Наши трофеи при взятии Ура-Тюбе и Джизака были 20 знамен, 39 орудий. Наши потери убитыми и ранеными составили 224 человека.
Вновь образованная Туркестанская область прикрыла собою всю степь с кочевым киргизским населением и сделала ее нашим внутренним владением. Вместе с тем установилось и спокойствие в степи. Но замирив степь, мы вошли в непосредственное соприкосновение с тремя среднеазиатскими ханствами: Кокандским, Бухарским и Хивинским, которые не признавали международных обязательств и покорялись только силе. В то же время в восточных областях Китая (восточном Туркестане) быстро развилось с 1862 по 1865 год Дунганское восстание, в результате которого, в отложившихся от Китая областях, возникло в 1867 году два новых мусульманских владения: в Кульдже и главное в Кашгарии, под управлением нашего давнишнего противника Якуб-бека, сражавшегося против нас еще под Ак-Мечетью. Явилось справедливое опасение общего союза мусульманских владений для борьбы против гяуров (не-верных) — русских. Между тем, наши пограничные войска были подчинены двум независимым один от другого начальникам (округа Алатавского из г. Верный и области Туркестанской из г. Ташкента), подчиненным, в свою очередь, один — Западно-Сибирскому, другой — Оренбургскому генерал-губернаторам. При отсутствии телеграфа и расстояниях до 2,000 верст (Ташкент-Оренбург) о единстве действий не могло быть и речи. В устранение этих недостатков и с целью дать вновь занятым местностям правильное гражданское устройство, в 1867 году было образовано Туркестанское генерал-губернаторство и военный округ, в состав которого вошли Туркестанская область и Семиреченская, составленная из частей Семипалатинской области и Алатавского округа.
Назначенному Туркестанским генерал-губернатором, генерал-адъютанту Кауфману предоставлено право вести непосредственные переговоры с соседними среднеазиатскими владениями, объявлять войну и заключать мир.
Прибыв в край в ноябре 1867 года, ген. Кауфман, несмотря на волнения в населении, обратил главное внимание на устройство внутреннего управления краем и всеми силами стремился к мирному соглашению с правителями среднеазиатских ханств. По отношению к Кокандскому ханству, это удалось вполне. С Худояр-ханом кокандским был заключен договор, открывший ханство русской торговле: договор действовал все время до 1875 года, когда восставшее население изгнало дружественного нам хана и вынудило нас к походу и завоеванию ханства. Но переговоры с Бухарою не привели к желательным результатам. Эмир добивался очищения нами Ура-Тюбе и Джизака, чего нельзя было сделать, не подорвав значения нашего в Азии, ибо такой акт был бы истолкован, как признание слабости русских перед Бухарою. В тоже время эмир собрал в Самарканде многочисленную армию, нанял на службу до 10,000 туркмен и вел переговоры с Хивою, Кашгаром и Афганистаном об образовании общего союза для борьбы с русскими.
Поход 1868 года под Самарканд.
Весна 1868 года началась тревожно. В марте месяце эмир, под давлением духовенства, торжественно объявил газават. Известие об этом было встречено сочувственно всеми мусульманами. Проповедники газавата явились на базарах Ташкента, Ура-Тюбе и Джизака и волновали народ. В занятых нами городах начались нападения на одиночных солдата и часовых. Население Ташкента тоже волновалось; эмир становился все настойчивее в своих требованиях и, наконец, стал явно готовиться перенести борьбу в наши пределы. Бухарские многочисленные шайки показались в окрестностях Яны-Кургана и Джизака, где стояли наши передовые отряды, и прервали сообщение между ними, производившееся не иначе, как только «оказиями» с сильными прикрытиями. Шайки появились даже под Ташкентом. Так было произведено нападение на казачий пост в Кураминском уезде. Волнение передалось также и каракиргизам Семиреченской области.
При таком положении дела неизбежность вооруженной борьбы с Бухарою стала очевидною. Предстояло решить только: будет ли эта борьба с нашей стороны оборонительная или наступательная. Генерал Кауфман решил, что для оборонительной войны у нас недостаточно войск для прикрытия обширных границ от вторжения противника и для борьбы внутри наших пределов с бухарцами и с восставшим населением. (Восстание населения с приближением бухарских войск к Ташкенту признавалось неизбежным.) Наоборот, быстрый и решительный удар, нанесенный бухарцам в центре их средоточия, обещал скоро затушить начинавшийся в мусульманском мире общий пожар.