Відомостей про приватне життя Сей-шьонаґон збереглося дуже мало. Відомо, що незабаром після переїзду родини до столиці вона вийшла заміж за аристократа на ім’я Тачібана Норіміцу, а в 982 р. у них народився син, якого назвали Норінаґа. Однак уже через три роки подружнього життя сім’я Сей-шьонаґон з невідомих причин розпалась. Через певний час вона знову виходить заміж. Цього разу – за відомого столичного аристократа на ім’я Фуджівара Санеката. Проте і цей шлюб Сей-шьонаґон виявився нетривалим через занадто велелюбну та розгульну вдачу її нового чоловіка, терпіти яку вона не змогла.
Понад 10 років письменниця прослужила у свиті імператриці Садако – дружини імператора Ічіджьо (980 – 1011, роки правління: 986 – 1011). Події саме цього періоду і були описані нею в «Записках в узголів’ї».
На жаль, на початку 1001 року імператриця Садоко раптово помирає під час пологів, коли їй ледве виповнилося 23 роки. Свита імператриці була розпущена, і Сей-шьонаґон, авторитет якої серед придворних дам завдяки її освіченості і таланту неухильно зростав, втратила свою посаду.
Звичайно, під час служби Сей-шьонаґон у свиті імператриці Садоко, яка, судячи з «Записок в узголів’ї», безсумнівно, виділяла її серед багатьох інших придворних дам, не обходилося без заздрощів і ревнощів з їхнього боку. Яскравим свідоцтвом цього є коротка згадка про Сей-шьонаґон її знаменитої сучасниці, авторки всесвітньо відомого роману «Ґенджі-моноґатарі» Мурасакі-шікібу, яка у своєму щоденнику «Мурасакі-шікібу ніккі» пише:
«Сей-шьонаґон – це дама, яка тримається занадто самовпевнено. Вона настільки мудрує, що навіть ієрогліфи пише недбалими мазками. Але якщо придивитися уважніше, то помітиш у її манерах чимало недосконалого. Адже людина, яка любить видавати себе несхожою на інших, неодмінно виглядає гірше, і в подальшому теж змінюється лише на гірше. Той, хто, демонструючи власну вишуканість, виставляє напоказ тонкість свого відчуття таємничої чарівності речей, навіть коли ці речі до неприємного позбавлені чарівності, – не здатний помітити їхню реальну зовнішню красу. А оскільки ця людина сама в цю мить навряд чи щось відчуває, вона обов’язково стає нещирою. І навряд чи така людина закінчить гарно» [Ікеда Кікан, Акіяма Кен. Мурасакі-шікібу ніккі (Щоденник Мурасакі-шікібу) / Ніхон котен бунґаку тайкей (Серія японської класичної літератури). – Т. 19. – Токіо, 1967].
Позбавлена посади, Сей-шьонаґон утретє виходить заміж, тепер уже за набагато старшого від неї чоловіка, аристократа на ім’я Фуджівара Мунейо, і разом з ним їде до провінції Сетцу, куди той був призначений губернатором. Однак і цей шлюб тривав недовго, оскільки чоловік Сей-шьонаґон незабаром після одруження помер. Повернувшись із провінції до столиці, письменниця бере чернечий постриг, проте поселяється не в буддійському монастирі, а в оселі свого батька. Відомо, що останні роки життя вона провела в самоті і бідності. Датою смерті письменниці традиційно вважається 1017 р., проте, за іншими даними, вона померла пізніше – десь між 1017-м і 1024 р.
Не є перебільшенням поширена серед японських і зарубіжних літературознавців думка про те, що саме японські жінки сприяли появі в Японії за доби Хейан (794 – 1185 рр.) прози, яку називають популярною художньою літературою, – і як автори кращих зразків цієї літератури, і як її активні розповсюджувачі. Сталося це практично відразу після запровадження до широкого обігу серед японців власне японської національної писемності – складового алфавіту, створеного на основі китайської ієрогліфіки, так званої кани (хіраґани та катакани). Винахід цього алфавіту, оволодіти яким було значно легше, ніж китайською ієрогліфікою, легенда приписує Кукаю (Кобо Дайші, 774–835) – релігійному діячеві і засновнику власної школи буддизму Шінґон-шю, відомому вченому, філософу, поету, а також неперевершеному майстру каліграфії. І вже в IX ст. в Японії спостерігається сплеск грамотності, особливо помітний серед жінок. Лише за перші 100 років використання кани в країні було написано і розмножено в численних рукописних примірниках кілька сот моноґатарі та ніккі (щоденників), тисячі віршів тощо. Таким чином значною мірою завдяки талановитим жінкам-письменницям в Японії відбулося народження японської популярної літератури, і розповсюджувалась вона на теренах країни також саме завдяки активній участі в цьому процесі жінок, які переписували кращі зразки цієї літератури як для себе, так і для багатьох своїх подруг, що мешкали у столиці, а одружившись, змушені були услід за своїми чоловіками їхати до провінції за місцем служби їхнього чоловіка-чиновника. Далеко від столиці читання і переписування літературних творів часто ставали єдиною втіхою досить освічених представниць жіночої статі аристократичних кіл тогочасної Японії.