По краям центральной площади Аукайпата находились дворцы и церемониальные здания Инков. Каждый Великий Инка во время своего правления строил себе дворец, а после его смерти здание сохранялось как место, где покоится его дух. В нем оставалось все убранство и находилось мумифицированное тело Инки и его изображение («уауке»). За дворцом и всем, что в нем находилось, присматривали слуги, принадлежавшие усопшему Инке или кому-нибудь из его рода («айлью»). Мумифицированные тела Инков регулярно выносили для участия в церемониях на площади, им предлагали пищу и питье. Инки были слишком уверены в прочности своей империи и в честности ее граждан, чтобы прятать те предметы, которыми владел при жизни их мертвый правитель. Поэтому нет надежды обнаружить в Перу вторую гробницу Тутанхамона. Напротив, во дворцах разместились офицеры армии Писарро, причем каждый из них вступил во владение одним из зданий, расположенных на самой площади. Эта невольная оккупация в день вступления испанцев в Куско позже была превращена в акт основания в городе Куско испанского муниципалитета с передачей ему соответствующего правового титула.
Сам Писарро взял себе дворец Касана, который принадлежал Великому Инке-завоевателю Пачакути, возглавившему экспансионистские походы инков за пределы Куско в XV веке. Дворец располагался на северо-западной стороне площади, в той ее части, где через нее протекала речка Уатанай. Выдающейся особенностью этого дворца был огромный зал. Гарсиласо де ла Вега увидел его впервые, будучи в Куско еще мальчиком в середине XVI века. «Во многих домах инков были большие залы, до 200 ярдов в длину и до 50–60 ярдов в ширину, в которых инки отмечали свои праздники и танцевали, когда дождливая погода не позволяла им проводить их на открытом воздухе. В детстве в Куско я видел четыре таких зала, которые оставались еще нетронутыми. <…> Самым большим из них был зал во дворце Касана, он мог вместить в себя 4 тысячи человек». Огромный зал во дворце Касана был позже разрушен, и на его месте появились сводчатые галереи в колониальном стиле и магазинчики. Некоторые из них развалились во время землетрясения в мае 1950 года; под ними обнаружились серые камни кое-каких древних стен дворца, которые так и оставили лежать для обозрения.
Младшие братья Писарро, Хуан и Гонсало, расквартировались неподалеку от него в зданиях, которыми пользовался Уайна-Капак, а до него они принадлежали другим Великим Инкам. Как партнер Писарро и второй начальник экспедиции, Диего де Альмагро был удостоен самого нового дворца, который только недавно был построен для Уаскара. Этот дворец находился на возвышенности в северной части площади, сразу же за домами, в которых разместились младшие братья Писарро.
Другой великолепный дворец стоял прямо напротив дворца Касана, в котором обосновался Франсиско Писарро. Это был главный дворец Уайна-Капака – Амару-Канча. Педро Санчо описал его как самый прекрасный из четырех дворцов на главной площади. «В него ведет вход из красного, белого и разноцветного мрамора, и он украшен другими двугранными конструкциями, великолепными на вид». Мигель де Эстете написал, что «у дворца есть две прекрасные башни и богатый вход, облицованный кусочками серебра и другими металлами». А Гарсиласо вспомнил, что у одной из башен «были стены высотой 4 эстадо [30 футов], но крыша была значительно выше, сделана из чудесного дерева, которое использовалось при строительстве королевских дворцов. Крыша и стены были круглыми. Вместо флюгера на вершину крыши был помещен длинный толстый шест, который зрительно делал здание выше и добавлял впечатления от его внешнего вида. Башня имела в диаметре свыше 60 футов». В добавление к башням во дворце Амару-Канча был огромный зал. Он достался Эрнандо де Сото и Эрнандо Писарро, который затем должен был отплыть в Испанию. В конечном счете Эрнандо Писарро получил в свое владение весь этот участок и много лет спустя продал его ордену иезуитов. Очаровательная розоватая церковь иезуитов, построенная в стиле барокко, занимает теперь эту часть площади.