Одной из причин столь серьезных задержек в выплате жалованья солдатам было то, что Казначейство распорядилось платить солдатам индивидуально, а не через их капитанов, и эту политику пришлось отменить, когда Бедфорд возобновил регентство, поскольку она была непрактичной. Бофорт также был ответственен за огромное количество пожалований земель и капитанства англичанам, многие из которых были его сторонниками, приехавшими на коронацию, что вызвало недовольство среди давно служивших английских и нормандских капитанов и, что более серьезно, создало проблему на будущее, передав военную инфраструктуру в руки тех, кто не собирался постоянно проживать во Франции[385].
Бофорт также лично поссорился с Бедфордом, который 12 октября 1431 года был вынужден протестуя согласиться с тем, что в будущем он будет занимать пост регента по поручению короля и Совета, а не по праву рождения, что влекло за собой возможность его отстранения от должности. Бофорт, несомненно, стоял за этим ограничением полномочий регента, что соответствовало утверждению верховенства королевского Совета над ролью Глостера как протектора Англии. Вероятно, кардинал решил так поступить на данном этапе, потому что думал остаться после возвращения Генриха VI в Англию. С момента своего прибытия во Францию в 1429 году Бофорт упорно трудился над созданием там новой властной базы для самого себя. Как глава Совета во Франции он эффективно контролировал административные и дипломатические дела, ограничив роль Бедфорда военной сферой. Поэтому у него было мало стимулов возвращаться в Англию. Если Бофорт хотел сохранить свои собственные полномочия во Франции, ему необходимо было ограничить полномочия Бедфорда, как только последний возобновит регентство после отъезда короля, поэтому он издал официальный указ о назначении себя на эту должность. Хотя Бедфорд был вынужден согласиться на это, поскольку ему нужны были деньги дяди для поддержания военных усилий, он не был готов уступить то, что фактически являлось разделом регентства. Когда король покинул Францию, Бедфорд внес небольшое, но существенное изменение в свой титул и отныне он стал именоваться "губернатором и регентом", подчеркивая всеобъемлющий характер своего назначения[386].
Бофорт главенствовал на коронации, что, возможно, объясняет, почему парижане так плохо справились с ней. Возможно, он также был ответственен за резкое завершение пребывания короля во Франции, поскольку его собственное положение в Англии снова оказалось под серьезной угрозой. В ноябре 1431 года Глостер, который был полон решимости не допустить возобновления государственной службы своего дяди в Англии, возбудил против него судебное преследование за то, что он стал кардиналом, не оставив свою Винчестерскую кафедру и если Бофорт не явится лично для защиты в течение двух месяцев, он подлежал разжалованию по закону praemunire. Возвращение с королем, очевидно, обеспечило бы ему определенную защиту, поэтому они вместе отправились в Англию вскоре после коронации.
Однако, когда они достигли Кале, решимость Бофорта покинула его. Умоляя о вызове в Рим нового Папу, он получил разрешение отправиться туда, но вместо этого остался в Кале, чтобы дождаться прибытия своей казны и драгоценностей, которые он приказал переправить на континент. Бофорт сделал это тайно и в нарушение законов, контролирующих вывоз драгоценных металлов, поэтому, когда Глостер узнал об этом, у него был прекрасный повод все конфисковать. А поскольку его казна служила обеспечением по займам, Бофорт теперь был не только без гроша в кармане, но и политически бессилен.
Не удержавшись, Глостер уволил всех сторонников Бофорта в английском правительстве и приготовился обвинить дядю в государственной измене. Это оказалось слишком серьезным шагом для тех, кто опасался деспотических наклонностей Глостера, и Парламент снова вмешался, чтобы заключить соглашение. Бофорт был оштрафован на 6.000 ф.с. (3.15 млн. ф.с.), которые можно было вернуть в течение шести лет, если он докажет свою невиновность, и должен был выдать заем еще на 6.000 ф.с., а взамен все обвинения против него были сняты, а с его казны снят арест. Тем не менее, его влиянию на короля и Совет, которое он восстанавливал с 1429 года, пришел конец. Отстраненный от политической власти как в Англии, так и во Франции, он был вынужден вернуться к своим епархиальным обязанностям, что, должно быть, было для него новым разочарованием[387].