Когда солдаты двигались мимо ворот Харрана, на них напали мусульмане из гарнизона крепости и из-за царившей вокруг неразберихи перебили столько же турок, сколько и франков, которых те преследовали. Армии из Антиохии удалось покинуть поле боя без серьезных потерь. Войску Эдессы повезло меньше — почти все солдаты были захвачены в плен или убиты. Патриарха Бернарда охватил такой ужас, что он отрезал хвост своей лошади, опасаясь, как бы какой-нибудь турок не поймал его таким образом, хотя к тому времени враг уже пропал из вида.
Одним из первых франков, захваченных в плен, стал архиепископ Бенедикт. Однако благодаря то ли уступке со стороны поймавшего его человека, прежде бывшего христианином, то ли контратаке, предпринятой антиохийцами, его почти сразу спасли. Балдуин и Жослен бежали на одной лошади, но, когда они пытались переплыть реку, их захватили в плен. Затем их привели в палатку Сокмана.
Вполне обоснованно опасаясь того, что теперь турки нападут на Эдессу, Боэмунд и Танкред стали спешно организовывать оборону города. И снова бедственное положение соратника оказалось выгодно Танкреду. Оставшиеся в Эдессе рыцари во главе с архиепископом стали умолять его взять на себя управление графством до тех пор, пока Балдуина не освободят из плена. Танкред с радостью согласился, а Боэмунд, как и Балдуин I за четыре года до этого, с облегчением отпустил племянника. Танкред вместе с остатками войска Эдессы и солдатами, которых ему сумел выделить Боэмунд, готовился защищать графство. Сам Боэмунд направился обратно в Антиохию, понимая, что соседи не упустят возможности воспользоваться неудачей франков.
Битва при Харране стала дополнением к крестовому походу 1101 г., так как они способствовали крушению легенды о непобедимости франков. Вследствие поражения 1101 г. жившие в Северной Сирии франки лишились пополнения с Запада, необходимого для сохранения господства в регионе, а поражение при Харране свидетельствовало о том, что графство Эдесса обречено, а Алеппо никогда не перейдет франкам.
Клин, с помощью которого франки планировали разделить три исламских центра в Анатолии, Ираке и Сирии, оказался вбит ненадежно. И выгоду от этого получили не только мусульмане. Разъяренный византийский император вряд ли жалел о крушении планов франков.
Непосредственные последствия всех этих событий оказались не настолько фатальными. Союз между Сокманом и Джекермишем распался почти сразу после того, как они одержали победу. Туркмены, солдаты первого из них, получили львиную долю пленников и добычи, что не могло не вызывать зависть второго. Служившие у него сельджуки напали на палатку Сокмана и увели Балдуина. Туркмены пришли в ярость, но Сокман взял себя в руки и сделал все возможное, чтобы не позволить им нанести ответный удар. Он смирился с потерей ценного пленника и, захватив с помощью простой уловки — Сокман переодел своих солдат в одежду пленных и убитых франков — несколько небольших приграничных крепостей христиан, отошел к Мардину и больше не принимал участия в войне. Джекермиш продолжил сражаться. Первым делом он, чтобы обезопасить себя от Сокмана, захватил замки франков в Шахбактане, что к востоку от Эдессы, а затем выдвинулся к столице.
Благодаря неспешности франков мусульманам удалось сохранить за собой Харран. Теперь же из-за промедления, допущенного приверженцами ислама, христиане сохранили контроль над Эдессой. Танкред получил отсрочку, позволившую ему восстановить оборонительные сооружения города и противостоять первому нападению армии Джекермиша, в чем ему также во многом помогли верность и отвага, проявленные местными армянами. Однако угроза, исходившая от противника, была настолько сильной, что он спешно отправил к Боэмунду гонца с просьбой о помощи. Тот был занят решением собственных проблем, но понимал, что избавление Эдессы от угрозы является делом первостепенной важности. Он тотчас же отправился на помощь племяннику, но из-за плохого состояния дорог войско Боэмунда продвигалось медленно. Охваченный отчаянием Танкред приказал своему гарнизону совершить перед рассветом вылазку в стан врага. Под прикрытием темноты его люди напали на ничего не подозревающих спящих турок, а прибытие Боэмунда и его солдат довершило победу. Джекермиш спешно бежал, покинув лагерь и все хранившиеся там сокровища. Христианам удалось отомстить за поражение в битве при Харране, с одной стороны, и защитить Эдессу — с другой.
Среди тех, кто попал в плен к Танкреду, оказалась девушка очень знатного происхождения, жившая при дворе сельджукского эмира. Джекермиш высоко оценил эту пленницу и предложил противнику заплатить за ее свободу 15 000 безантов или обменять ее на самого графа Балдуина. Когда об этом предложении стало известно в Иерусалиме, король Балдуин поспешно отправил Боэмунду письмо с просьбой не упустить такую прекрасную возможность освободить графа. Однако Боэмунду и Танкреду нужны были деньги, а после возвращения Балдуина последнему пришлось бы снова расстаться с властью и подчиниться дяде. В итоге дядя и племянник ответили, что, с одной стороны, слишком быстро принимать предложение, продемонстрировав при этом свою заинтересованность, не стоит, а с другой, если они будут долго колебаться, Джекермиш может повысить цену. Тем временем они ответили эмиру, что предпочитают получить деньги, и в итоге Балдуин остался в плену.