Во время остановки в Хаухе молодой Инка Тупак Уальпа умер от болезни, которая подтачивала его силы еще в Кахамарке. Испанцы были глубоко опечалены потерей такой послушной марионетки и стали искать виновника. Авторитетные жители Хаухи написали королю: «Считалось, что военачальник Чалкучима дал ему какие-то травы или питье, от которого он умер, хотя этому и не было никаких доказательств, и полной уверенности в этом тоже не было». Молодой Инка, вероятно, умер естественным путем, хотя у Чалкучимы была веская причина, чтобы убить этого члена кусковской ветви королевской фамилии, сотрудничающего с врагами. Смерть Инки привела испанцев в большое замешательство. В свое время Писарро выбрал Тупака Уальпу как человека, наиболее приемлемого для вождей Атауальпы, и теперь он не знал, кого возвысить. Он понятия не имел о том, что Перу бурлило от заговоров, целью которых было короновать других претендентов. В Кито военачальники Атауальпы рассматривали возможность возведения на престол брата Инки, Киллискачу, в то время как генерал Руминьяви собирался захватить власть для себя. Ходили слухи, что генерал Кискис в Куско предложил королевский головной убор брату Атауальпы Паулью, который симпатизировал китонцам. Писарро в спешке созвал на совет местных вождей, включая генералов Чалкучиму и Тисо. Встреча зашла в тупик, так как были выдвинуты два возможных кандидата на место Инки. Сторонники Уаскара предложили родного брата умершего Тупака Уальпы, по-видимому, того, кого звали Манко, который находился в районе Куско; китонцы же высказались в пользу юного сына Атауальпы. Писарро же постарался тайком оказать поддержку обеим сторонам. Он сказал Чалкучиме, что сделает его регентом, если тот сможет завлечь сына Атауальпы в лагерь испанцев на коронацию. Чалкучима ответил, что пошлет гонцов в Кито, чтобы те привезли мальчика. Вероятно, и тот и другой лгали друг другу, и из этого предложения ничего не вышло.
Этот торг по поводу престолонаследия показал, как низко пало величие Инки после начала гражданской войны и после всех унижений Атауальпы. Как только положение Инки потеряло свой престиж, то же самое произошло и со всей правящей кастой Перу. Другой разрушительной тенденцией стало понижение роли Куско и возрождение региональных центров и племенных столиц. В империи инков главенствующее положение занимало одно племя, один город и одна правящая династия. Поэтому Куско стал духовным и административным центром империи, какими в свое время были Рим и Византия. Здесь находилась роскошная резиденция каждого приходящего к власти Инки, пантеон мумифицированных правителей, огромная центральная площадь для церемоний, двор, посещаемый представителями всех ассимилированных племен, и административные советы при дворе Инки. Язык инков, кечуа, был обязательным для всех в империи и оказался самым долговечным наследием инков: в настоящее время более половины населения Перу говорит на нем как на родном языке.
Куско занимал главенствующее положение и как религиозный центр империи. Здесь располагались главные храмы официального бога-создателя Виракочи, а также храмы Солнца и Луны, поклонение которым инки пытались внедрить вместо почитания отдельных племенных божеств. Анимизм, существовавший до культа Солнца, все еще сохранялся: по всей долине Куско были разбросаны бесчисленные храмы и святыни вроде скал, источников, пещер и деревьев. К ним относились горы Уанакаури и Кенко и пещера Тамбо-Токо в Пакаритамбо. В настоящее время установлена связь всех этих святынь с легендой о том, как предок инков Манко-Капак овладел Куско. Инки проявили искусство и такт при обращении с божествами покоренных племен. Священные предметы и изображения богов, которые можно было перенести, удостоились чести быть перевезенными в Куско вместе со жрецами, которые им служили. Оказавшись там, они стали заложниками традиционного поведения своих племен. В Куско сфокусировались многие религиозные церемонии, которыми был заполнен календарь инков. В начале сезона дождей в декабре праздновалась церемония Капак-Райми, на время которой чужестранцы должны были покинуть Куско, пока подростки из семей знатных инков проходили обряд совершеннолетия. В мае отмечался праздник Айморай, посвященный сбору урожая кукурузы, а в июне устраивалось большое торжество под названием Инти-Райми в честь Солнца. Сентябрьский праздник Ситуа, или Койя-Райми, представлял собой церемонию очищения: в главной церемонии участвовали божества подвластных инкам племен, а из Куско во все концы империи отправлялись эстафеты бегунов, которые исполняли символические ритуалы изгнания духов. Пахота в отдаленных провинциях могла начаться лишь после того, как Инка вскопает землю золотым ручным плугом в Куско.