В течении 8 месяцев 1867 — 68 годов в лазареты области поступило 12,000 больных. С августа по апрель умерло 820 человек.
В марте 1868 г. больных в войсках было 1,800 человек. Кроме больных, на некомплект влияло большое число чинов, находившихся в командировках при разных лечебных и хозяйственных учреждениях, не имевших еще утвержденных штатов; кроме того, почти 400 человек назначено в прислугу прибывшим в край чиновникам. Всего командированных считалось свыше 1,000 человек.
Наши войска к весне 1868 года занимали главным образом следующие пункты:
Яны-Курган, в 70 верстах от Самарканда, — 10 рот, 3 сотни, 12 орудий.
Джизак — 5 рот, 6 орудий, 7 сотен казаков.
Ходжент — 10 рот, 10 орудий, 1 сотня.
В Ташкенте в общем резерве — 8 рот, 12 орудий, 2 сотни.
К весне 1868 года регулярные силы бухарцев состояли из 12 бат. пехоты (сарбазов), 150 орудий полевой артиллерии и 30 сотен конницы. Вместе с вооруженным населением и нанятыми туркменами, бухарцы могли выставить против нас 40 — 50,000 человек.
Решив двинуться вперед, генерал Кауфман быстро сосредоточил войска в Яны-Кургане и 30-го апреля выступил из этого пункта к Самарканду с отрядом в составе 21 роты пехоты, 16 орудий, 5 сотен казаков, силою около 3,500 чел.
Сделав усиленный переход, войска наши на другой день, 1-го мая, уже стояли перед Самаркандом, лицом к лицу с бухарской армиею. Наши противники заняли весьма сильную позицию на Чапанатинских высотах, прикрытую многоводным и быстрым Зеравшаном, со многими рукавами и каналами, местами весьма глубокими и топкими. Русские войска, двинутые вперед двумя колоннами: генерала Головачева и подп. Абрамова, преодолели все преграды, преодолели огонь 40 орудий, прошли по грудь в воде по отысканным под огнем бродам через Зеравшан и его притоки, и с неудержимою отвагою ударили на бухарцев, сидевших в глубоких траншеях. Странный вид представляли эти горсточки наших солдат, окруженные и разъединенный тучею бухарских всадников, все подвигавшиеся вперед к позиции, признававшейся неприступною и занятой в 10 раз сильнейшим противником. Но такова сила духа, такова отвага, не знающая невозможного, русских войск, что уже одно это безостановочное движение вперед наших колонн поколебало сердца бухарцев, стало представляться и им неотразимым. Действительно, когда наши войска, перейдя последний проток, с криком «ура» бросились на длинные линии бухарцев в штыки, все бежало, оставив нам 21 орудие и массу оружия.
Наша потеря составила около 40 человек. На другой день, этой победы, русские войска вступили без боя в священный для мусульман город Самарканд.
В течение последовавшего затем месяца генерал Кауфман, рядом успешных действий, подчинил значительную часть Зеравшанской долины (Нашими отрядами были взяты укрепления Ургут, Челек и селение Кара-Тюбе. Но за недостатком сил, войска наша, разрушив укрепления, отступили к Самарканду), а 2-го июня нанес решительное поражение эмиру на Зерабулакских высотах, впереди г. Каты-Кургана по дороге в Бухару (В 70 верстах от Самарканда.). Большая часть регулярной пехоты бухарцев погибла в этом деле. Тысячи трупов в новых красных куртках покрывали поле сражения. Мы потеряли около 50 человек убитыми и ранеными. Путь на Бухару сделался открытым, и наш отряд, подвигаясь безостановочно, мог овладеть беспрепятственно этим пунктом. К счастью, генерал Кауфман, обладавший прозорливостью полководца, не увлекся возможностью легких дальнейших успехов, обратил внимание на обеспечение тыла наших войск и повернул отряд обратно к Самарканду. Это движение не только обеспечило достигнутые наш успехи в 1868 году, но можно думать, что от своевременности его зависела участь вообще всех наших завоеваний в Азии с 1863 года.
С уходом отряда из-под Самарканда, мы оставили на фланге и в тылу у себя многочисленное, воинственное население горных округов Шахрисябзя (Шаара и Китаба). Движение наших войск по направленно к Шаару до сел. Кара-Тюбе и возвращение к Самарканду рассматривались жителями Шаара и Китаба, как победа над нами. Энергичный правитель этой горной области, почти независимой от Бухары — Джура-бек стал во главе обширного заговора против русских. По составленному плану, бухарские войска не должны были принимать бой с главным русским отрядом и им ставилось целью, отступая, завлекать русские войска все далее и далее от Самарканда. В то же время в тылу русских подготовлялось решительное нападение на Самарканд с целью овладеть этим пунктом. Основную силу нападавших должны были составить от 25 — 30,000 шахрисябцев.