Федор от всей этой чехарды старался держаться подальше. В его сердце жила только одна любовь — Ирина, и только с ней он желал идти под венец. Девушка отвечала ему полной взаимностью.
Ирину и Федора связывало очень многое. Прежде всего оба имели схожую внешность: невысокие, довольно стройные, темноволосые и темноглазые. Ирина не отличалась особой красотой, но обладала чудными очами. Федору же придавал некоторую суровость нос с горбинкой. Сходство будущих супругов состояло в том, что оба истово постились, одевались скромно, вели себя смиренно, особенно в церкви, и очень заботились о душевном спасении. Кроме того, оба лишились одного из родителей: Федор — матери, Ирина — отца. Оба получили почти одинаковое образование и воспитание под руководством мудрого и праведного Григория Васильевича Годунова. По чертам характера они прекрасно дополняли друг друга. Ирина всегда была тверда в своих убеждениях, уверенна в поступках, честна и надежна. Федору же отец постоянно внушал, что тот должен во всем подчиняться старшему брату, самостоятельных шагов не предпринимать и лишь выполнять указания Ивана, когда тот воцарится. Возможно, Иван Грозный хотел, чтобы младший сын занимал при дворе такое же зависимое положение, как его брат Юрий, и всегда оставался послушным и незаметным.
Только любовь Ирины и надежное окружение ее родственников помогли Федору обрести себя и сформироваться во вполне самостоятельную личность.
Старшему брату Ивану в этом отношении повезло меньше. Отец желал видеть в нем продолжателя своих дел и воспитывал по собственному образу и подобию. В итоге он превратил сына в подкаблучника, не имевшего ни собственных взглядов, ни убеждений. Единственная попытка царевича проявить свою волю закончилась трагически — отец нанес ему смертельную рану.
В 1577 году царевичу Федору исполнилось двадцать лет и он начал настоятельно просить у царя позволения жениться. Обычно государевы дети вступали в брак в возрасте шестнадцати-семнадцати лет, но младшим сыновьям иногда вообще не позволяли заводить семью во избежание будущей борьбы за престол. Возможно, Иван IV не хотел женить Федора, поскольку у старшего Ивана от двух жен детей так и не было, но потом решил не ссориться с дружным кланом Годуновых и дал согласие на брак с Ириной.
Единственное условие — свадьба должна пройти тихо и незаметно. В итоге ни в летописях, ни в каких-либо других источниках ее дата не зафиксирована. Можно лишь по косвенным данным предположить, что состоялась она в начале 1577 года. Именно в это время опекун невесты Д. И. Годунов получил боярство, а брат Борис — должность кравчего.
Женитьба позволила царевичу Федору превратиться в совершенно самостоятельного человека и создать свой двор, ведь в перспективе ему полагалось выделиться на удел в Суздаль. По завещанию отца, он должен был получить весьма неплохие земельные владения, много большие, чем у дяди Юрия, Владимира Старицкого и братьев Ивана III. Вероятно, со временем Иван Грозный увидел у младшего сына много достоинств и дал ему возможность жить вполне независимо и безбедно.
Летом того же 1577 года был предпринят военный поход в Ливонию. Иван Грозный вместе со старшим сыном отправился через Псков в глубь территории противника. Федор оставался в Новгороде для охраны тылов. Рядом с ним находились: боярин Д. И. Годунов, брат Ирины кравчий Борис, бессменный наставник Г. В. Годунов и тридцать других дворян, среди которых оказались сразу шесть представителей рода Годуновых: Яков Афанасьевич, Андрей Никитич, Яков Михайлович, Константин Михайлович, Никита Васильевич и Петр Васильевич. Все — младшие ветви рода. Старшие, окольничий Степан Васильевич и его брат Иван, вошли в состав войска самого царя.
Поход оказался очень удачным. Было взято множество ливонских городов, и вся территория страны попала под угрозу расчленения на две части.
Москвичи восторженно приветствовали победителей, привезших огромные возы с военными трофеями. Ирина радовалась за мужа и своих многочисленных родственников. Вместе они составили очень неплохую и надежную «команду» для Федора.
Однако очень скоро новый польский король Стефан Баторий свел на нет успехи царских войск. Он вторгся на русскую территорию и стал захватывать западные города. Иван IV, не зная, что предпринять, в полном бездействии расположился в Пскове, наблюдая за победами неприятеля.