Полковник Чеченев получил приказ организовать выявление среди гражданского населения лиц, подлежащих ликвидации и депортации в Россию. Потенциальную опасность для Советской власти представляли остатки эксплуататорских классов, бывшая литовская администрация и военные, верхушка старых политических партий, католическое духовенство, интеллигенция и крестьяне, контактирующие с партизанами. Полковник подошел к полученному делу творчески. Чекист понял, что основными врагами в этой пестрой массе являются носители национальной идеи и что о людях, хранящих эту идею, не могло не знать гестапо.
«Для Гитлера, — думал Чеченев, — этот националистический сброд был такой же костью в горле, какой он теперь стал для нас».
Гестапо действительно бдительно следило за настроением литовцев и с немецкой педантичностью собирало информацию на граждан маленькой оккупированной страны. Обратившись к сохранившимся, хотя и не в полной мере, архивам гестапо, Чеченев получил в свои руки картотеку и списки, по которым можно было начинать аресты. Под топор попадали литовцы, находившиеся под надзором у немцев. Националисты ли эти люди или лица, сочувствующие Советам, полковник не разбирал. Важно было другое: все они не принимали оккупацию.
Через два года сопротивление литовцев в основном было подавлено. Около четверти населения подверглось депортации. Чеченев закончил свою службу в Литве генерал-майором. На его груди красовались два новых боевых ордена.
Генерал быстро пошел вверх по служебной лестнице и ждал новых почестей. Но внезапно все рухнуло. Несколько прибалтов, которые не понимали значения работы органов для дела социализма, ушли на баркасе в Швецию. В иностранной прессе появились публикации об акциях, проводимых Чеченевым, подтвержденные свидетельствами очевидцев, фотографиями и копиями документов. Сотрудники МГБ, ознакомившиеся с публикациями, заключили, что генерал совершил служебные преступления — допустил утечку информации и не обеспечил режима сов. секретности (гриф «совершенно секретно», СС, «два Сергея») при проведении акций.
Чеченев помнил час расплаты. Он стоял в кабинете министра МГБ СССР, к которому был вызван в Москву специальной телеграммой с грифом СС. Министр уже все сказал, и услышанное не оставляло никакой надежды. К штрафнику-генералу, гордясь своей молодостью и силой, подошел хлыщ-адъютант. Красуясь перед министром, он опустил руки на плечи Чеченева. Раздался треск ниток, и мелькнуло золото сорванных с плеч генеральских погон. Капитан действовал столь ловко и быстро, что казалось, будто этот службист всю жизнь занимался лишь тем, что лишал генералов достоинства.
Через три часа разжалованный генерал мерил шагами одиночку в Лефортовской тюрьме. За три недели были пройдены многие километры. Внезапно Чеченева вывели из камеры, привели в порядок, накормили и отвезли в кабинет к заместителю министра МВД СССР. Заместитель был немногословен и вежлив. Бывший генерал, которому предложили сесть, услышал: