В тот же день, 15 января, вдова покинула Кремль и переселилась в Новодевичий монастырь. С собой она взяла лишь необходимые в обиходе вещи, а также любимые иконы и святыни. Вместе с ней поехали некоторые наиболее близкие прислужницы и брат Борис. Под влиянием сестры он решил показать всем, что к власти не стремится и готов в будущем довольствоваться ролью служителя царицы-монахини.
Ирина приняла постриг под именем монахини Александры. Вместо роскошных царских палат ее жилищем стала небольшая монастырская келья, единственным убранством которой были иконы и священные книги.
После пострижения Ирина-Александра не скоро обрела покой. В Москве кипели страсти по поводу кандидатуры нового царя, и их отголоски постоянно доносились до Новодевичьего монастыря. Хотя бывшая царица предложила Земскому собору самому решить вопрос о будущем государе, но ее родственники и их окружение не собирались выпускать власть из своих рук. В Боярской думе все еще верховодил Дмитрий Иванович Годунов, Григорий Васильевич держал в руках дворцовое хозяйство, войском руководил Иван Васильевич, дипломатия находилась под контролем Степана Васильевича. Около них дружной толпой стояли другие многочисленные родственники. За них были патриарх Иов и многие служители двора, не желавшие перемен у трона.
В итоге 17 февраля 1598 года после пламенной речи Иова в пользу кандидатуры Бориса Годунова все единодушно согласились избрать его новым царем.
В тайных мыслях Борис, конечно, мечтал о престоле, но в то же время страшился сесть на него. Слишком хорошо знал он переменчивый характер бояр и высшей знати. Опасалась за брата и Ирина-Александра: тот не был князем Рюриковичем и по крови не состоял в родстве с угасшей династией московских князей. Существовали и более законные претенденты на корону, например двоюродные братья царя Федора бояре Романовы (их отец Никита приходился родным братом царице Анастасии), знатные князья, состоявшие в родстве с Иваном III, Симеон Бекбулатович, по воле Ивана Грозного одно время считавшийся государем всея Руси, и другие.
Бывшая царица посоветовала Борису сразу не садиться на престол, а постараться получить как можно больше свидетельств того, что других претендентов на престол нет и что будущие подданные собираются верно ему служить.
В итоге первым же посланцам из Москвы от Земского собора Борис сказал, что не намерен быть государем и желает лишь одного — находиться подле сестры-монахини. Тогда в Новодевичий монастырь начались ежедневные шествия бояр, дворян и простых людей, которые умоляли народного избранника надеть на себя «шапку Мономаха» и не заставлять страну сиротствовать. Пришедшим Борис каждый раз со смирением отвечал, что «на таких превысочайших царских престолах государем быть не может». Тогда видные бояре пытались поговорить с Ириной-Александрой, но и она отказывалась благословить брата на царство.
Наконец 21 февраля, во вторник Сырной недели, сам патриарх Иов возглавил крестный ход в Новодевичий монастырь. За ним два дьякона несли самую почитаемую икону Владимирской Богоматери, далее — образы святителей Петра, Алексия и Ионы.
В воротах монастыря Иова и бояр встретил Борис Годунов. Увидев чудотворную икону, он воскликнул: «Зачем, о царица, ты такой подвиг сотворила, придя ко мне?» На это Иов сурово ответил, что Богоматерь пришла исполнить волю сына своего Христа. Все вместе они отправились в келью Ирины-Александры. Там Иов заявил, что Борис — не только народный, но и Божий избранник. Недаром Владимирская Богоматерь позволила принести свой образ в монастырь.
Монахине-царице ничего не оставалось, как воскликнуть: «Против воли Бога кто может стоять?!» Подозвав брага, она торжественно благословила его на царство. Эта акция официально узаконила решение Земского собора.
С этого времени Б. Ф. Годунов стал считаться нареченным царем. Окончательно вступить в свои права монарха он должен был после венчания в Успенском соборе.
Участники крестного хода надеялись, что новый государь тут же отправится в Кремль, но Борис и на этот раз побоялся покинуть монастырь. Жизнь рядом с сестрой, пользовавшейся всеобщей любовью, казалась ему более спокойной и надежной.
Только 25 февраля он решился въехать в столицу, чтобы посмотреть, как его будут приветствовать подданные. Хотя первая встреча оказалась торжественной, радостной и теплой, новый царь обосновался в Москве лишь 1 апреля. До этого он снова и снова выслушивал советы и наставления сестры, имевшей богатый опыт управления великой державой, и зорко следил за ситуацией в столице. Но все было спокойно.