В середине лета 1830 года ссыльных отправили двумя партиями из Читы в Петровское. Путешествие продолжалось свыше полутора месяцев. В пути стало известно из газет о французской революции. Эту весть отпраздновали пением Марсельезы.
В начале осени обе партии прибыли в Петровский завод, где их ожидала тюрьма, построенная по плану Николая I, – без окон. А. Г. Муравьева и жены других декабристов писали об этом в Петербург своим влиятельным родным. Царь разрешил прорубить окна. Их прорубили, но очень высоко, и, пока по этому поводу велась официальная переписка, узникам пришлось около года пробыть «замурованными», всегда при скверном искусственном освещении.
Постепенно наладились связи с родными, стали приходить книги и журналы. Устраивались в тюрьме музыкальные вечера. Торжественно отмечался день 14 декабря.
Каторжные работы в Петровском были такие же, как в Чите: мололи зерно на ручных мельницах. Прогулки совершались на большом дворе, где любители разводили животных, цветники, огороды.
Среди сосланных были нуждавшиеся материально. От одних отшатнулись близкие. Другие, особенно члены Общества соединенных славян, были бедны. В Сибири декабристы основали две артели для помощи нуждающимся товарищам: одну – для находящихся в тюрьме или на поселении, другую – для помощи декабристам по освобождении от наказания и их семьям. И. И. Пущин был главным деятелем этих артелей. И. Д. Якушкин, Н. В. Басаргин, Д. И. Завалишин и другие декабристы рассказывают про постоянные хлопоты Пущина по делам артелей. Много упоминаний об этом в письмах Пущина за 40-е и 50-е годы. Он был также щедрым пайщиком артелей. Делами второй артели он занимался по возвращении из Сибири. Много помогал ему в этом Е. И. Якушкин.
В Петровском заводе декабристы устроили нечто вроде вольного университета. Многие пополняли таким образом свои знания в различных областях науки, в языках. Пущин рассказывал здесь о великом поэте, читал и давал переписывать вольнолюбивые стихи Пушкина, способствуя этим распространению их среди сибирского населения.
В каторжных тюрьмах декабристы устраивали также философские собеседования. Среди сосланных на каторгу было несколько человек с ясно выраженным материалистическим мировоззрением: А. П. Барятинский, П. И. Борисов, Н. А. Крюков, И. Д. Якушкин и некоторые другие. Были также в читинской и петровской тюрьмах представители религиозно-мистических взглядов. Они образовали там группу, которой декабристы дали название «Конгрегации». Среди сторонников Конгрегации и материалистов-атеистов велись ожесточенные споры.
И. И. Пущин принимал участие в этих философских собеседованиях и спорах на стороне материалистов и атеистов. Его убеждения отражены во многих письмах, где часто встречаются иронические замечания по поводу формальной религиозности, отрицательные отзывы о представителях церковной обрядности.
Через двенадцать лет каторжных работ, в 1839 году, Пущин был сослан на поселение в город Туринск Тобольской губернии. Климат Туринска вредно влиял на его здоровье. Сразу после приезда он стал просить о переводе в село Урик близ Иркутска, где жил талантливый врач, декабрист Ф. Б. Вольф. Такие вопросы разрешались лично царем, и он отказал в переводе.
Лишь осенью 1840 года Пущин получил возможность выехать для лечения в Тобольск. Не получив облегчения, он вернулся в Туринск.
Родные и друзья продолжали между тем хлопотать о разрешении Пущину переменить место поселения. Канцелярская волокита тянулась долго. В 1842 году Пущин снова получил возможность съездить в Тобольск. Этим временем у него в Туринске 8 сентября родилась дочь. О матери этой девочки говорится в письмах Е. П. Оболенского. Это была молодая якутка Аннушка. Происходила она из бедной семьи. Девочку тоже назвали Аннушкой. И. И. Пущин вернулся в Туринск в начале декабря 1842 года и взял дочь к себе. Узаконить положение дочери браком с ее матерью мешала Пущину сословная психология. Но он любил дочь и заботился о ней.
