Локку совсем не хотелось покидать Оксфорд, который стал его домом. Все его интересы были направлены на ученые занятия – и не только на теологию, главный предмет в колледже Крайст-Чёрч, но и на медицину и химию. В архиве Локка сохранился список из 350 книг, которые он прочитал за период с 1658 г. по март 1667 г. На первом месте в списке стояла медицина (46,6 %), на втором натурфилософия (16,4 %), на третьем теология (15,4 %). В Оксфорде Локк изучал Юстина Мученика, Тертуллиана, Иринея, Климента Александрийского и Оригена. Среди англиканских теологов, которых он читал в это время, – Генри Хаммонд, Питер Хейлин, Джон Пирсон, Роберт Сандерсон и Ричард Гукер. Политика и право (2 %) и экономика (0,3 %) находились в это время на периферии его интересов [102] .
В середине 1660-х гг. его интерес к медицине привел к занятиям ятрохимией (т. е. медицинской химией). Начиная с 1652 г. в записных книжках Локка появляются рецепты разнообразных лекарств, например помогающих при образовании камней в почках, коликах, лихорадочном ознобе, кори, подагре, чахотке, свищах, раке, зубной боли, насморке, ангине и т. д. Эти рецепты он записывал со слов своих друзей-медиков или на лекциях известных врачей, таких как Ралф Батхерст (член Лондонского королевского общества с 1663 г.).
Познакомившись в мае 1660 г. с Робертом Бойлем, который переехал в Оксфорд в 1655 г., Локк, возможно, участвовал в работе его лаборатории, во всяком случае изготавливал химические соединения по рецептам Бойля и имел доступ к его библиотеке. Локк прочитал вышедший в 1660 г. труд Бойля «Новые медико-механические эксперименты касательно упругости воздуха и его следствии» [103] , а затем и другие его работы: «Некоторые физиологические опыты», «О стиле Священного Писания» и «О пользе экспериментальной натуральной философии», «Химик-скептик, или Химико-физические сомнения и парадоксы», «Происхождение форм и качеств согласно корпускулярной философии» [104] . Особый интерес Локк проявлял к процессам дыхания и кровообращения.
Помимо этих произведений, он прочел труды Рене Декарта: «Первоначала философии» (1644), «Рассуждение о методе» (1637), «Диоптрику» (1637), «Метеоры» (1637), «Метафизические размышления» (1641), делая выписки, касавшиеся физических вопросов. Среди других прочитанных книг – «Syntagma philosophicum» (1658) Гассенди, изложение Спинозой «Первоначал философии» Декарта («Principia philosophiae cartesianae», 1663), «Тщета догматизирования» Джозефа Гланвила (1661) [105] , «Экспериментальная философия» Генри Пауэра (1664) [106] , «Микрография» Роберта Гука (1665) [107] . Локк внимательно изучал также все выпуски «Philosophical Transactions» Лондонского королевского общества.
Локк посещал лекции и семинары известных химиков и медиков, таких как протеже Бойля и Гартлиба Петер Шталь (весной 1663 г.) и Томас Уиллис (в 1664 г.), участвовал в анатомировании трупов животных и людей, предположительно и в анатомических исследованиях мозга, проводившихся Уиллисом. К тому же времени относится его набросок на темы физиологии под названием «Respirationis usus» – вероятно, план диспутации на соискание степени бакалавра медицины.
Локк изучал труд Яна Баптиста ван Гельмонта «Ortus medicinae» (1648,1652; английское издание под названием «Oriatrike, or Physick Refined», 1662) [108] , который содержал виталистическую концепцию «ферментов» и первоначальной «воды», порождающей все существующее из «семян» с помощью спиритуального жизненного принципа «archeus», и критику гуморальной теории Галена с точки зрения «химической» школы Парацельса и неопарацельсианцев [109] . Локк читал также труды учеников Я.Б. ван Гельмонта в Германии и Нидерландах [110] . По мнению многих историков науки, в 1650-х гг. Я.Б. ван Гельмонт оказал влияние и на Бойля (отмечается, например, что поначалу Бойль трактовал корпускулы как «семенные принципы»), хотя позднее их взгляды стали относить к диаметрально противоположным направлениям – «корпускуляризма» («механицизма») и «витализма» («органицизма»). Не может быть никаких сомнений, что именно Бойль приобщил Локка к ятрохимии.