Не надеясь при подобной потере и в последующие дни отстоять всю цитадель, непоколебимо мужественный майор Штемпель начал подготовлять ханский дворец, как редюит. Туда были перенесены снаряды, продовольствие, больные и все запасы пороха. Вокруг дворца притуплено к устройству эспланады. Решено защищаться до последней крайности, затем перейти в редюит, и при невозможности отстоять его, взорваться на воз-дух. Но самые тяжелые дни уже прошли для храброго гарнизона.
Джура-бек, узнав о поражении бухарцев, не выполнивших общего плана, а принявших бой 2 июня, отступил и увел с собою много храбрых бойцов. Тем не менее противники наши, располагавшие еще 20–25,000 вооруженных людей, не отчаивались в успехе.
4-го, 5, 6 и 7-го июня ежедневно по несколько раз повторялись атаки на пролом и ворота. Стрельба тоже не умолкала, но наш гарнизон, не смотря на крайнее утомление, не смотря на новые значительные потери, не только отбивал неприятеля, по делал вылазки в город и жег его. По ночам вследствие утомления обеих сторон наступало, как бы по взаимному соглашение, сравнительное затишье.
7-го июня в 11 часов вечера, гарнизон цитадели Самарканда увидел с неподдающимся описанию чувством радости ракету, возвестившую прибытие к Самарканду действующего отряда. Утром 8-го наши войска главного отряда атаковали Самарканду соединились с гарнизоном, сделавшим энергичную вылазку, и овладели всем городом. Неприятель бежал. За вероломный поступок жителей Самарканда, принявших наше подданство и затем восставших, город был сожжен, а имущество жителей отдано войскам на три дня.
При известии об этой новой победе русских войск, стоявший на наших сообщениях с Ташкентом Абдул-Гафар, с 15,000 конницы, быстро отошел и распустил свои скопища. Равно затихли приготовления к восстанию жителей Ташкента и приготовления к войне хана Кокандского.
Эмир Бухарский просил мира, который и был ему дан на следующих условиях:
Бухара признала за Россиею все завоевания, сделанные с 1865 г., и уплатила за военные издержки 500,000 руб. Русским купцам предоставлено право свободной торговли во всех городах Бухары. Невольничество уничтожено. В общем 1868 год дал России полную победу над бухарцами и увеличение наших владений цветущим Зеравшанским округом. Но поход этого года дорого обошелся нашим войскам. Мы потеряли убитыми и ранеными свыше 350 человек и, по окончании похода, в войсках отряда считалось больных свыше 600 чел.(По преимуществу дизентерией.)
Заключенный с бухарцами мир поддерживается и теперь. Владея Самаркандом, мы владеем всею водою Бухарского ханства. Такая зависимость дает нам власть мирно править бухарцами уже 30 лет и делает эмира нашим вассалом. Мало того, мы сами несколько раз поддерживали власть эмира силою оружия против непокорных подданных.
Весь 1869 год ушел на устройство вновь завоеванного края, и только в августе 1870 года мы могли наказать шахрисябцев за их нападение на Самарканда Отряд наших войск, силою 1,300 человек, 11-го августа подошел к Шаару и Китабу, а в ночь на 14-е августа Шаар взят штурмом, после ускоренной осады в течение трех суток.
Первый случайный штурм, произведенный днем 13-го августа по инициативе частных начальников, не имел успеха. Мы были отбиты с большою потерею. Начальник отряда генерал-майор Абрамов, раненый в живот, остался в строю и, не потеряв сам веру в успех, успел вдохнуть ее в подчиненных, несколько обескураженных неудачею. Штурм был повторен на рассвете 14-го числа, когда противник, шумно праздновавши победу, не ожидал нас. Тихо подошли наши роты с штурмовыми лестницами к стенам, тихо влезли на них и неожиданно ударили на пирующих азиатов. Зажженные в разных местах запасы сена увеличили суматоху. После короткого рукопашного боя, население Шаара и Китаба (окруженных общею оградою) сдалось. Мы взяли 4 значка, 29 орудий. Потеря наша убитыми и ранеными составила 127 человек, в том числе 8 офицеров.
Не желая распространять еще более наши владения, мы отдали Бухарскому эмиру непокорное ему до того времени бекство Шахрисябское, завоеванное нами.
В 1871 году потребовалось движете наших войск в другом направлении. Кульджинский хан, несмотря на все делаемые ему предостережения, волновал подданное нам киргизское население, переманивал его в свои пределы и давал убежище всем, не желающим платить подать, или совершившим преступление. Весною 1871 года откочевка в пределы Кульджинского ханства наших киргиз приняла обширные размеры, а именно: откочевало до 1,000 кибиток (5,000 душ). На нашей границе появились вооруженные шайки и начались нападения на наши разъезды. Командующему войсками Семиреченской области генерал-майору Колпаковскому предписано было собрать отряд и смирить Кульджинского хана. Быстро двинутый вперед отряд наш нанес войскам, выставленным ханом, целый ряд поражений. 21-го июня хан сдался. Наши трофеи состояли из 19 орудий. Мы потеряли за весь поход всего до 80 чел. убитыми и ранеными.