Протопопу не стоило большого труда узнать, в чем причина охлаждения к нему царя. Ведь Анастасия всегда смотрела на него косо.
В отместку коварный Сильвестр принялся строить козни против царицы. Он даже осмелился порочить ее доброе имя. называя блудницей и сравнивая с женой византийского императора Евдокией, гонительницей Иоанна Златоуста. Под Иоанном он «скромно» подразумевал самого себя.
Желая всех убедить в порочности Анастасии, Сильвестр написал трактат под названием «Домострой», в котором представил идеальный образ покорной супруги, во всем послушной мужу: «Жены у мужей своих должны спрашивать и о благочестии, и о порядке всяком: как душу спасать, как Богу угодить, как домашнее хозяйство хорошо вести. Мужу надо во всем покоряться, что муж скажет, то с любовью принимать и со страхом слушать. Делать все по его наставлению».
Анастасия не была похожа на идеал Сильвестра. Ей приходилось самой предостерегать мужа от неверных и необдуманных поступков. Под ее благотворным влиянием в царе произошла разительная перемена. Он перестал мстить за личные обиды, смирялся с предательством близких людей, старался быть милостивым и справедливым правителем для подданных. Главной своей задачей считал благо государства.
Фарисею Сильвестру не по нутру было большое влияние Анастасии на царя. Поэтому в его лице она приобрела тайного врага, ждущего подходящего момента для удара.
После смерти маленькой Евдокии судьба вновь оказалась благосклонной к царской семье. 31 мая 1557 года родился второй сын — царевич Федор. Через много лет именно он возьмет из слабеющих рук отца царский скипетр и выведет страну из затяжного кризиса.
С рождением Федора жизнь Анастасии вновь наполнилась радостью и материнскими заботами. Появление второго сына еще больше успокоило отца. Он стал готовиться к новым делам и свершениям по расширению и укреплению границ своей державы.
В январе 1558 года русские войска отправились в Ливонию. Когда-то ее земли подчинялись русским князьям, и царь решил вновь поставить ее в вассальную зависимость. Но на этот раз сам он не повел полки, надеясь на опытных воевод. Видимо, Ивану не хотелось надолго оставлять горячо любимую супругу и сыновей.
Старший Иван уже покинул материнский терем и осваивал разные науки под руководством опытных дядек. Сначала он обучился читать и писать, потом стал овладевать историей, географией, воинскими науками и т. д. Иван Васильевич постоянно внушал сыну, что если он желает быть самодержцем, то должен во всех государственных делах разбираться сам. В противном случае за него будут править более образованные и умные советники.
Несколько лет царь Иван и Анастасия наслаждались полным семейным счастьем. С радостью наблюдали, как быстро растут сыновья, все вместе ездили на богомолье в Троице-Сергиев монастырь, отдыхали в загородной резиденции Коломенском.
В конце ноября 1559 года было решено всем семейством посетить Можайск и отпраздновать там Николин день — 6 декабря. По традиции этот праздник отмечался именно в Можайске, где находился Чудотворный образ Николы Можайского. Погода благоприятствовала поездке — ранние морозы сковали Москву-реку льдом, и она превратилась в удобную дорогу для санного поезда. Анастасия с маленьким Федором (ему было два с половиной года) сели в крытую повозку (для тепла всю выстланную мехами и бархатом), Иван (ему было уже пять с половиной лет) с дядьками — в другую. Царь с боярами и дворянами предпочел ехать верхом. Первую остановку с ночевкой сделали в Звенигороде, где 3 декабря отмечалась память основателя Саввино-Сторожевского монастыря Саввы. Радушные монахи накрыли в трапезной для гостей столы, но по случаю поста подали только овощные и рыбные блюда. Однако уха, пироги и каши хорошо всех насытили.
4 декабря вновь тронулись в путь. Наконец, к вечеру 5 декабря под перезвон можайских колоколов царский поезд въехал в городские ворота. Наутро все собирались весело отметить местный праздник. Однако погода вдруг резко переменилась. Уже ночью началась оттепель, и лед на реках опасно потемнел. К вечеру стало ясно, что обратно ехать на санях по льду вряд ли возможно. Развезло и дороги — белый снежок превратился в грязное непролазное месиво. Конечно, можно было переждать ненастье у радушных можайцев, но с западной границы, которая проходила совсем недалеко от города, пришли тревожные вести. Польский король решил заступиться за разгромленную царем Ливонию и собирался напасть на Русское государство. В этих условиях оставаться в Можайске царской семье было просто опасно.