Писарро проплыл вдоль побережья Перу до реки Санта, как она и теперь называется. Две другие высадки на берег подтвердили важность открытия и необычность этой загадочной империи. Экспедиция вернулась с доказательствами. Это были ламы, керамические и металлические сосуды, прекрасная одежда и мальчики, которых предстояло обучить испанскому языку и сделать переводчиками. Люди из экспедиции Писарро мельком увидели краешек великой цивилизации, развивавшейся в течение веков в полной изоляции от остальной части человечества.
Исследователи были возбуждены своими открытиями и масштабом возможных завоеваний, но они не смогли вызвать энтузиазма у губернатора Панамы. Они решили послать Писарро назад в Испанию, чтобы заручиться одобрением короля и достать еще денег и людей. Король Карл хорошо принял Писарро в Толедо в середине 1528 года. Писарро повезло, что его приезд совпал с возвращением Кортеса, который очаровал придворных дам щедрыми подарками из мексиканских сокровищ и был пожалован титулом маркиза и другими почестями. Кортес воодушевил Писарро; только благодаря этому бьющему через край восторгу от мыслей о будущем завоевании Мексики Писарро легко удалось завербовать жаждущих приключений молодых авантюристов в своем родном Трухильо-де-Эстремадура. Король Карл должен был покинуть Толедо, но 26 июля 1529 года королева подписала соглашение, в котором она разрешала Писарро открыть и завоевать Перу. Писарро был объявлен губернатором и генерал-капитаном Перу, Альмагро – комендантом Тумбеса, а Луке был назначен протектором индейцев, и в дальнейшем ему был обещан сан епископа Тумбесского.
Писарро отплыл из Севильи в январе 1530 года на кораблях, полных будущих завоевателей, среди которых были его единокровные братья Эрнандо, Хуан и Гонсало Писарро и Франсиско Мартин де Алькантара. В Панаме Диего де Альмагро выразил – по вполне понятной причине – решительное неудовольствие своим незавидным назначением согласно договору в Толедо. Он согласился продолжить предприятие только после того, как ему было обещано звание маршала и должность губернатора земель, лежащих за пределами владений Писарро.
Третья экспедиция Писарро отплыла из Панамы 27 декабря 1530 года, но по необъяснимой причине высадилась на побережье Эквадора, не достигнув Тумбеса. Потянулись тяжелые месяцы: утомительный поход вдоль тропического побережья, эпидемия бубонной чумы, остановка на мрачном острове Пуна в Гуаякильском заливе и многочисленные стычки с местными жителями. Самое серьезное столкновение произошло при попытке экспедиции пересечь на плотах залив от острова Пуна и высадиться на материке, на территории перуанских инков. Наконец, конкистадоры начали вторжение в империю инков, но они были еще в ее отдаленном уголке, далеко от ее сказочных городов и богатств. Тумбес, место обещанной епархии, находился в руинах, и не было видно никаких признаков присутствия там испанца, который предпочел остаться там на жительство. Местные жители сказали, что это разрушение произошло в результате междоусобной войны между инками.
Закончился 1531 год, и прошло уже несколько месяцев 1532 года с того дня, когда третья экспедиция покинула Панаму, но Писарро продвигался вперед с осторожностью. Он оставил Тумбес в мае 1532 года и отправился в район Поэчос на реке Чира. Следующие месяцы он провел в исследованиях пустынной северо-западной части Перу. Было потрачено несколько недель на то, чтобы переправить по морю часть людей из Тумбеса в Тангарару, на 120 миль к югу. Чтобы поднять дух людям Писарро, к ним приплыли корабли с подкреплением: закаленный в боях Себастьян де Беналькасар привез 30 человек из Никарагуа, а отважный Эрнандо де Сото прибыл еще с одним отрядом. Писарро убил местного вождя по имени Амотапе, очевидно, с целью запугать местных жителей этой отдаленной провинции. Затем он выбрал место для первого испанского поселения в этой чужой стране: в середине сентября небольшой церемонией было отмечено основание поселка Сан-Мигель-де-Пьюра недалеко от Тангарары. Около 60 испанцев остались жить в поселке, а Писарро стал поспешно продвигаться в глубь империи инков с крошечной армией, состоявшей из 62 всадников и 106 пеших солдат. Закончились месяцы колебаний.