18 декабря на отряд напали хивинцы – около двух тысяч конных туркмен - иомудов. От них отбились, но на следующий день атаки повторились. В итоге, понеся большие потери, в Хиву вернулось всего 700 всадников. Потери отряда составили 5 убитых и 13 раненых. Двинулись дальше, но даже через три месяца до жилых мест Хивы оставалось еще 800 верст, а половина верблюдов уже погибла, остальные были изнурены до крайности. Такой лютой зимы старожилы Киргизской степи не помнили.
Даже в хивинском оазисе тогда вымерзли виноградники и гибли молодые животные. К довершению беды в отряд пришла печальная весть о разграблении транспорта с продовольствием, который шел из Александровского укрепления на 600 верблюдах. В этих условиях Перовский отдал разумный приказ о возвращении на родину.
С горестью восприняло войско приказ о возвращении: они надеялись добраться до хивинцев и отомстить им за всё. Когда стали подсчитывать, во что обошелся этот беспримерный зимний поход, то оказалось: из 12 тыс. верблюдов осталось только 1500; из 5 тыс. солдат и казаков вернулось менее 4 тыс., в том числе 600 раненых и больных. Покинув Оренбург 14 ноября 1839 года, губернатор вернулся 14 апреля 1840 года: хивинская эпопея продлилась ровно пять месяцев ценой неслыханных страданий.
И всё же, изменив тактику, Россия, хоть и медленно, но продолжала своё поступательное движение вглубь Средней Азии. Кроме всего прочего, вопрос ставился так: или мы закрепим свои рубежи на Кушке, или Англия с горных высот Афганистана введёт свои вездесущие армии в цветущие долины Ферганы, выставит пушки в устье Амударьи, образуя границу с Россией в степях Оренбуржья.
К середине XIX века постройкой Омской, Ямышевской, Железинской, Семипалатинской и Усть-Каменогорской крепостей удалось оттеснить киргизов (в данном случае собирательное название племён) к югу, укрепив более чем на тысячу вёрст долину реки Иртыш. В качестве плацдарма продолжалось строительство укрепленных пунктов: в 1847 году в низовьях Сыр-дарьи Россия возвела укрепление Раим, а далее, готовясь к столкновениям с кокандцами, в 1850 году форты №1–3. Таким образом, Хива и другие районы Средней Азии стали ближе.
И наконец, последовала успешная Туркестанская военная компания. В 1853 году Перовским была взята кокандская крепость Ак-мечеть (форт Перовск, г. Перовск, нынче Кзыл-Орда) после чего он вынужден был уйти в отставку из-за старой раны в груди. Скончался Алексей Петрович в 1857 году.
Наступили времена Дмитрия Михайловича Скобелева. В 1860 г. был взят Токмак, в 1862 г. Пишпек (Фрунзе, а ныне Бишкек) и весь Семиреченский и Заилийский край. В 1864 г. были взяты города Аулиеата и Чимкент и предпринята неудачная попытка взятия Ташкента. В 1865 году на вновь занятых землях была образована Туркестанская область в составе Оренбургского генерал-губернаторства. В этом же году генералом Черняевым был взят Ташкент. В 1867 г. из всех земель, занятых в киргизских степях и Кокандском ханстве, было образовано Туркестанское генерал-губернаторство с центром в Ташкенте в составе Сырдарьинской и Семипалатинской областей.
Бухара и Хива по-прежнему проявляли враждебность. Надменный образ действия бухарского эмира, требовавшего очищения занятой территории и Ташкента и задержка русской миссии в Бухаре привели к окончательному разрыву отношений. В 1866 году Россия приступила к военным действиям и бухарцам, было нанесено сильное поражение под Ирджаром, в результате был взят Ходжент, Ура-Тюбе, Джизак и обширные прилегающие районы. Военные действия возобновились с весны 1868 года, при этом был взят Самарканд, Катта-Курган, Ургут и нанесено сильное поражение противнику под Зерабулаком. В результате Бухара пошла на заключение мирного договора. Бухарское ханство вошло в состав России, и был образован Зеравшанский округ, к которому в 1870 году были присоединены все горные бекства по верхнему течению реки Зеравшан. Не менее быстро шло расширение русской территории в западной части страны. В 1869 году на восточном берегу Каспийского моря был основан г. Красноводск, а постоянные набеги туркмен заставили в 1870 г. занять Кизил-Арват.
Затем, в 1873 году была организована третья военная экспедиция с взятием Хивы и занятием земель на правом берегу Амударьи с образованием особого Амударьинского отдела, вошедшего в состав Туркестанского генерал-губернаторства. Наступление на Хиву решено было вести с четырёх сторон. Путь до Хивы в марте, на этот раз сопровождался беспрецедентной для этого времени жарой. Не вдаваясь в подробности, а они изложены в книге А.А. Абаза «Завоевание Туркестана» отмечу, отряд под командованием Маркозова, вышедшего в марте из Чикишляра на берегу Каспийского моря, в середине мая, вынужден вернулся обратно. Отряд потерял всех лошадей и более половины из 3 тыс. верблюдов.