В Хорезме, как и в Бухаре, Ибн Сина не чувствовал себя в безопасности: над ним нависла угроза попасть в руки Махмуда, султана Газнийского, который все более усиливал нажим на Хорезм, готовясь овладеть этой страной. Кровавый деспот, султан Махмуд, опираясь для укрепления своей власти на мусульманскую религию, круто расправлялся с карматами и беспощадно преследовал всех, отклонявшихся от догм официальной религии.
Ибн Сину уже в то время многие считали опасным вольнодумцем и еретиком, к карматам он был близок со времени детства. А султан Махмуд Газнийский, называвший Хорезм «притоном карматства», после дипломатической и военной подготовки сумел завоевать его (в июле 1017 г.). Бируни и некоторые другие ученые попали после этого в Газну, где жили при дворе Махмуда. Но Ибн Сины уже задолго до этого времени в Хорезме не было.
Покинув Хорезм, Ибн Сина побывал во многих городах и княжествах, а затем прибыл в Гурган, феодальное княжество на южном побережье Каспийского моря. В Гургане Ибн Сина познакомился с Абу-Убейдом Джузджани, который стал его учеником. Этот ученик сопровождал его во время скитаний, оставаясь верным спутником и помощником Ибн Сины до конца жизни ученого.
Джузджани много сделал для сохранения произведений Ибн Сины. Он переписывал и распространял их. Он записал автобиографию своего учителя (со слов самого Ибн Сины), доведенную до прибытия ученого в Гурган.
Джузджани оставил нам и описание дальнейших событий жизни Иби Сины. Благодаря этому у нас есть достоверная биография ученого. Это явление редкое, так как на средневековом Востоке усердно составляли жизнеописания правителей и различных «святых», но о жизни деятелей культуры писали далеко не столь подробно. Поэтому наши сведения о жизни деятелей культуры Востока очень скудны, а часто и недостоверны.
Покинув Гурган, Ибн Сина вместе со своим учеником побывал в Рее и других местах на территории нынешнего Ирана, а затем попал в Хамадан. Правитель Хамадана предоставил Ибн Сине пост вазира (министра). Ибн Сина написал здесь многие свои произведения, занимаясь науками в свободное от исполнения официальных обязанностей время и работая часто по ночам.
Против правителя Хамадана и его вазира подняли мятеж наемные воины. Мятеж был вызван (по словам Джузджани) задержкой выплаты жалованья. Считая, что ответственным за это был Ибн Сина, мятежники ворвались в его дом, разграбили имущество ученого, а самого его схватили и посадили в темницу. Восставшие воины требовали, чтобы правитель казнил Ибн Сину. Но тот не согласился на казнь, а для успокоения мятежников лишил Ибн Сину звания вазира. После этого Ибн Сина в течение сорока суток скрывался в доме одного из местных жителей.
Через некоторое время правитель заболел и вызвал к себе опального ученого. Ибн Сине удалось вылечить правителя и вернуть тем самым его расположение.
Во время своего вторичного пребывания на посту вазира в Хамадане Ибн Сина продолжал работать над капитальными научными трудами. Он писал свой основной труд по медицине — «Канон» и составлял обширную философскую и естественно-научную энциклопедию «Китаб-аш-Шифа» («Книга исцеления»).
Хотя выполнение обязанностей вазира отнимало у Ибн Сины много времени, он непрерывно продолжал интенсивную творческую научную работу. Писал он очень быстро. Он не нуждался в книгах для справок, так как благодаря своей исключительной памяти помнил все когда-либо прочитанное и изученное. Вечерами, в свободное время, Ибн Сина излагал свои научные взгляды по различным вопросам на собраниях учеников и местных ученых.
В 1021 г. правитель Хамадана умер. Новый правитель начал преследовать ученого, которому пришлось скрываться в доме одного знакомого. Там по просьбе своего верного ученика Ибн Сина закончил несколько основных разделов энциклопедического труда «Китаб-аш-Шифа».
