Все племена, вошедшие в новую административно-военную систему, стали именоваться общим этнонимом «кыргыз». Первым верховным правителем в 1508 году был объявлен Мухаммед-Кыргыз, активно способствовавший консолидации киргизских родов и племён. Он вошел в историю под легендарным именем Тагай-Бия и считается родоначальником киргизов.
Подданство киргизов китайцам из-за географической удалённости разделённой трудно проходимыми горами было номинальным и потому киргизы попали под власть усилившегося Кокандского ханства, просуществовавшего с 1709 по 1867 годы. Кокандский хан Ирдана переходит от союза с киргизскими феодалами к политике насильственного их подчинения. В 1762 году кокандцы захватили Ош, опустошили киргизские земли в окрестностях Узгена и распространили своё влияние на горные и приферганские районы. Тогда же, в 1770 году, первые подробные сведения о киргизах сообщил в своей книге путешественник Филипп Ефремов, побывавший в Оше. Там он поднимался на Сулейман гору, а на Алае ознакомился с жизнью и бытом алайских киргизов.
В условиях экспансии Кокандским ханством, киргизы стали искать покровительства России. В 1785 году в Омск прибыло киргизское посольство. Однако русская дипломатия, связанная с Кокандом торговым договором, несмотря на просьбы киргизов о подданстве, проявила пассивность, что развязывало руки завоевательной политике Кокандского ханства. В 1821 Мадали-хан неожиданно захватил Кетмень – Тёбе, а затем в течение 1822 – 42 годах Чуйскую долину, Центральный Тянь-Шань и всю территорию, прилегающую к озеру Иссык-Куль. По ходу продвижения кокандских войск им воздвигались укрепления и оставлялись гарнизоны: на Памиро-Алае: Таш-Коргон, Дараот-Коргон, СопуКоргон и Кызыл-Коргон; в Чуйской долине: Кара-Балта, Ак-Суу, Пишпек, Токмак; в Иссык-кульской котловине: Конур-Олён, Барскон, Котмалды, Каракол; на Тянь-Шане – Нарын, в верховьях реки Нарын: Джумгал и Куртка.
На оккупированной территории жили киргизы, узбеки, таджики, кипчаки и часть казахов, жестко эксплуатировавшиеся местными феодалами и ханской властью. В этот же период стал усиленно распространяться ислам.
Первое время киргизы платили кокандскому хану в основном три вида податей: тюндюк-зекет – по овце с юрты, алалзекет – по одной голове с 40 голов скота и харадж – земельный налог. Кроме того, время от времени взимался военный налог по одной дилде – золотой монете или 3-х баранов с юрты, а так же обязательный набор мужского населения в ханскую армию. Киргизы неоднократно поднимались на борьбу против деспотизма кокандских ханов: в 1832 вспыхнуло восстание нарынских, в 1843 – иссыккульских, в 1845 – ошских киргизов, в 1857 – таласских киргизов и аулиэатинских казахов.
В середине XIX века политика России к Туркестану начинает меняться. В 1854 году генерал – губернатор Западной Сибири Г. Гасфорд, «во исполнение высочайшего повеления», предложил киргизским манапам Иссык-Куля прислать в Омск своих представителей «для принятия присяги на верноподданство России». Бугунские манапы избрали своим представителем Кычибека Шералина, близкого родственника верховного бугунского манапа Бурунбая. Кычибек не раз уже бывал в качестве посла в Омске, имел чин капитана русской армии и был награждён золотой медалью. От других приглашенных родоправителей – солто и сарыбагыш – послы не прибыли.
17 января 1855 года под сводами губернского омского дворца Кычибек Шералин, с Кораном формально (кокандскую зависимость никто не отменял), было положено начало принятию киргизов в Российское подданство. Верховному правителю племени Бугу Боронбаю присваивают звание полковника русской армии и посылают богатые подарки. В течение 12 лет – с 1855 по 1867 годы – все киргизские племена Северного Киргизстана, измотанные внутренними междоусобицами и подчинённые Кокандскому ханству, формально принимают российское подданство.
4
Не дождавшись от России действий по освобождению киргизов от оккупации Кокандским ханством, южные киргизы (Памиро-Алай), в отличие от Северных (Иссык-Куль, Тянь-Шань), не будучи российскими подданными, в 1873 году выступили против Кокандского хана Худояра и взяли Узген, Уч-Коргон, Ош, Сузак, и Булак-Баши. К восставшим присоединились оседлые узбекские народности и около 3000 кокандских сарбазов (воинов). Осенью 1873 года восставшие приняли решение стать подданными России, но, российские власти не пошли на это и, более того, поддержали не повстанцев, а Худояр – хана, и тогда гнев восставших обернулся против русских.