С 1939 г. ФБР занималось только гражданскими и уголовными делами. Военная контрразведка находилась в ведении армии и флота. Однако с началом Второй мировой войны Рузвельт возложил на ФБР прежние обязанности — борьбу со шпионажем и саботажем, а также предотвращение попыток государственного переворота. Под руководством Эдгара Гувера ФБР стало ведущей агентурной организацией, главная задача которой — контрразведка, то есть борьба с японскими, немецкими, советскими шпионскими организациями. Кроме того, ряд подразделений ФБР отвечали за разработку групп коммунистического и профашистского толка. Фактически сотрудники ФБР с этого момента стали выступать в несвойственной им роли тайной политической полиции.
В апреле 1939 г. Конгресс США одобрил, а президент США Рузвельт подписал закон о национальной обороне, разрешающий, в частности, приобрести 6 тысяч самолетов, на что национальным бюджетом было специально выделено 300 миллионов долларов. Закон предусматривал призыв резерва, увеличивающий число офицеров ВВС США до 3203, а обслуживающего персонала до 45 000 человек.
В июне 1939 г. Рузвельт тайно распорядился о том, чтобы все государственные структуры в обязательном порядке доносили в ФБР обо всех фактах, «непосредственно или косвенно относящихся к шпионажу, контршпионажу и саботажу». Тем самым, с 1939 г. ФБР становится головным органом контрразведки США. В сентябре 1939 г. в составе ФБР было воссоздано Управление общих расследований с целью «расследования деятельности групп и граждан, вовлеченных в подрывную, шпионскую и любую другую деятельность, которая создает угрозу национальной безопасности США». Хотя в 1934 году Конгресс и запретил телефонное прослушивание (Закон о средствах связи), но, тем не менее, ФБР с санкции Министерства юстиции продолжало этим заниматься. Руководство министерства трактовало закон, как запрет не на само прослушивание, а лишь на разглашение информации, полученной таким способом.
Вскоре Рузвельт издал секретную директиву, разрешавшую прослушивать телефоны людей, подозреваемых в подрывной антигосударственной деятельности, после чего сотрудники ФБР тайно проникли в нью-йоркский офис Американского молодежного конгресса и перефотографировали некоторые документы, среди которых были письма от Элеоноры Рузвельт, жены президента. Санкционировал шеф ФБР «негласные обыски» и в помещениях черных общин Соединенных Штатов, объясняя это своей озабоченностью по поводу «брожения среди негров». В этот же период американская радиоконтрразведка — в лице Агентства национальной безопасности (АНБ) США — приступила к перехвату советских шифровок.
Парадокс заключался в следующей закономерности: разгул политических репрессий со стороны Бюро расследований приходится на президентство либерала Вудро Вильсона, затем эта деятельность прекращается при консервативном президенте Кэлвине Кулидже и вновь расцветает при либерале Франклине Рузвельте. После начала Второй мировой войны Гувер отдал распоряжение своим подчиненным — подготовить справки на всех лиц, замеченных «в симпатиях к Германии, Италии и коммунизму». Фамилии этих людей заносились в особый список, по которому планировалось провести аресты в случае вступления Соединенных Штатов в войну. Гувер также санкционировал негласные обыски в помещениях дипломатических представительств иностранных держав с целью получения секретной информации.
Объективная необходимость упрочения антифашистской коалиции вынуждала руководителей США и Англии идти на дальнейшее сближение с Советским Союзом. Однако процесс согласования действий проходил в условиях сложной борьбы по ряду политических и стратегических вопросов.
В военное время роль ФБР как главной контрразведывательной службы существенно возросла. Возросли также полномочия и численность аппарата. Если в 1940 году в ФБР работало всего 898 агентов, то к 1943 году — 4000, а в 1945 году уже 4886. При этом общее число сотрудников бюро достигало 14 300 человек.