Но настоящим конкистадором стала оспа. Кортес со своим войском занял столицу ацтеков, город Теночтитлан (будущий Мехико), в 1519 году, но вряд ли это можно назвать завоеванием: обеспокоенный император Мотекусома пригласил в свой город Кортеса, не зная, с кем имеет дело — с богом или человеком. Восемь месяцев спустя, когда Мотекусому убили при таинственных обстоятельствах (то ли испанцы, то ли его подданные), индейцы восстали и легко изгнали испанцев из города в ходе так называемой Noche Triste — «ночи печали». Во время этого сокрушительного бунта многие испанские солдаты были убиты или утонули, пытаясь убежать с острова, на котором располагался город, поскольку набили свои карманы золотом. После этого испанцы обосновались в Тлакскале (Стране Хлеба), в тридцати милях от Теночтитлана (Страны Кактусов), где принялись зализывать раны и размышлять о том, что делать дальше. В этот момент в долину Мехико пришла оспа.
«Когда христиане устали от войны, — писал один из католических монахов, — Господь счел уместным наслать на индейцев оспу». За шестьдесят дней оспа убила по меньшей мере половину обитателей Теночтитлана, население которого до контакта с европейцами составляло как минимум 300 тысяч человек (скорее это численность ацтекского населения всей долины Мехико). От нее скончался и очень способный преемник Мотекусомы, Куитлахуак, который за сорок дней своего правления стал быстро создавать военные союзы: если бы он остался в живых, то, скорее всего, изгнал бы Кортеса.
Но поскольку население Теночтитлана уменьшилось в два раза, а из-за эпидемии город и окрестности погрузились в хаос, Кортес снова занял его в 1521 году. Худшим последствием оспы стала полная деморализация индейцев: они ясно видели, как болезнь косит их, щадя при этом многих испанцев, и решили, что боги их прокляли и бросили, перейдя на сторону европейцев. Когда испанцы заняли город, один из наблюдателей написал: «Улицы были завалены трупами и больными, и нашим воинам приходилось шагать по телам».
Одновременно оспа бушевала и в других частях Мексики — в юго-западную часть владений майя она проникла еще до появления испанцев. Майяские города опустели, а майя рассеялись по региону, по-прежнему проявляя жестокость и военную доблесть. Четыре года спустя болезнь проложила дорогу завоевателям в Гватемале, куда пришел один из капитанов Кортеса.
Через десять лет после первой вспышки оспы в Новом Свете болезнь проникла во внутренние районы Южной Америки. Пандемия также обрушила несколько великих доколумбовых царств в Северной Америке. В 1539–1541 годах Эрнандо де Сото занимался покорением могущественного и процветающего вождества Куза, существовавшего на части территории будущих американских штатов Теннесси, Джорджия и Алабама и насчитывавшего около 50 000 человек. Двадцать лет спустя, когда европейцы появились там в следующий раз, людей почти не осталось — дома были брошены, плодоносные сады заросли чертополохом и сорняками. В долине реки Миссисипи де Сото обнаружил сорок пять городов, а всего сто лет спустя французские землепроходцы Ла Саль и Жолье насчитали там всего лишь семь жалких поселений — на 86 процентов меньше. Бо́льшая часть североамериканцев стала жертвой чудовищной эпидемии.
В тех частях Гондураса, которые были колонизованы испанцами в первую очередь, до вторжения проживало около 600 000 человек. К 1550 году там осталось только 32 000 коренных жителей. Таким образом, население сократилось на 95 процентов — ужасающая статистика. Другой ученый Ньюсон приводит на этот счет такие цифры: от 30 000 до 50 000 человек были убиты в ходе завоевания, от 100 000 до 150 000 — взяты в плен и вывезены из страны в качества рабов. Почти все остальные — более 400 000 — умерли от болезней.
По оценкам некоторых ученых, которые являются предметом дискуссии, в доколумбову эпоху население Северной Америки составляло около 4,4 миллиона (скорее 1 миллион), Мексики — около 21 миллиона (на самом деле не более трех- четырех), Карибских островов — 6 миллионов и Центральной Америки — около 6 миллионов. Но к 1543 году индейцев на основных Карибских островах (Куба, Ямайка, Эспаньола, Пуэрто-Рико) не осталось: почти 6 миллионов человек умерло. На более мелких островах кое-как продолжали существовать несколько разрозненных индейских поселений.