Это отступление, принимаемое за поражение, усилило фанатическое возбуждение в Бухаре и способствовало волнениям в занятых нами местностях. Раннею весною 1866 года эмир с многочисленным войском двинулся к Ташкенту.
Вновь назначенному на место генерала Черняева, генералу Романовскому предписано было не распространять наших владений, не отказываясь в тоже время от таких действий и распоряжений, которые были бы для нас необходимы.
Из вновь присоединенных земель образована Туркестанская область с подчинением ее Оренбургскому генерал-губернатору. 8-го мая 1866 года ген. Романовский атаковал с 3,000 чел. армию эмира Бухарского в 35,000 чел. на Ирджаре близ Чиназа, разбил ее на голову, захватив весь лагерь и 10 орудий. После этой победы наш отряд двинулся к г. Ходженту, занимающему весьма важное стратегическое положение (Он лежит на р. Сырдарье и составляете как бы ключ к входу в Кокандское ханство и узел путей в Ташкент, Коканд и Бухару.). Пункт этот уже был занят бухарскими войсками. Овладев этим пунктом, мы разъединяли ханство Кокандское и Бухарское и прочно обеспечивали за собой течение Сырдарьи. Городская ограда Ходжента, длиною 11 верст, состояла из двойного ряда весьма высоких и толстых стен, усиленных фланкирующими башнями и барбетами. 17-го мая отряд наш подошел к городу и, после короткой осады, 24-го мая взял город штурмом, по лестницам. Построенная в день штурма в 60 саженях от стены брешь-батарея сбила зубья стены, обсыпала барбет, но не много облегчила штурм. Наши молодцы, имея офицеров впереди, в 2 часа дня бросились на стены по лестницам под градом пуль, камней и ударов холодным оружием. Многие падали, но на смену их являлись новые. Первый приступ одной из колонн был отбит. Подкрепленные из резерва, войска наши возобновили штурм и на этот раз ворвались на стену, а затем и в город. Бой шел в улицах города, и только к 7 часам пополудни город сдался. Мы взяли большое знамя, 13 орудий, потеряв убитыми и ранеными 7 офицеров и 76 нижних чинов; кроме того контужено на штурме 57 человек.
С приездом к отряду командующего войсками Оренбургского военного округа генерала Крыжановского, отряд был двинуть вперед на встречу бухарским войскам и овладел 2-го и 18-го октября 1866 года двумя крепостями: Ура-Тюбе и Джизаком, считавшимися неприступными. Обе крепости были взяты штурмом. На этот раз артиллерии предоставлена более видная роль, чем то было при предыдущих штурмах и при том с полным успехом. Весьма искусным действием наших батарей, с самых близких дистанций, в степах образовывались значительные обвалы, по которым и производился штурм. В Ура-Тюбе, после 150 брошенных с бреш-батарей гранат, образовались две бреши, из коих одна имела около 2-х сажен ширины и по высоте около одной сажени. Кроме брешей, для отвлечения внимания противника, штурмовались и другие участки стены по лестницам. При этом главные потери ложились именно на штурм по лестницам. В особенности тяжел был штурм Ура-Тюбе в колоннах генерального штаба капитанов Шауфуса и Глуховского под общим начальством графа Воронцова-Дашкова. В колонне первого из них, составленной из двух рот 1-го Туркестанского стрелкового батальона и команды сапер, силою 250 человек, выбыло из строя убитыми и ранеными 77 человек, а в другой колонне той же силы – 74 человека. Храбрые стрелки, несшие тяжелые из сырого дерева лестницы, по 30 человек на каждую, ошибочно спустили их в ров тонкими концами, а толстыми перекинули на стену. Вслед за тем колонна бросилась в ров и все оспаривали честь лезть первыми. Град пуль, камней, бревна сыпались на атакующих. Первым вскочил командир одной из рот капитан Грипенберг, но едва успели последовать за ним несколько стрелков, как лестницы, под тяжестью бросившихся на них людей, обломились. Не растерявшись, наши храбрецы, уже бывшие на стене, бросились вдоль ее к ближайшей башне, расчищая себе путь холодным оружием; достигли ее, заперлись там и защищались, пока наша колонна, выломав ворота бревнами (которые бросали осажденные), ворвалась в крепость. Штурм Ура-Тюбе обошелся нам дорого. В числе 7 выбывших из строя офицеров 3 было убитых. Колонне капитана Баранова, штурмовавшей по артилл. бреши, удалось быстрее других и с меньшими потерями овладеть стеною и проникнуть в город.
Наши трофеи при взятии Ура-Тюбе и Джизака были 20 знамен, 39 орудий. Наши потери убитыми и ранеными составили 224 человека.
Вновь образованная Туркестанская область прикрыла собою всю степь с кочевым киргизским населением и сделала ее нашим внутренним владением. Вместе с тем установилось и спокойствие в степи. Но замирив степь, мы вошли в непосредственное соприкосновение с тремя среднеазиатскими ханствами: Кокандским, Бухарским и Хивинским, которые не признавали международных обязательств и покорялись только силе. В то же время в восточных областях Китая (восточном Туркестане) быстро развилось с 1862 по 1865 год Дунганское восстание, в результате которого, в отложившихся от Китая областях, возникло в 1867 году два новых мусульманских владения: в Кульдже и главное в Кашгарии, под управлением нашего давнишнего противника Якуб-бека, сражавшегося против нас еще под Ак-Мечетью. Явилось справедливое опасение общего союза мусульманских владений для борьбы против гяуров (не-верных) — русских. Между тем, наши пограничные войска были подчинены двум независимым один от другого начальникам (округа Алатавского из г. Верный и области Туркестанской из г. Ташкента), подчиненным, в свою очередь, один — Западно-Сибирскому, другой — Оренбургскому генерал-губернаторам. При отсутствии телеграфа и расстояниях до 2,000 верст (Ташкент-Оренбург) о единстве действий не могло быть и речи. В устранение этих недостатков и с целью дать вновь занятым местностям правильное гражданское устройство, в 1867 году было образовано Туркестанское генерал-губернаторство и военный округ, в состав которого вошли Туркестанская область и Семиреченская, составленная из частей Семипалатинской области и Алатавского округа.