В этих условиях Федор, а может быть, и Иван стали просить у отца войско, чтобы сразиться с Баторием. Но тот их и слушать не желал — сыновья должны были действовать только под его началом. Обиженный Федор, возможно, даже подумывал о том, чтобы уехать от Ивана IV. Ведь Стефан Баторий был бездетным и нуждался в наследнике.
Но Ирина тут же отговорила мужа от столь неблаговидного поступка: нельзя ради личной выгоды предавать родину и переходить в стан ее врагов. Федор смирился с волей отца и погасил свой военный пыл.
Чтобы как-то оправиться от военных неудач, Иван Грозный решил жениться в шестой раз. Его избранницей стала молодая и красивая Мария Нагая, дочь окольничего Федора Нагого. Свадьба состоялась осенью 1580 года. Самое почетное место на ней занимали Федор и Ирина, которым доверили роли посаженых отца и матери. Одним из дружек невесты стал Б. Ф. Годунов, за ее санями ходил И. В. Годунов. За стол вместе с наиболее знатными боярами пригласили Д. И. Годунова и С. В. Годунова. Значит, именно их царь считал своими ближайшими родственниками. Жена царевича Ивана такой чести удостоена не была. Возможно, среди ее близких не имелось очень заметных и уважаемых людей или же царь Иван питал особые чувства именно к Годуновым. Он видел их верность и преданность младшему сыну, знал об образованности, широком кругозоре, военных и дипломатических талантах, набожности и благочестии.
Семейной жизни Федора приходилось только завидовать. Супруги понимали друг друга с полуслова, никогда не ссорились и во всем оказывали взаимную поддержку. Даже отсутствие детей не омрачало их отношения. Они были молоды и надеялись, что Бог вскоре подарит им наследника.
Царевич Иван же вновь последовал совету отца и вскоре развелся со второй бесплодной женой. Новой его супругой стала Елена Шереметева, дочь бравого воеводы и боярина И. В. Меньшого Шереметева, погибшего во время одного из Ливонских походов. Но и она не успела родить наследника.
Следует отметить, что проблема бесплодия в ту пору стояла перед многими супружескими парами. Детей не было не только у царевичей, но и у Ф. И. Мстиславского, В. И. Шуйского, его брата Д. И. Шуйского, Д. И. Годунова, Б. Ф. Годунова, у некоторых князей рода Трубецких и многих других представителей знати. Это привело к тому, что самые знатные княжеские роды Мстиславских и Шуйских в XVII веке полностью иссякли. В чем крылась причина этого явления, неизвестно.
9 ноября 1581 года в Александровой слободе произошло трагическое событие, полностью изменившее жизнь Федора и Ирины. Царь Иван поссорился со своим наследником и нанес ему смертельную рану в висок. О причине ссоры можно только догадываться. Одни современники полагали, что отец рассердился на сына за то, что тот хотел сам повести войска против Стефана Батория, осадившего Псков. Другие считали, что младший Иван заступился за свою беременную жену, которую свекор побил за непрезентабельный вид. Последнее предположение кажется сомнительным: жены царевичей жили в отдельных теремах, на своей женской половине и посещать их даже свекру было не принято.
Причина ссоры могла состоять и в том, что двадцатисемилетний царевич не имел права поступать самостоятельно и должен был во всем подчиняться воле стареющего отца.
Через десять дней наследник Иван умер. Летописцы отметили, что причиной его смерти стала горячка, то есть болезнь. Но таким образом они лишь пытались скрыть истинные обстоятельства безвременной кончины старшего царского сына.
Федор и Ирина, несомненно, скорбели о смерти Ивана, а возможно, даже сочувствовали ему, как человеку, никогда не имевшему права выходить из воли отца. Но гибель наследника оказалась им выгодной, поскольку привела к тому, что царь был вынужден изменить завещание в их пользу. С конца 1581 года именно Федор остался единственным законным претендентом на трон. В итоге Ирина из жены будущего удельного князя превратилась в будущую царицу, а ее многочисленные родственники — в главную опору престола. Приходилось лишь терпеливо ждать, когда Федор возьмет власть в свои руки.
В последние годы жизни Иван Грозный окончательно перестал интересоваться государственным управлением. Со всех сторон на страну наступали недруги, но в ответ составлялись только росписи походов, сами же военные акции откладывались под разными предлогами. Царя увлекали лишь разговоры о возможной женитьбе на родственнице английской королевы. Этим ловко пользовались английские купцы и послы, чтобы получить для себя всевозможные выгоды и льготы. Возможно, Иван Грозный уже был психически болен, но нарушать естественный ход вещей никто даже не пытался.