Все это свидетельствовало о безмерной любви царя Федора к своей супруге. С ней он не собирался расставаться ни под каким предлогом и мог наказать всякого, попытавшегося выступить против нее. После челобитной Шуйских уже никто не осмеливался критиковать царицу или ее родственников.
Как уже говорилось, Федор и Ирина были исключительно богомольными и милостивыми людьми. Поэтому восточные православные иерархи зачастили в Москву за щедрыми пожалованьями. Видя их нищету, супруги стали понимать, что русский митрополит по своему положению и богатству много выше константинопольского патриарха, от которого он формально считался зависимым. Несомненно, следовало сделать все возможное, чтобы поднять престиж Русской Церкви на подобающую ей высоту.
На заседании Боярской думы царь Федор прямо заявил, что хочет ввести в Русском государстве патриаршество. Для того чтобы эта акция приобрела законный характер, в Москву был приглашен константинопольский патриарх Иеремия. Переговоры с ним продолжались достаточно долго, и вел их брат Ирины Борис Годунов с дьяком Посольского приказа А. Щелкаловым. Наконец в январе 1589 года первым русским патриархом был провозглашен Иов, бывший до этого митрополитом.
С этого времени все восточные патриархи стали считать своими главными покровителями святого царя Федора и его благоверную супругу царицу Ирину Иов же превратился в надежную опору их трона. Никогда прежде отношения светских и духовных властей не были столь гармоничными и бесконфликтными.
Федору досталось от отца во всех отношениях тяжелое наследие. Особенно ощутимой стала утрата выхода в Балтийское море и ряда карельских городов. Это наносило большой урон европейской торговле. Поэтому царь решил предпринять военный поход в Прибалтику и вернуть утраченные территории. Подготовка к нему продолжалась весь 1589 год. Наконец к осени все было готово. В ноябре для главных полководцев и воевод устроили роскошные пиры, после которых войско выступило по направлению к Новгороду. Во главе него стоял царь Федор, но не один, рядом находилась верная жена Ирина. Впервые царица отправилась в военный поход вместе с мужем. При этом она не только сопровождала войско, но и должна была играть самостоятельную роль — задержаться в Новгороде и охранять тылы. В помощь ей остался Дмитрий Иванович Годунов с рядом видных воевод. Когда-то такие же функции выполнял сам Федор во время одного из Ливонских походов отца.
Ругодивский поход (на Нарву) оказался удачным. Были взяты Иван-город, Ям, Орешек, Копорье, Корела. Все они вновь вошли в состав Русского государства, дав выход в Балтийское море. Определенная заслуга была в этом и царицы Ирины, обеспечившей мужу надежный тыл.
В царствование Федора произошло одно знаменательное событие — последнее нападение крымского хана на Москву. Позже ни один правитель Крыма не осмеливался вторгаться столь далеко в глубь русской территории.
В июне 1591 года с южных границ пришло известие: по направлению к столице быстрыми темпами движется огромная орда. Несомненно, крымский хан Казы-Гирей знал, что основное царское войско стоит в Новгороде на случай осложнения отношений со Швецией после взятия Иван-города. Орешка и других городов. Защищать Москву, как и в 1571 году; когда столица была дотла сожжена Де влет-Гире -ем, было почти некому. Однако ни Федор, ни Ирина даже не помышляли о бегстве. Они решили во что бы то ни стало отбить атаку врага. Оба хорошо знали, что после отъезда правителей горожане предавались панике и теряли отвагу. Так происходило во времена и Дмитрия Донского, и Василия I, и Ивана Грозного.
Царь Федор решил лично возглавить оборону Москвы. Рядом с ним осталась и Ирина, не пожелавшая, подобно Софье Палеолог, скрываться с казной на Севере. Она предпочла разделить участь мужа и ни под каким предлогом не хотела покидать его.
Четкие и слаженные действия немногочисленных защитников города дали хорошие результаты. Враг был посрамлен и бежал. Следует отметить, что при обороне Москвы были использованы все удачные военные приемы прошлого: гуляй-город, ночные артиллерийские атаки, дезинформация и т. д. Значит, Федор и его окружение тщательно изучали и учитывали успешный военный опыт минувших лет.