Назначенному Туркестанским генерал-губернатором, генерал-адъютанту Кауфману предоставлено право вести непосредственные переговоры с соседними среднеазиатскими владениями, объявлять войну и заключать мир.
Прибыв в край в ноябре 1867 года, ген. Кауфман, несмотря на волнения в населении, обратил главное внимание на устройство внутреннего управления краем и всеми силами стремился к мирному соглашению с правителями среднеазиатских ханств. По отношению к Кокандскому ханству, это удалось вполне. С Худояр-ханом кокандским был заключен договор, открывший ханство русской торговле: договор действовал все время до 1875 года, когда восставшее население изгнало дружественного нам хана и вынудило нас к походу и завоеванию ханства. Но переговоры с Бухарою не привели к желательным результатам. Эмир добивался очищения нами Ура-Тюбе и Джизака, чего нельзя было сделать, не подорвав значения нашего в Азии, ибо такой акт был бы истолкован, как признание
Поход 1868 года под Самарканд.
Весна 1868 года началась тревожно. В марте месяце эмир, под давлением духовенства, торжественно объявил газават. Известие об этом было встречено сочувственно всеми мусульманами. Проповедники газавата явились на базарах Ташкента, Ура-Тюбе и Джизака и волновали народ. В занятых нами городах начались нападения на одиночных солдата и часовых. Население Ташкента тоже волновалось; эмир становился все настойчивее в своих требованиях и, наконец, стал явно готовиться перенести борьбу в наши пределы. Бухарские многочисленные шайки показались в окрестностях Яны-Кургана и Джизака, где стояли наши передовые отряды, и прервали сообщение между ними, производившееся не иначе, как только «оказиями» с сильными прикрытиями. Шайки появились даже под Ташкентом. Так было произведено нападение на казачий пост в Кураминском уезде. Волнение передалось также и каракиргизам Семиреченской области.
При таком положении дела неизбежность вооруженной борьбы с Бухарою стала очевидною. Предстояло решить только: будет ли эта борьба с нашей стороны оборонительная или наступательная. Генерал Кауфман решил, что для оборонительной войны у нас недостаточно войск для прикрытия обширных границ от вторжения противника и для борьбы внутри наших пределов с бухарцами и с восставшим населением. (Восстание населения с приближением бухарских войск к Ташкенту признавалось неизбежным.) Наоборот, быстрый и решительный удар, нанесенный бухарцам в центре их средоточия, обещал скоро затушить начинавшийся в мусульманском мире общий пожар.
Наши силы в Сырдарьинской области, постоянно подкрепляемые с 1863 года, достигли к 1868 году числительности 11 батальонов, 32 орудий и 21 сотни казаков при 380 орудиях, расположенных в занимаемых нами в этой области 17 пунктах.
На лицо к 1-му апреля находилось: пехоты 7,800 чел., казаков 1,900 чел. и 700 артил. Некомплекта противу штатов достиг цифры 126 офицеров и 4,200 нижних чинов. Главная причина такого некомплекта заключалась в чрезмерной болезненности войск, особенно на передовых пунктах в Джизаке и Яны-Кургане. Расположенные в этих пунктах три батальона переболели почти поголовно лихорадками, а зимою 1867 года, вследствие сырых сырцовых помещений, наскоро сооруженных, между войсками развился в сильнейшей степени тиф, унесший сотни жертв. Из всего 2-го линейного батальона к весне 1868 года едва ли можно было собрать роту совершенно здоровых людей.