На станции за последнее время были выполнены основательные работы по комплексному описанию ряда портовых районов Азовского моря и Кавказского побережья. Их результаты легли в основу около десяти очень ценных монографий с большим количеством гидрологических, биологических и санитарных данных. Но вместе с тем, к моему величайшему изумлению, превосходные работы В. П. Воробьева по бентосу Новороссийской бухты и по биологии полихет, уже сданные в печать, оказались возвращенными назад. Их решили не издавать под предлогом, что бумага понадобилась для новых работ станции. Обнаружились и другие довольно грубые попытки затушевывания прошлой деятельности станции. Все это вызвало справедливую, но довольно резкую реакцию со стороны В. П. Воробьева, в то время заместителя директора Керченского института (АЗЧЕРНИРО).
Вскоре после юбилея профсоюзное собрание станции постановило просить об устранении некоторых сотрудников как дезорганизаторов работы коллектива. Ростовский университет признал необходимым сменить директора станции. На эту должность временно назначили одного из местных хозяйственных работников, который действительно сумел установить нормальные отношения в коллективе. Спустя некоторое время по моему совету на должность директора был приглашен С. М. Малятский.
Между тем на Севастопольской станции тоже обострились мои разногласия с маленькой группой «недовольных». Последних я публично упрекал в нежелании печатно отчитываться в своей экспедиционной работе, публиковать результаты экспедиционных исследований. По существующему статусу я был лишь заместителем директора станции, ее же директор академик С. А. Зернов постепенно попал под влияние «недовольных». Это сильно мешало работе, и я подал Зернову заявление с просьбой перевести меня на должность научного сотрудника. С. А. Зернов просил меня не уходить и обещал все уладить миром. Однако вскоре Президиум АН СССР принял решение выдвигать на руководящую работу в академических учреждениях молодые кадры, даже аспирантов. Вскоре мне предложили сдать дела присланному из Ленинграда экономисту. В это же время (1938) наша станция потеряла самостоятельность: ее включили в состав Зоологического института АН СССР на правах лаборатории. Должность заместителя директора упразднялась, прибывший экономист стал просто заведующим станцией.
Все мы с огорчением восприняли понижение станции в «научном ранге». Ведь именно в 1938 г. деятельность станции протекала особенно оживленно: продолжались работы академика Л. А. Орбели, а также важные исследования группы ленинградских физиологов, возглавляемых членом-корреспондентом Е. М. Крепсом; работали 25 студентов-практикантов из Московского университета с группами руководителей во главе с Л. А. Зенкевичем; киноэкспедиции А. М. Згуриди и Б. Г. Долина снимали первый морской биологический фильм «В глубинах моря».
Но главная беда заключалась в том, что отныне свертывалось основное — экологическое — направление научных работ станции — закрывались физиологические и новая микробиологическая лаборатории, прекращались исследования по биохимии. Станция как бы отбрасывалась далеко назад во времени: она вновь становилась чисто зоологическим учреждением, ведущим лишь работы по морфологии и систематике морских организмов.
Лично мне прибывшая на станцию комиссия Президиума АН СССР посоветовала сменить место работы. Кое-кто считал, что я не сработаюсь с новым ее заведующим. И в этом была доля здравого смысла.
Пришлось думать о новой работе. Но вскоре я получил два предложения — во 2-й МГУ (реорганизованный в дальнейшем в Государственный пединститут) и в Саратовский университет. В ведение последнего должны были передать Волжскую биологическую станцию, и мне сообщили, что я могу возглавить ее, если возглавлю кафедру в университете. Вспомнив свои пресноводные симпатии и старую дружбу с А. Л. Бенингом (бывшим директором Саратовской станции), который уже давно переехал в Ленинград, я отправился в Саратов.
Но здесь меня ожидало разочарование. Волжскую станцию передали в рыбное хозяйство. Я поехал в Москву. Однако во 2-й МГУ обратиться не решился, несмотря на настойчивые уговоры друзей: там требовалось сразу читать курс дарвинизма, к чему я не считал себя подготовленным. Отправился в Наркомпрос. Там мне предложили поехать в Чебоксары в качестве председателя Государственной испытательной комиссии и временно возглавить кафедру зоологии в местном Педагогическом институте. Предложение было соблазнительным: в районе Чебоксар предполагалось строительство плотины и можно было рассчитывать на большие исследования в связи с образованием большого водохранилища. Я уехал в Чебоксары. Нина Васильевна переехала в Батуми на Биологическую станцию, считая, что в Чебоксарах я долго не задержусь и тоже переберусь в Батуми.