Наши трофеи при взятии Ура-Тюбе и Джизака были 20 знамен, 39 орудий. Наши потери убитыми и ранеными составили 224 человека.
Вновь образованная Туркестанская область прикрыла собою всю степь с кочевым киргизским населением и сделала ее нашим внутренним владением. Вместе с тем установилось и спокойствие в степи. Но замирив степь, мы вошли в непосредственное соприкосновение с тремя среднеазиатскими ханствами: Кокандским, Бухарским и Хивинским, которые не признавали международных обязательств и покорялись только силе. В то же время в восточных областях Китая (восточном Туркестане) быстро развилось с 1862 по 1865 год Дунганское восстание, в результате которого, в отложившихся от Китая областях, возникло в 1867 году два новых мусульманских владения: в Кульдже и главное в Кашгарии, под управлением нашего давнишнего противника Якуб-бека, сражавшегося против нас еще под Ак-Мечетью. Явилось справедливое опасение общего союза мусульманских владений для борьбы против гяуров (не-верных) — русских. Между тем, наши пограничные войска были подчинены двум независимым один от другого начальникам (округа Алатавского из г. Верный и области Туркестанской из г. Ташкента), подчиненным, в свою очередь, один — Западно-Сибирскому, другой — Оренбургскому генерал-губернаторам. При отсутствии телеграфа и расстояниях до 2,000 верст (Ташкент-Оренбург) о единстве действий не могло быть и речи. В устранение этих недостатков и с целью дать вновь занятым местностям правильное гражданское устройство, в 1867 году было образовано Туркестанское генерал-губернаторство и военный округ, в состав которого вошли Туркестанская область и Семиреченская, составленная из частей Семипалатинской области и Алатавского округа.
Назначенному Туркестанским генерал-губернатором, генерал-адъютанту Кауфману предоставлено право вести непосредственные переговоры с соседними среднеазиатскими владениями, объявлять войну и заключать мир.
Прибыв в край в ноябре 1867 года, ген. Кауфман, несмотря на волнения в населении, обратил главное внимание на устройство внутреннего управления краем и всеми силами стремился к мирному соглашению с правителями среднеазиатских ханств. По отношению к Кокандскому ханству, это удалось вполне. С Худояр-ханом кокандским был заключен договор, открывший ханство русской торговле: договор действовал все время до 1875 года, когда восставшее население изгнало дружественного нам хана и вынудило нас к походу и завоеванию ханства. Но переговоры с Бухарою не привели к желательным результатам. Эмир добивался очищения нами Ура-Тюбе и Джизака, чего нельзя было сделать, не подорвав значения нашего в Азии, ибо такой акт был бы истолкован, как признание слабости русских перед Бухарою. В тоже время эмир собрал в Самарканде многочисленную армию, нанял на службу до 10,000 туркмен и вел переговоры с Хивою, Кашгаром и Афганистаном об образовании общего союза для борьбы с русскими.
Поход 1868 года под Самарканд.
Весна 1868 года началась тревожно. В марте месяце эмир, под давлением духовенства, торжественно объявил газават. Известие об этом было встречено сочувственно всеми мусульманами. Проповедники газавата явились на базарах Ташкента, Ура-Тюбе и Джизака и волновали народ. В занятых нами городах начались нападения на одиночных солдата и часовых. Население Ташкента тоже волновалось; эмир становился все настойчивее в своих требованиях и, наконец, стал явно готовиться перенести борьбу в наши пределы. Бухарские многочисленные шайки показались в окрестностях Яны-Кургана и Джизака, где стояли наши передовые отряды, и прервали сообщение между ними, производившееся не иначе, как только «оказиями» с сильными прикрытиями. Шайки появились даже под Ташкентом. Так было произведено нападение на казачий пост в Кураминском уезде. Волнение передалось также и каракиргизам Семиреченской области.
