Вскоре обнаружилось, что король Франции готов, из зависти к могуществу Вильгельма, поддержать его сына. Роберт укрылся в одном из замков Франции и при каждом удобном случае совершал разорительные вылазки в Нормандию. Во время одного из таких набегов Вильгельм напал на него. Отец и сын сражались друг против друга, не зная об этом, до тех пор пока король не был сброшен с лошади, в чем Роберт впоследствии публично покаялся. Спустя какое-то время (когда вступились бароны), уступив мольбам и стенаниям Матильды, Вильгельм согласился на примирение. Он даже сделал сына своим наместником в Нормандии и Бретани.
В 1083 году королева умерла, и не нашлось никого, кто сказал бы хоть слово против ее благоразумия, добродетелей или набожности. Не было лучшей женщины ни в одной монастырской келье Нормандии, чем эта, которая несла тяжкое бремя нормандской короны и закончила печальную миссию правления покоренным народом так хорошо, как только могла. Жалко было смотреть, как король переносит горе. Вдобавок ко всему, вскоре в Новом лесу был убит их второй сын Ричард. Это место стало местом несчастий королевского двора. Затем последовала другая неприятность, которая затронула не только королевские чувства, она вызвала отчаянный гнев.
Вильгельм был добр ко всем родственникам со стороны матери, особенно к своему сводному брату Одо, епископу Байе. Он оказал ему много почестей и задолго до рассматриваемых событий пожаловал титул вице-короля Англии. Однако даже этого оказалось недостаточно для честолюбивого священнослужителя. Под предлогом сбора налогов (нет сомнения, он ссылался на скупость и алчность короля) он организовал процветающую систему поборов. Вскоре обнаружилось, что у него были амбиции занять папский престол в Риме и что он использовал деньги для подкупа кардиналов и завоевания доверия итальянской знати. Он купил дворец в Риме, роскошно обставил его и начал снаряжать флот, груженный сокровищами, на остров Уайт. Однажды, когда корабли были почти готовы к отплытию, а группа джентльменов, участвующих в предприятии, спокойно ожидала на берегу, внезапно появился Вильгельм. Король сурово отчитал собравшихся. Он говорил о неверности Одо, несмотря на полное доверие, которое ему всегда оказывалось, об угнетении им Англии, об обирании церквей и конфискации их земель, сокровищ и о том, что он добился, чтобы эти рыцари отправились вместе с ним в Рим, — эти воины, которые поклялись отражать нападения врагов на королевство!
Одо, епископ Байе
После того как все грехи Одо были перечислены, он был схвачен. Он кричал, что является лишь духовным лицом и слугой Всевышнего, заявлял, что не может быть приговорен без суда Папы Римского. Стоявшие рядом люди взволнованно переговаривались, поскольку никто не знал, как поступят потом с ними. Хитрый Вильгельм ответил, что он арестовывает не духовное лицо, не прелата, епископа Байе, а графа Кента, своего временного наместника, который должен отчитаться перед ним за плохое вице-королевское правление. В течение следующих четырех лет Одо вынужден был сносить тяготы заточения в старой башне Руана.
Эти последние четыре года земной жизни Завоевателя были мрачными. В 1087 году Вильгельм вернулся в Нормандию в последний раз — стране досаждал французский король. Одни говорят, что ссора началась между младшими членами семьи, другие — что Филипп потребовал, чтобы Вильгельм стал вассалом Англии. Ордерик Виталий, наиболее объективный из нормандских историков, заявляет, что спор возник по поводу права собственности на французские районы Уэссекса.
Завоеватель теперь был немолод, а выглядел еще старше. Он так никогда и не оправился полностью от того падения, когда Роберт сбросил его с коня, кроме того, страдал от других болезней и располнел. Врачи Руана постоянно следили за его здоровьем. Король Франции насмехался над его немощью, и поэтому в конце июля Вильгельм все же начал свою последнюю военную кампанию. Несомненно, он получил большое удовольствие, предав огню город Мантес. Когда пожар утих, Вильгельм верхом проскакал через покоренный город. Конь, ступая среди дымящихся развалин, вдруг встал на дыбы и перебросил неуклюжего седока вперед, через высокую луку седла. Для короля это был смертельный удар. Когда его привезли в Руан и он предстал перед докторами, он был очень плох. Вскоре у него началась лихорадка, приступы следовали один за другим в течение долгих шести недель. Жестокая лихорадка, жара, стоящая в середине лета, безразличие сиделок — это заставило его по-новому взглянуть на страдания, которые он причинил людям. Тем не менее мы можем лишь пожалеть его, когда он говорит: "В то время, когда мой отец по собственной воле отправился в дальние страны, оставив на меня герцогство Нормандия, я был всего лишь восьмилетним ребенком, и с того дня до сих пор я всегда терпел тяжесть своих доспехов".