У Станиславского, неустанно боровшегося с оперной рутиной, Орфёнов исполнял также партии Лыкова в «Царской невесте», Юродивого в «Борисе Годунове», Альмавивы в «Севильском цирюльнике» и народного таджикского певца Бахши в опере «Дарвазское ущелье» Льва Степанова. И никогда бы не ушёл, если бы не смерть Константина Сергеевича. Без Станиславского началось слияние его театра с театром Немировича-Данченко, и разразившаяся война только ускорила этот процесс — директивное соединение несоединимого многие участники событий восприняли как злую иронию судьбы. В это «смутное время» Орфёнов, уже заслуженный артист РСФСР, принял участие в некоторых эпохальных постановках Немировича: в частности, спел Париса в «Прекрасной Елене» (спектакль, к счастью, записан на радио в 1948 году). Всё же по духу он был истый «станиславец», поэтому его постепенный «исход» в Большой театр, начавшийся с разовых выступлений в 1942 году, был предопределён. И хотя Сергей Яковлевич Лемешев в своей книге «Путь к искусству» высказывает точку зрения, что крупные, значительные певцы (такие, как Печковский и он сам) уходили из Театра Станиславского из-за ощущения тесноты и в надежде совершенствовать вокальное мастерство на более широких просторах, в случае Орфёнова, судя по всему, это не совсем так — начиная с того, что Анатолию Ивановичу вовсе не было тесно у Станиславского, и заканчивая тем, что уходил он уже не от Станиславского (того не было в живых), а из совсем другого по духу театра.
Творческая неудовлетворённость в начале 40-х вынуждает певца утолять голод «на стороне», и в сезоне 1940/41 Орфёнов увлечённо сотрудничает с Государственным ансамблем оперы СССР под руководством И. С. Козловского. Самый «европейский» тенор советской эпохи был тогда одержим идеями оперного спектакля в концертном исполнении (сегодня это направление весьма успешно воплощается на Западе и у нас в виде так называемых semi-staged — «полуспектаклей» без декораций и костюмов, но с намёком на мизансцены) и как режиссёр осуществил постановки «Вертера», «Орфея» Глюка, «Паяцев», «Моцарта и Сальери», «Катерины» Аркаса и «Наталки-Полтавки» Лысенко. «Мы мечтали найти новую форму оперного спектакля, основу которого составляло бы звучание, а не зрелищность», — вспоминал много позже Иван Семёнович. В премьерных показах главные партии пел сам Козловский, далее подключались другие. Так Анатолий Орфёнов спел Вертера, Моцарта и Беппо в «Паяцах» (знаменитую серенаду Арлекина ему часто приходилось бисировать по 2–3 раза). Спектакли шли в Большом зале консерватории, Концертном зале имени Чайковского, Доме учёных, Центральном Доме работников искусств и в Студенческом городке. Увы, существование ансамбля оказалось недолгим.
Военный 1942-й. Бомбёжки. Тревоги. Основной состав Большого театра эвакуирован в Куйбышев (ныне — Самара). Историческое здание на площади Свердлова, закрытое на ремонт ещё накануне войны, только что разминировано, но возобновлять спектали там пока нельзя до полной ликвидации всех повреждений и разрушений. (Немцы предполагали провести в Большом театре торжественное заседание по случаю взятия Москвы, и в связи с этими разведданными Берия приказал заминировать ГАБТ ночью 16 октября 1941 года. Таким образом, несколько месяцев до первых чисел февраля 1942-го в чреве театра лежало три тонны динамита, от которого шли бикфордовы шнуры.) Оставшаяся часть труппы и оркестра, подкрепляемая солистами Радио и других театров страны, возобновляет работу в уютном Филиале на Пушкинской улице. Из-за налётов вражеской авиации иногда приходится обрывать спектакль или концерт на полуслове. В эту тревожную пору Орфёнова стали приглашать «на разовые», а чуть позже он вольётся в основной состав труппы. Скромный, требовательный к себе, он со времён Станиславского умел и любил воспринимать всё лучшее от коллег по сцене. А воспринимать было от кого — в рабочем состоянии находился тогда весь золотой арсенал русской оперы.
Орфёнов считался специалистом по западноевропейскому репертуару, который большей частью шёл в Филиале. Изящен и обаятелен, несмотря на порочность нрава, был его Герцог в «Риголетто». Находчивостью и остроумием блистал галантный граф Альмавива в «Севильском цирюльнике» (в этой сложной для любого тенора опере Орфёнов установил своеобразный личный рекорд — спел её 107 раз). На контрастах была построена роль Альфреда в «Травиате»: застенчивый влюблённый преображался в ослеплённого гневом ревнивца, а к финалу герой приходил зрелым, глубоко раскаивающимся человеком. Из австро-немецкого наследия он пел моцартовского Дона Оттавио в «Дон Жуане» и бетховенского Жакино в «Фи дел ио» — спектакле, где впервые блеснула молодая Галина Вишневская. Французский репертуар был представлен «Фаустом» и комической оперой Обера «Фра-Дьяволо» (титульная партия в этом спектакле стала последней новой ролью Лемешева — так же, как и для Орфёнова лирическая роль влюблённого карабинера Лоренцо).