При таком положении дела неизбежность вооруженной борьбы с Бухарою стала очевидною. Предстояло решить только: будет ли эта борьба с нашей стороны оборонительная или наступательная. Генерал Кауфман решил, что для оборонительной войны у нас недостаточно войск для прикрытия обширных границ от вторжения противника и для борьбы внутри наших пределов с бухарцами и с восставшим населением. (Восстание населения с приближением бухарских войск к Ташкенту признавалось неизбежным.) Наоборот, быстрый и решительный удар, нанесенный бухарцам в центре их средоточия, обещал скоро затушить начинавшийся в мусульманском мире общий пожар.
Наши силы в Сырдарьинской области, постоянно подкрепляемые с 1863 года, достигли к 1868 году числительности 11 батальонов, 32 орудий и 21 сотни казаков при 380 орудиях, расположенных в занимаемых нами в этой области 17 пунктах.
На лицо к 1-му апреля находилось: пехоты 7,800 чел., казаков 1,900 чел. и 700 артил. Некомплекта противу штатов достиг цифры 126 офицеров и 4,200 нижних чинов. Главная причина такого некомплекта заключалась в чрезмерной болезненности войск, особенно на передовых пунктах в Джизаке и Яны-Кургане. Расположенные в этих пунктах три батальона переболели почти поголовно лихорадками, а зимою 1867 года, вследствие сырых сырцовых помещений, наскоро сооруженных, между войсками развился в сильнейшей степени тиф, унесший сотни жертв. Из всего 2-го линейного батальона к весне 1868 года едва ли можно было собрать роту совершенно здоровых людей.
В течении 8 месяцев 1867 — 68 годов в лазареты области поступило 12,000 больных. С августа по апрель умерло 820 человек.
В марте 1868 г. больных в войсках было 1,800 человек. Кроме больных, на некомплект влияло большое число чинов, находившихся в командировках при разных лечебных и хозяйственных учреждениях, не имевших еще утвержденных штатов; кроме того, почти 400 человек назначено в прислугу прибывшим в край чиновникам. Всего командированных считалось свыше 1,000 человек.
Наши войска к весне 1868 года занимали главным образом следующие пункты:
Яны-Курган, в 70 верстах от Самарканда, — 10 рот, 3 сотни, 12 орудий.
Джизак — 5 рот, 6 орудий, 7 сотен казаков.
Ходжент — 10 рот, 10 орудий, 1 сотня.
В Ташкенте в общем резерве — 8 рот, 12 орудий, 2 сотни.
К весне 1868 года регулярные силы бухарцев состояли из 12 бат. пехоты (сарбазов), 150 орудий полевой артиллерии и 30 сотен конницы. Вместе с вооруженным населением и нанятыми туркменами, бухарцы могли выставить против нас 40–50,000 человек.
Решив двинуться вперед, генерал Кауфман быстро сосредоточил войска в Яны-Кургане и 30-го апреля выступил из этого пункта к Самарканду с отрядом в составе 21 роты пехоты, 16 орудий, 5 сотен казаков, силою около 3,500 чел.
Сделав усиленный переход, войска наши на другой день, 1-го мая, уже стояли перед Самаркандом, лицом к лицу с бухарской армиею. Наши противники заняли весьма сильную позицию на Чапанатинских высотах, прикрытую многоводным и быстрым Зеравшаном, со многими рукавами и каналами, местами весьма глубокими и топкими. Русские войска, двинутые вперед двумя колоннами: генерала Головачева и подп. Абрамова, преодолели все преграды, преодолели огонь 40 орудий, прошли по грудь в воде по отысканным под огнем бродам через Зеравшан и его притоки, и с неудержимою отвагою ударили на бухарцев, сидевших в глубоких траншеях. Странный вид представляли эти горсточки наших солдат, окруженные и разъединенный тучею бухарских всадников, все подвигавшиеся вперед к позиции, признававшейся неприступною и занятой в 10 раз сильнейшим противником. Но такова сила духа, такова отвага, не знающая невозможного, русских войск, что уже одно это безостановочное движение вперед наших колонн поколебало сердца бухарцев, стало представляться и им неотразимым. Действительно, когда наши войска, перейдя последний проток, с криком «ура» бросились на длинные линии бухарцев в штыки, все бежало, оставив нам 21 орудие и массу оружия.