Тем временем Ага-хан покинул Персию, где вел безуспешную борьбу против шаха, и после недолгой остановки в Афганистане нашел убежище в Индии. Его служба британцам в Афганистане и Синде была замечена. После пребывания сначала в Синде, а потом в Калькутте он поселился в Бомбее, где провозгласил себя действующим главой общины Кхоя. Однако несколько отделившихся от него приверженцев восстали, решив использовать механизм закона для защиты своих прав.
После нескольких предварительных слушаний группа раскольников в апреле 1866 г. внесла иск и прошение в Верховный суд Бомбея, требуя запрещения Ага-хану «влиять на управление собственностью и делами общины Кхоя».
Дело было рассмотрено главным судьей, сэром Джозефом Арнольдом. Слушания продолжались двадцать пять дней, почти весь Бомбей принимал в них участие. Обе стороны предоставляли свои аргументы и документальные свидетельства. Среди многочисленных свидетелей сам Ага-хан предстал перед судом и давал показания о своем происхождении. 12 ноября 1866 г. сэр Джозеф Арнольд вынес свое решение. Община Кхоя Бомбея, по его мнению, была «частью большого сообщества Кхоя в Индии. Они являлись исмаилитским крылом шиизма; это была секта людей, чьи предки были индусами по происхождению. Эти люди и поныне связаны узами духовной верности наследникам исмаилитов». За четыреста предыдущих лет они были обращены миссионерами исмалитов из Персии и остались преданы авторитету имамов по линии исмаилитов, последним из которых был Ага-хан. Эти имамы произошли от владык Аламута, а через них — халифов династии Фатимидов Египта, а значит, пророка Мохаммеда. Именно их последователи в Средние века были известны под именем ассасинов.
Вердикт Арнольда был подкреплен историческими свидетельствами и документами. Он устанавливал, что Кхоя является общиной исмаилитов, наследников ассасинов, а Ага-хан — духовный глава исмаилитов Аламута. Более детальная информация об этой общине приводится впервые в «Географическом справочнике штата Бомбей» за 1899 год.
Вердикт Арнольда привлек внимание к исмаилитам всего мира. Некоторые из них не признавали Ага-хана своим правителем. Эти сообщества обычно представляли собой маленькие группы, расположенные в отдаленных изолированных местах. Они были труднодоступны и таинственны, под страхом смерти запрещалось сообщать об их верованиях и письменности. Однако некоторые манускрипты попали в руки ученых. Сперва из Сирии — первого места, которым заинтересовались западные исследователи исмаилизма в наши дни и в Средние века. Другие приходили из отдаленных регионов. В 1903 г. итальянский купец по имени Капротти привез коллекцию из шестидесяти арабских манускриптов из Саны (Йемен) — первая партия была размещена в Амброзианской библиотеке Милана. Эти произведения включали в себя учения исмаилитов, пришедшие от народа, все еще живущего в Северной Аравии. Некоторые из них были записаны зашифрованными знаками.
В другом конце Европы русские ученые также получили некоторые манускрипты исмаилитов из Сирии. Было обнаружено, что исмаилиты живут и в России. В 1902 г. граф Алексей Бобринский опубликовал доклад о существовании и распространении исмаилитов на территории России, в Центральной Азии. В это же время чиновник А. Половцев приобрел где-то в Средней Азии копию религиозной книги исмаилитов, написанной на персидском языке; она была выставлена в Азиатском музее императорской Академии наук России. Вскоре появилась еще одна копия, и в период с 1914-го по 1918 г. музей приобрел коллекцию исмаилитских манускриптов, привезенных востоковедами И.И. Зарубиным и А.А. Семеновым с верховьев реки Амударьи, из Шуйнаня.
Используя эти и другие материалы, российские ученые смогли исследовать религиозную литературу и верования исмаилитов Памира и прилегающих афганских районов Бадахшана.
С тех пор наметился значительный прогресс в изучении исмаилитов. В распоряжении ученых оказалось больше текстов для исследования, в особенности из богатых библиотек секты в Индии. Учеными проведено более детальное обследование многих земель, даже тех, на которых живут исмаилиты.
По части истории многие найденные тексты принесли разочарование. Книги рассказывают очень много о религии и обо всем, что с этим связано. Что же касается исторических фактов, то таких книг немного, они содержат мало информации. Возможно, маленькие отдаленные сообщества не интересовали средневековых историков, поскольку не находились в центре исторических событий. Лишь Аламутское княжество имеет своих летописцев — и даже эти сведения сохранены не исмаилитами, а суннитами. Литература исмаилитов, бедная в плане содержания, не имеет достаточной исторической ценности. Ее вклад в описание событий невелик — что-то от ассасинов Персии, меньше, чем от их собратьев из Сирии.