что японцы намерены провести новый набор для дорожных работ, а также собираются вывезти очередную партию девушек-китаянок для публичных домов. Немедленно были отправлены гонцы на Сулу, откуда прибыло несколько прау - длинных лодок с вооруженными партизанами. 10 октября они напали на г. Джесселтон (ныне Кота-Кинабалу) с моря, тогда как местные китайские отряды - с суши. Японский гарнизон, не ожидавший нападения, был перебит до последнего человека. Нападающие вооружились трофейным оружием и стали ждать подкреплений с Сулу или помощи от американцев.
Японское командование в Сабахе было перепугано не столько самим восстанием, сколько возможной реакцией своего начальства и тем, как бы выступление китайцев Сабаха не послужило примером для соседних областей. Японцы подтянули артиллерию и начали бомбардировать Джесселтон, а повстанцы тем временем не нашли ничего лучшего, как штурмовать прибрежный японский пост. Когда пост взять не удалось, среди повстанцев, как часто бывает при стихийном и плохо организованном бунте, воцарилось уныние, и они разбежались по деревням.
В ближайшие дни японцы методично прочесали все окрестности. Любая деревня, которую подозревали в том, что она дала приют повстанцам, сжигалась, ее жителей расстреливали. Чтобы предотвратить дальнейшие жертвы, вождь восстания Куок, скрывавшийся в джунглях, решил сдаться. (Японцы обещали прекратить репрессии, если сдадутся руководители штурма.) 19 декабря он пришел в комендатуру и объявил японцам, что теперь можно прекратить казни. Естественно, ничего не изменилось. Охота за повстанцами продолжалась еще месяц. И только когда японцы решили, что население области достаточно напугано, они устроили завершающую публичную массовую казнь. 21 января Куок и 175 повстанцев были обезглавлены. 130 человек, в основном те, кто в восстании участия не принимал, были отправлены в концлагерь на о-ве Ла-буан, где почти все погибли.
Но спокойствие японцев было недолгим. Прошло совсем немного времени и созрело новое восстание. Оно должно было начаться 13 апреля 1944 года, но буквально за день до этого японцы узнали о нем и успели арестовать всех его руководителей. На этот раз месть японцев была особенно жестокой: на прибрежных островах, куда должны были пристать прау с Сулу, было перебито все мужское население. Снова начались казни в Джесселтоне и внутри страны.
10 июня 1945 г. на Лабуане и в Брунейском заливе высадилась 9-я австралийская дивизия, которую поддерживала военная эскадра. Японские войска, которые были к тому времени значительно усилены и насчитывали около 20 тыс. человек, упорно сопротивлялись и отказались сдаваться даже после капитуляции Японии. Лишь 11 сентября австралийцы вошли в Кучинг, а 23 сентября - в Джесселтон. На западном побережье Сабаха японцы держались до 19 октября. Бои были настолько отчаянными, что в Джесселтоне, когда туда вошли австралийцы, остался невредимым лишь один дом, а в Сандакане - ни одного.
В отношении Индонезии японские власти и в последние полтора года оккупации продолжали проводить политику проволочек. С одной стороны, никто не препятствовал Сукарно и другим националистам периодически просить японцев поспешить с независимостью, с другой - никаких практических шагов в этом направлении не предпринималось. Во второй половине 1943 г. получили "независимость" Бирма и Филиппины, в октябре последовало признание "суверенной державой" марионеточного Китая. В Индонезии же все ограничивалось деятельностью совещательных советов, членам которых выдавали автомашины и особняки из числа конфискованных у голландцев. Правда, японцы пригласили нескольких индонезийских лидеров в Токио, чтобы они могли лично выразить благодарность императору за то, что индонезийцам "предоставили возможность принять участие в управлении своей страной". Индонезийских делегатов заставили три дня репетировать поклоны и примерять черные фраки, а во время приема император даже протянул Сукарно руку, после чего индонезийцам были вручены ордена Восходящего солнца высоких степеней. Поездка в Японию широко освещалась в японской и индонезийской прессе, но для индонезийцев была полна разочарования. К тому же по возвращении японское командование информировало Сукарно, что Путера не отвечает возложенным на нее задачам и потому должна быть распущена. Вместо нее с 1 марта 1944 г. начала функционировать организация "Джава хококай" (Союз верности народу), которая была под еще более строгим контролем, чем Путера. И хотя Сукарно был назначен главой этого союза, его самостоятельность была еще более ограниченна. Фактически всю свою энергию оратора он тратил на агитацию в пользу трудовой повинности, реквизиций и преданности японскому "старшему брату".