Взятие у русских Самарканда и освобождение трона Тамерлана должно было послужить к общему поголовному восстанию мусульман во всех наших владениях. Хан кокандский участвовал в заговоре и выставил к границам своих владений значительные силы, которые, с получением известия об отнятии у нас Самарканда, должны были двинуться к Ташкенту, соединиться с восставшим населением этого пункта и вырезать русское население города. Положение было весьма серьезное, и малейшая неудача русских войск могла послужить искрою к общему пожару. К счастью, хорошо задуманные замыслы наших врагов разбились о геройскую стойкость гарнизона Самарканда и мудрую предусмотрительность ген. Кауфмана, повернувшего наш отряд после победы 2-го июня к Самарканду.
В состав гарнизона Самарканда входили 6-й Туркестанский линейный батальон, силою 558 человек (С нестроевыми и музыкантами.), 95 сапер, 25 казаков и 94 артиллериста (Большею частью парковых.) с 2 орудиями и 2 мортирами. Цитадель Самарканда (см. план Самарканда), составляла неправильный многоугольник, обнесенный глиняного стеною, вышиной от 3-х до 6-ти сажен и рвом, глубиною до 2-х, а шириною до 10-ти сажен. Старые стены плохо сохранились и в них было несколько проломов с удобовосходимыми эскарпами. Часть цитадели прилегала к садам, а к восточной и южной сторонам стены сплошь примыкали улицы и сакли города. Длина линии огня цитадели доходила до 2 1/2 верст. Внутренняя площадь имела до 450 сажен длины, до 300 сажен ширины и вся была занята казармами, саклями, несколькими мечетями, кладбищем и дворцом эмира, в котором на тронном дворе помещался знаменитый Кок-таш (зеленый камень), составлявши троп Тамерлана. Из цитадели в город вели двое ворот: Бухарские и Самаркандские. Цитадель командовала городом, но внутренняя ее площадь обстреливалась с прилежащих к стене сакель и особенно с мечетей.
Эспланады вокруг цитадели не было, а работы по приведению ее в оборонительное положение, при массе требовавшегося труда, не могли дать существенных результатов.
Гарнизон был широко снабжен боевыми запасами, продовольствием и водою. В лазарете в цитадели лежало 450 больных.
Комендант майор Штемпель еще за два дня до нападения, по волнению, охватившему население города, ожидал измены. Поэтому попытка выманить гарнизон в поле, отрезать ему обратный путь и атаковать в это время цитадель — не увенчалась успехом. При известии об опасности, общее одушевление охватило не только гарнизон, но и всех русских, находившихся в Самарканде. Оставшиеся по разным причинам офицеры, чиновники, купцы, слабые, больные, — все изъявили желание стать в ряды и образовали команду в 140 человек. Несколько бухарских орудий, приспособленных к действию и расставленных на важнейших пунктах, принесли большую пользу. Масса доставшихся нам бухарских гранат обращены и подготовлены для сбрасывания их руками со стен и составили очень хорошее средство близкой обороны.
2-го июня, в 4 часа утра, когда наши войска главного отряда собирались атаковать бухарцев на Зерабулакских высотах, в 70 верстах от Самарканда, 40,000 — 50,000 шахрисябцев, жителей Самарканда и долины Зеравшана с барабанным боем, при звуках труб, с криками ур! ур! наводнили улицы Самарканда и бросились на штурм цитадели. Из прилегающих к стенам сакель и садов открылся по цитадели неумолкаемый огонь. Одно орудие и большие фальконеты, втащенные на крыши мечетей Самарканда, поражали всю внутренность цитадели, били по лазарету и по двору ханского дворца, где стоял наш резерв. Массы осаждающих повели атаку цитадели одновременно в семи местах. В особенности их усилия были направлены на двое ворот, на проломы близ этих ворот, на стены против кладбища, Калитку против родника и проломы у западной степы. Тяжело приходилось нашему малочисленному гарнизону. Но правильно размещенные для обороны и геройски руководимые офицерами, наши слабые силы делали чудеса. Прорвавшиеся толпы противника были встречены ударом в штыки, а быстро подоспевший, где была наибольшая опасность, общий резерв докончил их поражение. Первые приступы были отбиты.
В разных местах вдоль стены неподвижно лежали кучи бухарцев, заплативших жизнью за свою храбрость. Но и нам этот первый успех стоил дорого: мы потеряли до 80 человек убитыми и ранеными и в том числе 5 офицеров.
К ночи 2-го июня и во все семь последующих дней осады расположение наших сил в Самарканде, в общем, было следующее:
Бухарские ворота защищались ротою сапер, слабыми 9 батальона, пешими казаками и одним батарейным орудием, под начальством подполковника Назарова, ставшего душою обороны.