В Ялуторовске, куда Пущину было разрешено переехать, он устроился основательно. Было ясно, что там придется жить без надежды на переезд в другое место. Обстановка в Ялуторовске сложилась в общем не хуже, чем в других поселениях декабристов, принадлежавших к наиболее материально обеспеченной группе участников движения 20-х годов. В колонии вокруг Иркутска (Восточная Сибирь) жили Волконский, Трубецкой и Муравьевы с семьями, Юшневский с женой, Поджио, Вадковский, Муханов. Около Тобольска (Западная Сибирь) и в самом городе находились тогда Фонвизин с женой, Басаргин, Бригген, Анненков с семьей. Свистунов, С. М. Семенов (ближайший друг Пущина по Москве). В Ялуторовске жили М. И. Муравьев-Апостол с женой, Е. П. Оболенский, И. Д. Якушкин. С ними Пущин сошелся очень близко.
Городок Ялуторовск расположен на левом берегу реки Тобола – самого крупного притока Иртыша. От Ялуторовска до губернского города Тобольска – 339 верст, по местным расстояниям – совсем рядом. Находился Ялуторовск на Сибирском тракте, и проезжающие из Сибири в Россию не могли миновать этого городка.
И. И. Пущин вместе с Оболенским занял один из лучших местных домов – Бронникова. У них жили: няня Аннушки, вольноотпущенная крепостная Варвара Баранова, и старая служанка Михеевна. В доме было просторно, что позволяло ссыльным целыми семьями приезжать в гости к Пущину.
От проезжавших из России в Сибирь чиновников, курьеров, купцов здесь узнавались все новости. Вот почему в переписке декабристов между собою, в их письмах к Пущину его дом называли объединяющим центром.
Главной деятельностью Пущина в каторжных тюрьмах и в ссылке была помощь нуждающимся. Но ему должно быть также отведено место и в истории просвещения Сибири. Он принимал видное участие в знаменитых ялуторовских школах И. Д. Якушкина, учил детей местных жителей у себя на дому, хлопотал об улучшении положения учителей различных местностей Сибири. В воспоминаниях народовольца С. Л. Чудновского имеется рассказ о том, как благоговейно чтили в Ялуторовске в конце XIX столетия память И. И. Пущина за его просветительскую деятельность.
Обосновавшись в 1843 году в Ялуторовске, Пущин жил там до весны 1849 года, повидимому, безвыездно. Но еще в феврале 1848 года он писал Я. Д. Казимирскому, что собирается в Иркутск, и намечал маршрут: Тобольск, Тара, Тюмень, Красноярск. В Иркутске Пущина с нетерпеньем ждала семья его друзей – Волконских. «Все здесь так дышет тобой, – писал Пущину декабрист П. А. Мухаиов, – и старики и дети все тебя поминают. Ты то умнейший, то честнейший, то любезнейший… всегда в превосходном наклонении».
4 марта 1849 года Пущину было разрешено приехать в Иркутск. При этом иркутскому генерал-губернатору Муравьеву предписывалось установить за «государственным преступником» наблюдение, а как только ему станет лучше – отослать его обратно в Западную Сибирь.
В конце мая Пущин писал в Ялуторовск, что ему удается иногда «собирать всю тамошнюю колонию воедино».
Поездка Пущина в Иркутск была вызвана болезнью, но не только ею; из его писем видно, как глубоко волновали Пущина революционные события в Западной Европе и аресты участников кружка М. В. Петрашевского в Петербурге. Даже в тех письмах, которые пересылались с оказией, не было возможности изложить все, что хотелось. Поездка в Иркутск дала возможность свободно поговорить с товарищами по ссылке и сибирскими друзьями о всех волновавших его вопросах.