Тем временем тело Федора обмыли и возложили на него царское одеяние. Для погребения был приготовлен деревянный гроб, обтянутый внутри вишневым бархатом, а сверху ярко-малиновым. Гроб с телом государя установили в Благовещенском соборе, где все могли с ним проститься. Денно и нощно стоящие рядом дьяконы читали псалмы.
Через день гроб отнесли в Архангельский собор. Во время траурного шествия Ирина едва могла передвигать ноги, охваченная великой скорбью. От судорожных стенаний и всхлипываний на губах ее появлялась кровавая пена. Рядом с ней громко рыдали и плакали все присутствующие. В храме состоялось сначала отпевание, а потом и погребение.
Деревянный гроб переложили в каменную гробницу, установленную в приделе Иоанна Лествичника, рядом с похороненными отцом и братом Федора. (Она находится там и поныне.) После погребения патриарх съел три ложки кутьи, затем поднес ее царице и всем присутствующим.
Ирина Федоровна долго не могла оправиться от непоправимой утраты, но обязанности царицы не позволяли ей только плакать и горевать. На третий день после смерти Федора ей пришлось позаботиться о поминальном столе для патриарха, духовенства и бояр. На нем главным блюдом была кутья из вареного пшена с медом, сахаром и ягодами. Через три недели надо было снова устраивать такой же поминальный стол. Чтобы Федора поминали по всем церквям и монастырям, туда также отправили кутью из пшеницы и сыту.
Всем участникам погребения выдали деньги: патриарху — 100 рублей, митрополитам — но 80, архиепископам и епископам — по 70 и 60 рублей, настоятелям монастырей — по 50, священникам — по 30 и т. д. Подьячие приготовили деньги для раздачи нищим: в бумагу заворачивали по рублю или по полтине и отдавали убогим у церквей. В монастырях инокам давали по 5 рублей, в богадельнях — по 2 рубля.
Местные власти занимались раздачами по всем городам.
Через сорок дней после царской смерти вновь были организованы поминки — «сорочины». Сначала вместе с патриархом и боярами Ирина присутствовала в Архангельском соборе на панихиде, потом в Столовой палате накормила всех поминальным обедом. Одновременно по ее приказу служители двора устроили обеды в монастырях и вновь раздавали нищим щедрую милостыню. На все эти мероприятия ушел годовой доход казны, но для любимого мужа царице ничего было не жалко. Шесть недель вся страна вместе с ней пребывала в трауре.
Первое время Ирина Федоровна, возможно, даже хотела остаться на престоле, а брат Борис попытался уговорить ее вновь выйти замуж за родственника какого-нибудь европейского монарха. Но очень скоро она поняла, чго бремя власти ей непосильно, а предложение о новом замужестве — совершенно неприемлемо.
Не желая быть игрушкой в руках властолюбивого брата, вдова решила постричься в монастырь и получить возможность без всяких помех предаваться своему горю.
15 января Ирина Федоровна официально объявила патриарху и боярам, что хочет уйти в монастырь и согласна считаться правительницей только до тех пор, пока избирательный Земский собор нс назовет имя нового царя. Местом своего добровольного заточения она избрала Новодевичий монастырь, находящийся вне Кремля, но рядом со столицей. Почему царица не захотела стать инокиней придворного Вознесенского монастыря — неизвестно. Ведь он был основан когда-то Евдокией Дмитриевной специально для женщин царского рода.
Следует отметить, что Ирина, будучи законной наследницей царя Федора, имела право сама назвать имя преемника. Но она им пренебрегла и позволила «широкой общественности» самой выбрать достойнейшего кандидата.
До этого на Руси не существовало практики избрания государей, поскольку потомков Рюрика насчитывалось великое множество. Но Московское царство создавалось усилиями только одной его ветви — московскими князьями, а их род иссяк. В соседней Речи Посполитой избрание короля являлось довольно обычным делом, поэтому ничего незаконного в самом этом акте не было. Кроме того, Земские соборы, наподобие польских сеймов, с середины XVI века считались одним из органов власти с совещательной функцией при царе. При отсутствии монарха они могли формально стать его заменой.
Несомненно, все это было хорошо известно Ирине Федоровне, поэтому свое решение оставить престол она приняла не сгоряча, а позаботилась о том, чтобы государство оказалось в руках законной власти, устраивавшей самые широкие слои населения.