1862 год выдался весьма знаменательным в жизни Бородина. Во-первых, он стал адъюнкт-профессором Медико-хирургической академии и начал читать в ней курс неорганической химии, а вскоре возглавил кафедру химии в должности ординарного профессора.
Во-вторых, в этом году Мусоргский привел его на вечер, где собралась будущая Могучая кучка: молодые офицеры Николай Римский-Корсаков и Цезарь Кюи и их идейные вдохновители: критик В. В. Стасов и композитор М. А.Балакирев. Эта встреча во многом определила будущую музыкальную судьбу Александра Порфирьевича.
Интересно, что из «Могучей кучки» двое: блестящий морской офицер Римский-Корсаков и не менее блестящий гвардеец Мусоргский, пожертвовали ради музыки своей военной карьерой. А Кюи, как и Бородин, всю жизнь совмещал музыку и науку: он был инженер-генералом и профессором фортификации Михайловской военной академии.
В 1865 году в сознании Бородина произошел перелом. Он завершил свою Первую симфонию. Симфония нашла восторженный отклик у публики и в музыкальных кругах, причем не только на родине: ею от души восторгался Лист, о чем он лично сказал Александру Порфирьевичу при встрече. И Бородин окончательно осознал свое второе призвание, он понял, что он не просто химик, увлекающийся музыкой, а настоящий музыкант, от которого многого ждут.
Тут уже пришла пора проявлять свою ревность его музыкальным коллегам. Бородин писал урывками, медленно, научные и общественные занятия постоянно отвлекали его от музыки. Коллеги и призывали его больше заниматься музыкой, и мечтали, чтобы он заболел. Даже Чайковский, которого трудно было заподозрить в особых симпатиях к «Могучей кучке» — слишком разными были их устремления и вкусы — писал о Бородине: этот сильный талант гибнет из-за слепого фатума, приведшего его на кафедру химии.
Своего «Князя Игоря» композитор писал с перерывами 18 лет, да так и не закончил. Римский-Корсаков, который очень любил Бородина и постоянно заботился, чтобы «Игорь» двигался, вспоминает, как однажды он встретил Александра Порфирьевича, который обещал ему дописать второй акт и переложить с клавира на оркестр «Половецкие пляски».
«Дописали ли вы?» — «Дописал, целых два письма». — «Переложили ли?» — «Переложил, с рояля на письменный стол».
И Николай Андреевич стал гневно пенять Бородину, а в конце концов заплакал. Он вместе с Глазуновым и заканчивал «Игоря», восстанавливая утраченное по записям и наброскам композитора.
Певица Н. Пургольд, жена Римского-Корсакова, даже подарила Александру Порфирьевичу черепаху. На что Бородин со свойственным ему добродушием, не обиделся. А сказал «Да, ленив и медлителен, что же делать».
Ленивым его уж никак назвать было нельзя. А вот рассеяным — точно, можно было. Правда, отнести это следует не к научной и не к общественной деятельности Александра Порфирьевича, где он был на редкость собран и энергичен, и даже не к музыке, а к обыденной жизни. Тот же Щиглев вспоминает, что раз Бородин пригласил гостей. Уже за полночь, все разошлись, а один никак не уходит. Бородин мягко ему намекает, что пора, мол. Тот отвечает: да, пора, и продолжает сидеть. И так несколько раз. В конце концов выясняется, что это как раз Бородин пришел к нему в гости.
В своей общественной деятельности Александр Порфирьевич никогда не знал устали. Он вместе с Балакиревым способствовал учреждению в Петербурге Бесплатной музыкальной школы. Он использовал все свое влияние, чтобы защитить своих учеников, участвовавших в студенческих волнениях, от преследований полиции. Он издавал и редактировал журнал «Знание». Он вместе с Менделеевым был одним из основателей Русского химического общества.
Но одним из главных дел жизни Бородина стало учреждение в 1869 году Высших женских врачебных курсов. Мысль основать в России первую женскую высшую школу (до этого женщинам были доступны лишь институты благородных девиц) властям пришлась не по вкусу. Требовалось только разрешение, так как и Бородин, и помогавший ему профессор Бекетов, и все, кто с энтузиазмом включились в эту борьбу, наперед знали, что денег правительство не даст. «Это затея вашего кружка, — заявил министр народного просвещения граф Толстой, — Этого совсем не надо для женщины. Она выйдет замуж, и науки в сторону». Бородин уговорил всех профессоров работать на Курсах безвозмездно, и сам читал там курс химии. А когда для химической лаборатории понадобилось серебро, не колеблясь, отнес туда все фамильное.