Император был тронут такими решительными суждениями. Он написал Писарро холодное послание: «Мы получили ваше сообщение о казни плененного вами касика Атауальпы». Карл принял утверждение Писарро, что Инка готовил силы для нападения. «И тем не менее мы недовольны смертью Атауальпы, а особенно тем, что это было сделано именем правосудия, ведь он был монархом… После получения сведений об этом деле мы пришлем наше повеление». Король помнил о святости королевского права помазанника Божьего. А оно серьезно подрывалось действиями такого удачливого выскочки, как Писарро, который безнаказанно смог казнить одного из самых могущественных императоров в мире.
В течение сороковых годов XVI века хронисты отражали это официальное неодобрение действий Писарро в своих нападках на него. Гонсало Фернандес де Овьедо строго осудил убийство «такого великого государя», назвав его «позорным деянием» и «плохой услугой Господу и императору», «актом великой неблагодарности» и «вопиющим грехом». Паскуаль де Андагойя открыто обвинил Писарро и его чиновников в обмане: они «заставили индейских колдунов, которые были враждебно настроены по отношению к Атауальпе, объявить, что у него есть наготове армия, чтобы напасть и убить их. Атауальпа ответил, что все это ложь <…> пусть они пошлют кого-нибудь на равнину, где, по их сведениям, собирались войска, чтобы удостовериться в этом. С этой целью из лагеря выступил капитан Сото с несколькими товарищами. Но все было подстроено так, что Писарро и его советники убили Атауальпу до возвращения Сото». Хуан Руис де Арсе в личном послании своей семье также обвинил Писарро в том, что «он сыграл на обмане конкистадоров», отправив Сото на поиски химеры.
Около 1550 года акценты сместились. Теперь первых завоевателей возвели в ранг овеянных славой, почти легендарных героев. Поэтому хронисты стали искать козлов отпущения и перестали обвинять Писарро и его людей в преднамеренном обмане. Доказательствами предполагаемой вины Атауальпы послужили свидетельские показания местных жителей, допрошенных по поводу армии Руминьяви. Эти допросы были проведены через посредничество индейцев-переводчиков, которых обучили испанцы. Главный переводчик, молодой человек, весьма располагающий к себе, которого ласково называли Фелипильо, был арестован в 1536 году людьми Альмагро и задушен по обвинению в предательстве. Перед смертью он признался и в других случаях, когда он подстрекал местных жителей против испанцев. Агустин де Сарате и шовинистически настроенный Франсиско Лопес де Гомара создали историю, будто Фелипильо намеренно искажал показания местных жителей в 1533 году. А также будто бы его застали в момент прелюбодеяния с одной из жен Атауальпы, и только его ценность как переводчика спасла его от немедленной смерти за этот акт оскорбления его величества; и затем он подстроил казнь Атауальпы, чтобы спасти свою шкуру. Эта версия предлагала необходимого козла отпущения и спасала репутацию конкистадоров. Никто не принимал во внимание, что таких проницательных людей, как Серес и Санчо, вряд ли мог ввести в заблуждение диаметрально противоположный по смыслу перевод таких исключительно важных свидетельских показаний. Поэтому история с фальшивым переводчиком была с радостью принята. Она возникла в пятидесятых годах XVI века и пересказывается и по сей день.
Репутации конкистадоров были также отчасти восстановлены благодаря тому, что казнь Атауальпы состоялась в результате последовательных судебных действий, а не была просто поспешным решением руководящей верхушки. Фернандес де Овьедо непреднамеренно положил этому начало, когда написал, что «они начали судебный процесс, который был плохо организован и еще хуже записан; его главными авторами были своекорыстный, неуправляемый, бесчестный священник, аморальный и некомпетентный нотариус и люди одного с ними сорта». Лопес де Гомара, который в своем труде «Испания Виктрикс» прославлял завоевания конкистадоров, развил эту тему, добавив, что Писарро устроил суд по всем правилам – это должно было воззвать к чувствам испанцев XVI века, приверженных букве закона. Гарсиласо увидел в этом зародыш хорошего сюжета. В своих «Коментариос реалес», опубликованных в 1617 году, он утверждал, что Гомара почти не оценил по достоинству этот суд. Сам он раздул его до размеров «торжественного и весьма продолжительного» действа, в котором принимали участие двое судей, государственный обвинитель, адвокаты защиты, поверенные, много свидетелей (чьи показания были конечно же искажены при переводе). В нем содержалось расследование по двенадцати пунктам, продолжительные дебаты в зале суда, апелляции к императору Карлу V и назначение официального защитника Атауальпе. Обвинительный акт Инки теперь содержал обвинения в убийстве его брата Уаскара, уничтожении племени каньяри и других, в совершении так называемых человеческих жертвоприношений и в кровосмесительной полигамии. Гарсиласо также представил имена одиннадцати испанцев, которые якобы смело выступили в защиту Инки. Таким образом, суд, вымышленный Гомарой, чтобы обелить поведение испанцев, был использован красноречивым Гарсиласо, чтобы усилить драматизм, насмешку и ужас казни Атауальпы. «Суд» Гарсиласо выглядел чрезвычайно драматично, и с этой историей трудно расстаться. Прескотт повторил ее, но с некоторой осторожностью: озадаченный тем, что самый главный апологет инков подчеркивал законность казни Атауальпы, Прескотт заключил, что «где нет повода для обмана, как в этом примере, там, вероятно, можно поверить [Гарсиласо] на слово». Спустя некоторое время историки перестали мучиться сомнениями, повторяя эту версию. Маркхэм, Хелпс, Минс и другие негодовали по поводу этого «убийства по суду». Книга, написанная в 1963 году, даже предлагала сравнение с современностью: «Как в сталинской России нашего времени, судебное разбирательство было проведено с выставлением напоказ правильности процессуальных форм». Маркхэм уделил большое внимание одиннадцати испанцам из рассказа Гарсиласо, выступившим в защиту Инки, назвав их «немногими честными и уважаемыми людьми», чьи имена «достойны памяти». Хайэмс и Ордиш восхваляли «огромное нравственное мужество» этих «десяти процентов» испанской общины в Кахамарке за то, что «они были готовы, перед лицом большинства и истеблишмента, с риском для себя встать на защиту справедливости и милосердия». К несчастью для этого убедительного рассказа, выяснилось, что только двое из одиннадцати доблестных мужей, названных Гарсиласо, действительно находились в то время в Кахамарке. Все свидетельские отчеты на самом деле оставили совершенно другое впечатление. Самые первые хронисты подразумевали, что большинство испанцев были за то, чтобы оставить Инку в живых, или им было все равно. И только определенное меньшинство, возглавляемое Альмагро и казначеем Рикельме, силой заставили Писарро допустить трагическую казнь.