До 23 января 2006 года доктор Дебейки оставался под домашним наблюдением, после чего был госпитализирован для более тщательного обследования. Аневризма выросла до 6,78 см. На следующий день внутристеночная гематома (скопление крови внутри стенки артерии) еще больше увеличилась в размере. Доктор Дебейки решил остаться под наблюдением. Двадцать девятого января один из его лечащих врачей подписал распоряжение о мерах искусственного поддержания жизни, исключающее проведение интенсивной реанимации, но подпись самого Дебейки под ним так и не появилась. На мой вопрос о том, какие действия мы должны предпринять, если он не сможет сам принять решение о дальнейшем медицинском обслуживании, он ответил: «Поступайте так, как сочтете нужным». Девятого февраля магнитно-резонансная ангиография (МРА) показала дальнейшее увеличение аневризмы до 7,798 см с усилением экссудативного перикардита и плеврального выпота (скопления жидкости вокруг сердца и легких), более выраженного слева. Эти изменения были очень серьезны и указывали на кровотечение из аневризмы с высоким риском разрыва. Признаки поражения мозга на снимках МРА при последующем КТ-сканировании не подтвердились (оказались искажением на снимке). МРА проводилась с применением седативного средства.
Врачи пригласили родных пациента для обсуждения его состояния и возможных вариантов лечения. Семья, состоявшая из жены, дочери, троих сыновей и двоих сестер, остановила свой выбор на операции, полностью осознавая все риски и преимущества других вариантов. Жена подписала разрешение на проведение оперативного вмешательства. Анестезиолог не был готов принимать участие в операции, и семья попросила назначить другого. Для принятия окончательного решения и урегулирования вопроса о мерах поддержания жизни был собран больничный комитет по этике, он дал добро на проведение операции. Мы удалили расслаивающуюся аневризму II типа на восходящем участке аорты и заменили поврежденную ткань дакроновым протезом Дебейки. Был заново подсоединен клапан аорты. Операция проводилась с применением аппарата искусственного кровообращения, глубокой гипотермии и остановки кровообращения. Затем доктора Дебейки отсоединили от аппарата и перевели в отделение интенсивной терапии. Впоследствии он неоднократно отмечал, что одобряет решение провести операцию и рад оставаться в живых. После операции ему какое-то время проводились поддерживающие процедуры, в том числе внутриаортальная баллонная контрпульсация, диализ, трахеостомия и гастростомия. Восстановительный период занял несколько месяцев, но доктор Дебейки ни на минуту не утратил ясности мысли.
Его поддерживали врачи, медсестры, физиотерапевт и члены семьи, и 2 сентября 2006 года он смог наконец выписаться из больницы домой. После выписки доктор Дебейки снова вернулся к работе. По будням после утреннего сеанса физиотерапии он приезжал в свой офис. Старался каждый день хоть немного прогуляться пешком, хотя чаще пользовался электронным креслом-каталкой. Не реже одного раза в неделю посещал своих врачей для осмотра и коррекции лечения. Будучи увлеченным садоводом, приносил выращенные собственными руками помидоры и перцы и угощал ими своих коллег и подчиненных. Он продолжал активно работать, консультировать и ездить на встречи в Техасский медицинский центр в Хьюстоне, где принял участие в открытии стройплощадки для музея и библиотеки Майкла И. Дебейки.
Двадцать первого апреля 2008 года он поехал в Вашингтон, чтобы получить Золотую медаль Конгресса из рук президента Джорджа Буша. Для него было честью получить эту высокую награду и именной медальон. Надпись на медальоне поверх изображения сердца и кровеносных сосудов гласит: «Я посвятил свою жизнь стремлению к совершенству».
Доктор Дебейки продолжал вести насыщенную трудовую и общественную жизнь, с нетерпением ждал своего столетнего юбилея. Одиннадцатого июля 2008 года к нему в гости заехал доктор Готто, чтобы обсудить новое издание книги «Диета здорового сердца». Вечером того же дня я тоже навестил доктора Дебейки, мы вместе перекусили. Он угостил меня овощным супом с перцами из собственного огорода, а себе положил мороженого. Прощаясь, я сказал, что собираюсь на бейсбольный матч своего внука и на неделю останусь в Аспене. Он ответил: «Удачи твоему внуку и до встречи после возвращения из Аспена». Через два часа он неожиданно потерял сознание и уже не открыл глаз. Через пятьдесят восемь дней, 7 сентября 2008 года, ему бы исполнилось сто лет. Доктор Дебейки, вы навсегда останетесь в наших сердцах.