Харизма привилегированного класса находилась в зависимости от его ничем не прерываемого процветания. Это было разрушено опустошительной эпидемией в Кито, междоусобной войной за престолонаследие и больше всего массовой резней на площади Кахамарки и пленением Инки. Среди жителей Анд стало расти разочарование и безразличие к судьбе бывшего правящего класса. Они не могли постичь, что испанцы, пришедшие с Писарро, представляли собой передовой отряд вторжения, которое в конечном счете поработит их всех. Поэтому они стояли в стороне, и испанцы поняли, что классовые различия в империи инков могут сыграть в их пользу, так же как и семейные раздоры междоусобной войны.
Политика, которую решил проводить Атауальпа, используя всю имевшуюся у него власть, состояла в том, чтобы выплатить выкуп для спасения его собственной жизни. Очевидно, он рассуждал, что испанцы, которые не убили его сразу же после победы, выполнят свое обещание и вернут ему свободу, когда выкуп будет собран. Тогда, на свободе, он получит в свое обладание империю, которую для него завоевали его полководцы. Поэтому он приказал своим военачальникам оставаться на своих местах на юге Перу, ускорить присылку золота для выкупа и не пытаться силой освободить его. Сам Атауальпа был доволен своим существованием в условиях привычного комфорта в Кахамарке, в то время как шло накопление золота.
Военачальники Атауальпы Кискис и Чалкучима ведут Инку Уаскара в Кахамарку
Вскоре после пленения Атауальпы пришла весть, что его пленного брата Уаскара везут из Куско и что он находится на расстоянии всего нескольких дневных переходов от Кахамарки. Писарро сказал Атауальпе, что ему очень хочется увидеть его соперника, и приказал Атауальпе обеспечить его благополучное прибытие. Испанцы думали, что скоро у них в руках будут два претендента на трон инков. Атауальпа был все еще поглощен политикой в междоусобной войне и был уверен, что испанцы не представляют угрозы внешнего вторжения. Поэтому вместо того, чтобы приказать освободить Уаскара для организации национального сопротивления, он думал только о том, какая опасность ему грозит, если его соперник окажется в Кахамарке. Поэтому Уаскар был убит своей охраной в Андамарке, в горах, выше долины Санта между Уамачуко и Уайласом, немного южнее Кахамарки. Атауальпа, протестуя, заявил испанцам, что охрана Уаскара действовала по своей собственной инициативе, и Писарро принял это в высшей степени маловероятное объяснение. Трудно было допустить, чтобы какой-нибудь перуанец осмелился убить брата Атауальпы, не имея на то его четкого приказа, особенно в такой близости от него.
Убийство Уаскара было кульминацией истребления ветви королевской фамилии из Куско, и оно немедленно дало Атауальпе личное преимущество. «Так он обычно поступал со своими братьями <…> потому что, по его собственным словам, он убил многих из них, кто пошел за его братом [Уаскаром]». Среди предметов, которыми очень дорожил Атауальпа, была голова Атока, одного из полководцев Уаскара, который взял Атауальпу в плен под Томебамбой и потерпел поражение в первом же сражении гражданской войны под Амбато, южнее Кито. Кристобаль де Мена видел эту «голову, обтянутую кожей, с волосами и высохшей плотью. В ее стиснутых зубах было зажато серебряное горлышко. Сверху к голове была приделана золотая чаша. Атауальпа имел обыкновение пить из нее, когда ему напоминали о войнах, развязанных против него его братом. Ему наливали чичу в золотую чашу, и он пил ее из горлышка во рту головы».