Джузджани оставил нам описание того, как работал в это время его учитель. Ибн Сина попросил хозяина дома снабдить его письменными принадлежностями и в несколько дней, не заглядывая ни в одну книгу и не обращаясь ни к какому источнику, написал все основные положения своей работы в двадцати разделах. Положив перед собой эти наброски (тезисы или конспекты), он начал по порядку излагать письменно тему за темой задуманного труда. Каждый день он писал до пятидесяти страниц, пока не закончил полностью разделы физики и метафизики.
Затем Ибн Сина приступил к разделу логики, но в это время правитель Хамадана заподозрил его в сношениях с правителем Исфахана. Ибн Сину схватили, и он был посажен в заключение в крепость, находившуюся неподалеку от Хамадана. В заточении он находился четыре месяца и все это время продолжал работать над своими научными трудами.
В конце концов Ибн Сина был освобожден. Он прожил некоторое время в Хамадане, закончил там раздел логики своей книги «Китаб-аш-Шифа» и написал трактат о сердечных болезнях.
Затем ученому удалось, переодевшись в рубище дервиша, перебраться из Хамадана в Исфахан. Вместе с ним трудности этого опасного перехода делил его родной браг Махмуд. Ученого сопровождали также его верный ученик Джузджани и двое слуг.
Правитель Исфахана радушно встретил Ибн Сину и приказал, чтобы каждую пятницу по вечерам при дворе устраивались собрания с участием местных ученых. На этих собраниях велись научные беседы и происходили дискуссии.
Несмотря на славу замечательного ученого и высокое служебное положение, жизненные неприятности и превратности судьбы не покидали Ибн Сину. Пустой случай — невнимательное отношение к дорогому подарку исфаганского правителя Алы-уд-Даулы, — и правитель в гневе решает убить ученого. Вовремя предупрежденный об этом одним из своих друзей, Ибн Сина переодевается в простое платье, чтобы не быть узнанным, тайно покидает Исфаган и направляется в Рей. Там, по сообщению позднейших источников, с ним происходит любопытный случай, вызвавший большое удивление великого ученого.
Однажды он пошел на базар купить себе съестное и, смотря по сторонам, заметил сидевшего на скамейке красивого молодого человека, по-видимому, врача, так как вокруг него были больные. Ибн Сина подошел поближе, остановился и стал наблюдать. В это время к врачу подошла женщина со стеклянным сосудом, содержавшим мочу для исследования, и попросила оказать ей медицинскую помощь. Молодой человек, взглянув на сосуд, без всяких расспросов и обдумывания сказал: «Больная, мочу которой я вижу, — еврейка и кушала кислое молоко». Женщина подтвердила это. «Несомненно, — продолжал врач, — больная живет в доме, расположенном в низине». Женщина подтвердила и эту догадку врача.
В это время врач случайно посмотрел в сторону Ибн Сины, позвал его и предупредительно предложил сесть рядом с собою. Закончив прием больных, молодой врач обратился к Ибн Сине и сказал: «Я полагаю, что вы сам Шайх-ур-Раис, бежавший из Исфагана от Алы-уд-Даулы». Удивление Ибн Сины не имело пределов. Врач тут же стал просить Ибн Сину оказать ему честь остановиться в его доме. Ибн Сина согласился. После предложенного в доме угощения он спросил гостеприимного хозяина, каким образом тот узнал, что принесенная для исследования моча принадлежала женщине-еврейке, которая в этот день ела кислое молоко и которая живет в низине. «Все это очень просто, — ответил молодой врач, — когда женщина протянула ко мне руку, то я увидел под покрывалом рубашку из дорогой и употребляемой лишь еврейскими женщинами ткани; она была запачкана кислым молоком. Из этого я вывел заключение, что больная — еврейка и ела сегодня кислое молоко; еврейский же квартал расположен в низине».
Затем Ибн Сина спросил, почему он узнал его и определил, что он спасается от Алы-уд-Даулы. «Я много слышал, — ответил врач, — о вашей величественной внешности; о вашей учености знают всюду. И когда я увидел вас, то меня поразил ваш вид, так как я нашел в нем отражение и учености, и величия, и мне пришло в голову, что, возможно, это и есть знаменитый Ибн Сина. Я знаю, что такого знаменитого медика Ала-уд-Даула не отпустит от себя. Несомненно, что-то случилось такое, что заставило вас прибыть в Рей переодетым в простое, заурядное платье».