В науке по-прежнему дискутируется вопрос, можно ли называть религию Ахеменидов зороастризмом, а служителей культа этой религии — жрецами-зороастрийцами. По мнению некоторых ученых, зороастризм начал распространяться на запад еще в доахеменидскую эпоху, первоначально на востоке Мидии, в районе Раги (современный Рей). Это вместе с тем самая западная из упоминаемых в Авесте областей.
По другим мнениям, зороастризм появился в западном Иране уже при Ахеменидах — Кире, Дарии или Ксерксе. Однако есть исследователи, которые полагают, что и эти ахеменидские цари не были зороастрийцами. И.М. Дьяконов не считает Ахеменидов последовательными зороастрийцами. М.А. Дандамаев называет Ахеменидов политеистами, которые, однако, многое восприняли из зороастризма и у которых Ахурамазда почитался высшим божеством.
До сих пор не решена проблема религии магов, которые являлись жрецами в западном Иране и играли большую роль в политической жизни Мидии и Ахеменидской державы. Некоторые исследователи полагают, что маги были индийским племенем, представители которого монополизировали исполнение функций жрецов в Мидии, а вслед за ней и в других иранских областях. Другие ученые считают, что маги были первоначально жреческой мидийской или персидской кастой. Но вопрос о характере религии магов разными учеными решается по-разному. Исходя из западноиранского происхождения зороастризма, Ж. Дармстетер и В. Джексон считали, что маги Мидии были зороастрийцами. И.М. Дьяконов, следуя обычному современному мнению о восточном происхождении зороастризма, полагает, что «термин «маги» изначально связывался с последователями учения Заратуштры и с зороастрийским жречеством».
Существует и другая точка зрения, что маги Мидии не были зороастрийцами, хотя и являлись последователями маздеизма, развивавшегося в западном Иране в IX–VIII вв. до н. э.
По-разному трактуется и религиозная позиция магов в ахеменидскую эпоху (середина VI–IV вв. до н. э.). Как считают наши ученые М.А. Дандамаев и В.Г. Луконин, при Ахеменидах религии персидского народа, царей и магов «не вполне совпадали, хотя различия между ними постепенно стирались». С точки зрения некоторых других исследователей, признающих Дария I и Ксеркса последователями Зороастра, маги не были зороастрийцами. По мнению части ученых, считавших Зороастра современником Дария I, маги в раннеахеменидский период не были зороастрийцами и Дарий I выступил против них как против врагов новой веры; тогда маги были вынуждены принять зороастризм, но впоследствии исказили его, а в IV в. до н. э. последующие цари — Артарксеркс II и Артарксеркс III — под влиянием магов отклонились от зороастризма. При этом ссылаются на то, что в надписях ранних Ахеменидов упоминается только один Ахурамазда, а при Артаксерксах II и III, кроме Ахурамазды, упомянуты Митра и Анахита.
Судя по надписям Дария I и Ксеркса, религиозная система Ахеменидов во многом напоминала зороастризм: верховным божеством признавался Ахурамазда, хотя культ древних богов по-прежнему существовал. Неотъемлемой частью ахеменидской религии был дуализм: противопоставление благого начала злому. Вместе с тем ряд положений и особая терминология в значительной степени отличались от зороастрийских.
Греческий историк V в. до н. э. Геродот, собравший подробные сведения по истории и обычаям древних персов и мидян, не упоминает имени Зороастра, хотя и сообщает о религии древних персов. Сведения Геродота о магах дают основание считать, что они придерживались представлений маздеистского типа: «Маги резко отличаются от остальных людей и египетских жрецов. Жрецы египетские свято блюдут правило не умерщвлять ничего живого, кроме жертвы. Маги, напротив, собственноручно умерщвляют всякое животное, кроме собаки и человека, а также вменяют себе в заслугу умерщвление возможно большего числа муравьев, змей и других пресмыкающихся и летающих животных».
Погребальные обряды древних персов не соответствовали погребальным обрядам зороастрийцев, как они описываются в Младшей Авесте. Сведения греческих авторов и археологические памятники говорят о существовании особых гробниц персидских царей, вырубленных в скалах (Накш-и Рустам), или надгробных башен. В то же время рядовых персов хоронили в земле, но предварительно их трупы покрывали воском.
Погребальные ритуалы магов соответствуют обрядам погребения, описанным в Авесте, что подтверждает Геродот: «Трупы магов погребаются не ранее того, как их разорвут птицы или собаки».
Более поздние греческие писатели и философы в конце ахеменидского периода уже знали имя Зороастра и характеризовали религию магов как зороастризм, хотя многое в их описаниях не совпадает с учением Зороастра и «более соответствует зороастризму, представленному в Младшей Авесте».