Указав на бабку царя как на главную виновницу пожара, москвичи даже не удосужились узнать, а была ли она в то время в городе. На самом деле Анна Глинская с сыном, конюшим М. В. Глинским, находилась в Ржеве, полученном от государя в кормление. В Кремле оставался лишь другой ее сын, Юрий Васильевич Глинский. Услышав обвинения в свой адрес, он бросился в Успенский собор, надеясь там спастись. Но толпа ворвалась вслед за ним и растерзала князя. Труп выволокли на торговую площадь и бросили у плахи, на которой казнили преступников. После этого разграбили двор Глинских и перебили их слуг.
Через три дня москвичи с громкими криками пришли в Воробье во к дому, где жила царская семья, и стали требовать выдачи Анны Глинской. Но Иван уже был готов дать отпор. Вооруженная охрана набросилась на крикунов и перебила их. Остальные в страхе разбежались.
Узнав о событиях в Москве, М. В. Глинский решил бежать в Литву, но по дороге был схвачен и посажен под стражу. Вскоре царь простил своего дядю, но влияние при дворе он потерял. На первый план постепенно выходят родственники Анастасии. Уже в 1549 году ее брат Данила Романович становится боярином и дворецким. В Боярской думе с 1547 года начали заседать: И. М. Юрьев, В. М. Юрьев и Г. Ю. Захарьин, дядя царицы.
Иван хотел жестоко расправиться с москвичами, убившими дядю Юрия, но Анастасия отговорила его: мщение врагам лишь отвратит от царя простых людей, и так уже много выстрадавших от боярского беззакония в пору его малолетства. Она сказала, что пожар — это Божье наказание за угнетение бедных христиан.
Слова жены отрезвляюще подействовали на неуравновешенного царя. Он решил публично покаяться перед духовенством: «Господь наказывал меня за грехи то потопом, то мором, а я все не каялся. Наконец Бог послал великие пожары, и только тогда вошел страх в душу мою и трепет в кости мои, смирился дух мой, умилился я и познал свои согрешения. Прошу теперь прощения у духовенства и свое прощение даю князьям и боярам».
После женитьбы, познав заботу, теплоту и ласку Анастасии, Иван решил навсегда покончить со своей разгульной юностью, полной жестоких и греховных забав. Если раньше он чуть ли не в каждом князе или боярине подозревал врага и, защищаясь, старался первым нанести удар, то теперь он видел, что дома его искренне любят и стремятся во всем помочь. Даже мать, Елена Глинская, постоянно занятая борьбой за власть, не была так нежна и внимательна к нему, как юная жена.
Под влиянием Анастасии, митрополита Макария и благовещенского протопопа Сильвестра царь Иван решил собрать представителей народа, покаяться перед ними за свои прежние грехи и пообещать впредь быть защитником всех сирых, обездоленных и повести борьбу с беззаконием и неправдами «сильных мира сего». В воскресный день он вышел в сопровождении духовенства на Лобное место и обратился к собравшимся там людям: «Вы знаете, что после отца остался я четырех лет, после матери — восьми. Родственники обо мне не заботились, сильные мои бояре и вельможи обо мне не радели и были самовластны. Сами себе моим именем присваивали саны и почести, упражнялись в хищениях и корысти. По молодости и беспомощности я был глух и ничего не слышал. Теперь же я потребую ответа от всех лихоимцев, хищников и неправедных судей». После этого царь поклонился и продолжил: «Люди Божии, дарованные мне Богом! Молю вас о любви ко мне. Оставьте вражду друг к другу. Теперь я буду ваш справедливый судья и защитник. Буду неправды разорять и похищенное возвращать».
Анастасия, стоя на кремлевской стене в специальной башенке, наблюдала за тем, что происходило на Лобном месте. Она видела: простые люди внимательно слушают Ивана, верят словам государя и готовы сплотиться вокруг него и поддержать любые начинания. Значит, с боярским самоуправством будет покончено навсегда.
После пожара, превратившего в пепел все царское имущество, у молодой жены появилось много дел. Первым следовало восстановить дворец, свой дом. Каменные здания пострадали не слишком сильно — выгорело только внутреннее убранство. А вот покои из дерева были полностью уничтожены. В то время считалось, что спать в каменных домах очень вредно, поэтому’ верхние покои всегда делали из бревен и проконопачивали душистыми травами.
Вскоре к каменному комплексу парадных палат пристроили четыре деревянные избушки-комнатки для Ивана: сени, приемную, крестовую для икон и священных даров и спальню. Анастасии хватило и трех, но с третьим этажом — чердаком, где устроили светлицу со множеством окон для мастериц-рукодельниц. Вокруг нее шла открытая галерея с башенками и затейливой резьбой — для прогулок. Все вместе эти живописные сооружения очень напоминал и златоверхий терем Евдокии Дмитриевны, нашей второй героини.