В конце декабря 1940 года началась переброска 12-й немецкой армии в Румынию. Русским было объяснено, что эта переброска вызвана высадкой англичан в Греции. Все остальные мероприятия по подготовке кампании против России были отнесены на середину мая 1941 года. Одновременно велась подготовка войны на Балканах (операция «Марита»), которая преследовала цель поддержать застопорившееся наступление итальянцев в Албании и изгнать с Балкан английские войска, высадившиеся в Греции. Силы, выделенные для проведения этой операции, не могли поэтому принять участие в первом наступлении на Россию.
Внезапно все намеченные сроки рухнули. Это произошло в результате военного заговора в Белграде, приведшего к государственному перевороту и означавшего отход Югославии от проводившейся прежним югославским правительством политики, то есть разрыв с державами «оси». Югославия нуждалась в серьезной поддержке со стороны России и 6 апреля заключила с ней, вероятно под влиянием реакции, вызванной в Германии переворотом, пакт о дружбе и ненападении. Гитлер усматривал в этом серьезную угрозу своим военным планам на Балканах, а также новое подтверждение тому, что Россия не намерена бездействовать, видя, какую политику проводят немцы в отношении Балкан. Поэтому он считал, что необходимо включить Югославию в операцию «Марита», что, конечно, потребовало внесения в план коренных изменений. Количество сил, потребных для проведения кампании на Балканах, возросло теперь настолько, что проводить одновременно операцию на Балканах и осуществлять план «Барбаросса» стало невозможно. Даже при самых благоприятных условиях следовало рассчитывать на то, что Восточная кампания будет начата с запозданием на пять недель, то есть во второй половине июня. А это вело к тому, что, продлись «молниеносная кампания» даже три месяца, она должна была захватить период дождей и бездорожья. Гитлер решил примириться с этим неизбежным недостатком планирования, очевидно, не предполагая, к каким последствиям это может привести.
После капитуляции югославской армии 17 апреля и греческой армии в Эпире 21 апреля Гитлер 30 апреля по предложению главнокомандующего сухопутной армией на основе учета перегруппировки войск, находящихся на Балканах, назначил срок нападения на Россию на 22 июня 1941 года.
11 июня Гитлер посвятил в свои планы генерала Антонеску, главу румынского государства, и договорился с ним об участии румынских Вооруженных сил в проведении плана «Барбаросса» и о тех задачах, которые вытекали для них из этого плана.
15 июня, после того как состоялись переговоры между представителями германского и венгерского Генеральных штабов, Венгрии было указано на то, что между Германией и Советским Союзом следует ожидать разрыва дипломатических отношений и что желательно усилить венгерские войска, расположенные на границе с Россией. Финны были поставлены в известность о предстоящих событиях еще в мае, однако форма, в которой было сделано это заявление, ни к чему не обязывала. Финны заявили о своей готовности предоставить Германии для стратегического развертывания своих сил Северную Финляндию и после соответствующей подготовки вступить в войну.
Была ли подробно информирована Италия относительно немецких планов во время встречи Гитлера с Муссолини, состоявшейся 2 июня, нам неизвестно.
17 июня Гитлер отдал окончательный приказ о том, что осуществление плана «Барбаросса» начнется 22 июня.
Ставка Гитлера была перенесена на командный пункт, специально построенный для этого в Восточной Пруссии, в районе Растенбурга, и названный условно «Вольфшанце».
Главное командование сухопутных войск последовало за Ставкой и расположилось в подземных сооружениях в районе Ангербурга, Главное командование Военно-воздушных сил переместилось в свою ставку в районе Гольдапа. Даже имперский министр иностранных дел и начальник отрядов СС оборудовали себе в Восточной Пруссии полевые штаб-квартиры.
Такое явно недвусмысленное перемещение важнейших руководящих инстанций на восток серьезно осложняло деятельность высших органов управления, так как связь с ними из Восточной Пруссии была сопряжена с большими трудностями, да к тому же и Гитлер уже привык разрешать возникающие трудности во всех областях государственной деятельности, экономики, военной промышленности и т. д. при помощи непосредственно ему подчиненных «комиссаров», облеченных большими полномочиями. В результате этого Гитлер все больше отдалялся от управления государством и экономикой. Одновременно рос и параллелизм между существовавшими учреждениями административного и хозяйственного аппарата, с одной стороны, и «генеральными уполномоченными», «комиссарами», «особыми уполномоченными» и т. п. — с другой. Правовое положение этих органов никогда точно не было определено, и потому весь управленческий аппарат неуклонно и вполне ощутимо шел к хаосу.