Желая выручить из беды своего знакомого еще с зальцбургских времен, Моцарт согласился писать оперу, не требуя денег, с тем, однако, чтобы Шиканедер никому не давал переписывать партитуру оперы. В ближайшее же время они приступили к работе.
Содержание сказочной оперы было таково. Главный герой, прекрасный юноша Тамино, во время своих дальних странствований попадает в суровую скалистую местность. Близ храма Изиды страшный змей преграждает ему путь. В тот миг, когда юноша, безоружный перед лицом смерти, от ужаса лишается чувств, появляются три неведомые «дамы в черном», принадлежащие, как потом выясняется, к свите царицы Ночи. Они убивают змея и скрываются.
Народная артистка СССР А. В. Нежданова в роли царицы Ночи из оперы Моцарта «Волшебная флейта».
Тем временем выходит птицелов Папагено, одетый в костюм из перышек и весь увешанный птичьими клетками. Он напевает веселую песенку, свистом своей дудочки приманивая птиц.
Тамино приходит в себя. «Не ты ли спас меня?» — обращается он к птицелову. Хвастливый Папагено утвердительно кивает головой. Однако возвратившиеся три женщины в черном тотчас уличают его во лжи. Они показывают Тамино портрет красавицы Памины — дочери здешней властительницы — царицы Ночи. Девушка похищена злодеем Зарастро. Может быть, Тамино решится спасти Памину, с тем чтобы получить ее в жены?
Но Зарастро — вовсе не злодей. Напротив, это царица Ночи является олицетворением мрака и зла, покровительницей предрассудков, невежества и суеверий. Она хочет уничтожить все прекрасное и чистое, что только есть на свете.
Явившись в царство Зарастро, Тамино убеждается, что тот, которого он искал, — благородный и мудрый покровитель счастливой солпечной страны, воздвигнувший в пальмовой роще три храма в честь Мудрости, Природы и Разума.
Зарастро согласен отдать Тамино свою прекрасную пленницу лишь в том случае, если юноша овладеет вершинами человеческих знаний, докажет свою правдивость, мужество и стойкость характера, пройдя ряд испытаний.
Последние картины оперы и посвящены испытаниям, которым подвергается Тамино внутри древней египетской пирамиды.
Несмотря на препятствия, Тамино с честью выходит из испытаний и на пороге храма Разума, залитого ослепительным солнечным светом, получает руку прекрасной Памины. Могущество царицы Ночи низвергнуто, она осуждена на вечное пребывание в царстве мрака. А Папагено за свое доброе сердце и честность получает в жены красивую девушку Папагену, также одетую в птичьи перышки.
Работа над оперой и над Реквиемом требовала большого напряжения. Друзья с беспокойством следили за композитором. Их пугала его бледность, потухший взгляд, а более всего — скорбное выражение исхудавшего лица. Никто, однако, не подозревал, насколько в действительности болен Моцарт.
Моцарт за спинетом (разновидность клавесина). 1787 г. Гравюра Г. Б. Бозно
Пока композитор заканчивал сочинение музыки к опере «Волшебная флейта», Шиканедер усиленно трудился над устройством эффектной постановки. Были тут и зловещие раскаты грома, и разверзающиеся скалы, и таинственное ночное звездное небо, внезапно сменяющее дневной свет, были даже львы, тигры и пантеры. Композитора же мало занимали внешние театральные эффекты, его внимание было поглощено философской идеей, лежавшей в основе этого сказочного сюжета. Созданный им в «Волшебной флейте» образ сказочно прекрасного светлого царства, которым правит мудрый Зарастро, он противопоставил царству невежества, мрака и тьмы, каким была в те годы отсталая полуфеодальная австрийская монархия.
Образы главных героев оперы полны поэтического обаяния. Композитор дает им разнообразные по содержанию арии-характеристики. Прекрасная ария Тамино, любующегося портретом юной Памины, передает прелесть и непосредственность внезапно вспыхнувшего искреннего юношеского чувства. Образ юной Памины воплощен в ее скорбной лирической арии из второго акта. Величавой красотой проникнута музыкальная характеристика мудрого Зарастро. Жизнерадостным простодушием дышит шутливая песенка птицелова Папагено, напоминающая подлинные австрийские народные песни.
Интересна и музыкальная характеристика царицы Ночи. По ходу действия она исполняет эффектную и блестящую арию в итальянском стиле с затейливыми украшениями (колоратурами) и пассажами. Музыка этой арии передает гневный, мстительный характер царицы Ночи.