Пролом у бухарских ворот, западный исходящий угол защищались стрелковою ротою 6-го линейного батальона. Самаркандские ворота и пролом правее их — 1-ю ротою того же батальона и батарейным орудием, под начальством капитана Шеметилло.
Кладбище и стена против него — 3-ю ротою 6-го батальона и двумя бухарскими орудиями. Стену против Сарбазского двора защищала 2-я рота 6-го батальона и одна мортира. Наконец западная стена была занята фурштатами, писарями, музыкантами и слабыми разных батальонов. На каждом из указанных участков был оставлен частный резерв, который и принимал в штыки прорывавшихся внутрь цитадели.
В общем резерве, в распоряжении спокойного, энергичного коменданта остались взводы 1 и 3 рот, слабые 9 батальона и 2 бухарских орудия.
Ночью приступы возобновились. Неприятель зажег ворота. Самаркандские ворота удалось потушить и устроить в них амбразуру, через которую били по атакующим картечью, но бухарские ворота пришлось разрушить, выстроив за ними завал, за которым поставлено и орудие.
В 4 часа утра 3 июня штурм возобновился во всех пунктах. Неприятель, бросившийся к Самаркандским воротам с горящими головнями, мешками пороха успел снова зажечь их и частью разрушить. Ворота заложили мешками с землей. Атакующее, встреченные картечью, ручными гранатами и ружейным огнем, не смотря на несколько раз повторенные попытки, не могли проникнуть внутрь.
В 5 часов утра неприятель ворвался в довольно больших силах в пролом левее Бухарских ворот, но, встреченный гранатами и дружным ударом в штыки, отступил.
В 10 часов утра большие силы неприятеля одновременно ворвались в цитадель с двух сторон: с западной против провиантского склада и с восточной, в пролом правее Самаркандских ворот. Внутри цитадели завязался горячий бой. Больные и легко раненые, оставив госпиталь, бежали к провиантскому складу и умирали в рукопашном бою. Музыканты, фурштаты, писаря вели неравную борьбу с неприятелем. Подоспевший общий резерв решил бой в нашу пользу. Противник был опрокинуть к стене и сброшен с нее. Ворвавшихся в пролом у Самаркандских ворот встретил храбрый Шеметилло. Искусно укрыв свою роту, он зорко наблюдал за действиями противника. Вот, оттеснив наших стрелков, на проломе показались сперва одиночные люди, затем десятки неприятеля. Солдаты роты Шеметилло рванулись вперед. Шеметилло остановил их словами: «Пусть войдут!...» И действительно только когда их спустилось большое число, он неожиданным ударом в штыки быстро переколол уже торжествовавших успех сартов.
В 11 часов утра новая сильнейшая опасность угрожала нам со стороны Бухарских ворот. Толпы фанатиков пошли на отчаянный приступ на завал перед воротами и на стену по сторонам их. Они лезли, цепляясь железными кошками, одетыми на руки и на ноги, подсаживая друг друга. Защитники завала, на половину перебитые, пришли в замешательство, особенно когда пал убитый на орудии храбрый поручик Служенко, кричавший, умирая: ура! братцы! Пли! Уже наше орудие было во власти противника, уже его повернули, чтобы тащить из ворот, но Назаров был близко. Собрав и ободрив защитников, остановив отступавших, подкрепив их несколькими десятками слабых и казаков, составлявших частный резерв участка, Назаров бросился во главе всех в штыки, опрокинул неприятеля и, увлеченный успехом, преследовал его за ворота по улицам города.
Попытка противника проникнуть у кладбища тоже не имела успеха.
В 5 часов пополудни повторился общий штурм, отбитый на всех пунктах. Преследуя противника, нам удалось выбить его из прилежащих к стене сакель и зажечь их. Второй день стоил храбрым защитникам Самарканда 70 человек убитыми и ранеными. В оба дня убыло 150 человек, т. е. 25% обороняющихся. Остальные, не сходившие со стен двое суток, были сильно утомлены.
Не надеясь при подобной потере и в последующие дни отстоять всю цитадель, непоколебимо мужественный майор Штемпель начал подготовлять ханский дворец, как редюит. Туда были перенесены снаряды, продовольствие, больные и все запасы пороха. Вокруг дворца притуплено к устройству эспланады. Решено защищаться до последней крайности, затем перейти в редюит, и при невозможности отстоять его, взорваться на воз-дух. Но самые тяжелые дни уже прошли для храброго гарнизона.
Джура-бек, узнав о поражении бухарцев, не выполнивших общего плана, а принявших бой 2 июня, отступил и увел с собою много храбрых бойцов. Тем не менее противники наши, располагавшие еще 20 — 25,000 вооруженных людей, не отчаивались в успехе.
4-го, 5, 6 и 7-го июня ежедневно по несколько раз повторялись атаки на пролом и ворота. Стрельба тоже не умолкала, но наш гарнизон, не смотря на крайнее утомление, не смотря на новые значительные потери, не только отбивал неприятеля, по делал вылазки в город и жег его. По ночам вследствие утомления обеих сторон наступало, как бы по взаимному соглашение, сравнительное затишье.