В Оксфорде 1660-х гг. Бойль и Гук при помощи пневматического насоса, изобретенного в 1650 г. Отто фон Герике, демонстрировали связь физических свойств воздуха с дыханием и кровообращением. В это время Бойль уже скептически оценивал теорию трансмутации воздуха и его частиц в «витальные духи», развитую как в традиции Галена, так и в традиции Парацельса. Процессы дыхания и кровообращения активно обсуждались в это время в Оксфорде, в том числе Томасом Уиллисом, труд которого (пример «корпускулярного гельмонтианства» [111] ) «Две медико-философские дискуссии» [112] о брожении крови и роли азотосернистых частиц воздуха Локк законспектировал вскоре после его выхода в свет, т. е. еще до чтения работ ван Гельмонта. С Ричардом Лоуэром [113] , ассистентом Уиллиса, таким же, как и Локк, преподавателем колледжа Крайст-Чёрч, Локк проводил в 1664 г. эксперименты на животных, демонстрировавшие роль воздуха в изменении цвета крови в ходе ее циркуляции.
Локк был знаком также и с идеями Уильяма Гарвея, прежде всего благодаря труду Джорджа Энта «Апология кровообращения» [114] , в котором доказывалась необходимость воздуха для питания «витального пламени» в работе сердца, однако главная задача его исследований того времени – примирение двух различных традиций объяснения болезней, поиск via media между Галеном и Парацельсом. Возможно, он находился в это время под влиянием трудов немецкого врача и химика Даниела Сеннерта. Это видно, в частности, из его работы «Morbus», датируемой сентябрем 1666 – апрелем 1667 г., где он делит весь мир на «семенную» и «несеменную» части по критерию применимости двух теорий, условно говоря, объясняющих две области мироздания – органической и неорганической природы. Делая это, он не ссылается ни на корпускулярную теорию Декарта – Бойля, ни даже на «пластический принцип», с помощью которого Бойль пытался объяснить происхождение жизни из «механически построенной машины» природы, но обращается прежде всего к витальному принципу Я. Б. ван Гельмонта [115] . В огромном массиве сохранившихся в записных книжках Локка и других неопубликованных материалах записей нет ни одной (!), посвященной законам движения или механического воздействия тел [116] .
В отличие от Декарта и Бойля, предлагавших объяснение болезни как проникновения в организм частиц неподходящей формы через «фильтр», или «сито», ван Гельмонт считал причиной болезней чуждые «археи», существа, вторгающиеся в тело и вступающие в конфликт с «archei insitae», т. е. с существами, внутренне присущими каждому данному организму и контролирующими его работу через ферменты («fermenta»). С помощью алкагеста и некоторых других лекарственных препаратов, например производных от винного камня, считал Я.Б. ван Гельмонт, врач может воздействовать на тело пациента и изолировать нездоровые агенты, обеспечивая гармоничное сотрудничество внедряемых агентов с присущим каждому человеку индивидуальным «archeus’oM». Выделение в организме особых болезнетворных агентов шло вразрез с нозологией Галена, объяснявшего болезни дисбалансом в организме аристотелевских первичных качеств тепла, холода, влажности и сухости. В «Morbus» Локк предлагает в качестве дополнительного объяснения болезней «смешение неподходящих ингредиентов», например различных солей, что можно счесть неким подобием галенической теории. По этой причине историки медицины часто называют концепцию Локка эклектической.
Сотрудничество с Бойлем началось в 1664 г. В 1666 г. Локк по предложению Бойля приступил к метеорологическим наблюдениям и экспериментам в Сомерсете, пытаясь определить с помощью барометра разницу в давлении воздуха на поверхности, в местных шахтах (в которых, как сообщал Локк Бойлю, встречались красные сурьмосодержащие руды, скорее всего свинцовый сурик) и на близлежащем холме, составлявшем часть Мендипской гряды. Рабочие не пустили Локка внутрь шахты, испугавшись вида оборудования и сочтя его опасным, к тому же в вакуумную камеру, как оказалось, проник воздух, так что эксперимент не удался, о чем сконфуженный Локк и сообщил Бойлю. К тому времени до Сомерсета дошла эпидемия чумы, так что Локк поспешил в Оксфорд, где продолжил эксперименты по химическому анализу крови, занимаясь ее выпариванием и перегонкой.
В записных книжках Локка того периода кратко описаны и другие эксперименты, посвященные изучению реакций крови с различными химическими веществами и помеченные «г-н Бойль». По мнению Г. Мейнела, которое он высказывает в полемике с К. Дьюхерстом, это не означает, что Локк был в то время ассистентом Бойля. Фрагменты с пометкой «г-н Бойль» представляют собой скорее записи, которые Локк делал в апреле 1663 г. на лекциях Петера Шталя, приглашенного Бойлем в Оксфорд в 1659 г. Как отмечает Мейнел, внимание привлекает прежде всего «экстраординарный калибр» некоторых учеников Шталя, включавших Джона Уоллиса, Кристофера Рена, Ралфа Батхерста, Ричарда Лоуэра и Томаса Миллингтона [117] . Шталь не только читал лекции, но и создал в Оксфорде собственную химическую лабораторию.