У часи реакційного режиму в Перу його роман «Місто й пси» (1963) був заборонений. Цю книгу навіть урочисто спалювали у дворі кадетського училища Леонсіо Прадо, де розгортаються події твору. Надто нищівною була критика перуанського суспільства, надто непривабливою була картина того, як формується світогляд підлітків, які згодом стають дорослими громадянами — лихими, егоїстичними, улесливими. Лише поодинокі з них витримують випробування злом, але їм уготована доля самотніх лицарів у боротьбі з несправедливістю.
У цьому романі Льоса вперше застосовує складну композиційну побудову, змушує нас замислюватись, розмірковувати і водночас напружено стежити за перебігом подій, за зміною монологів героїв. Несамохіть читач заглиблюється в химерний світ Льоси, живе усіма подіями разом із ними.
Можна сказати, що в цього письменника саме композиція твору є тим каталізатором, який змінює звичне сприйняття дійсності, змушує подивитися на неї із зовсім несподіваного боку.
Після «Міста й псів» був написаний роман «Зелений Дім» (1966), який приніс Маріо Варгасу Льосі вже світове визнання.
Одержуючи за цей роман премію Ромуло Гальєгоса, письменник сказав: «Треба, щоб суспільство знало, що література — це вогонь, що вона означає нонконформізм і повстання, що суть письменництва полягає в протесті й критиці».
1967 року Льоса напирав повість «Щенята» (укр. переклад 1978), де змальовано життя компанії підлітків, проблеми їхнього змужніння й формування характерів.
У наступному своєму романі «Розмова в «Катедралі» (1969) Льоса показує моральну деградацію перуанського буржуа, що зрадив романтичні ідеали юності. Сантьяго Саваліта, з яким читач зустрічається на початку твору, замолоду поділяв погляди прогресивно настроєних студентських кіл університету Сан-Маркос у Лімі. Але у вирішальну хвилину він зраджує своїх товаришів і деградує остаточно. Роман «Розмова в «Катедралі» — це нищівна критика фальшивих цінностей морально розбещеної буржуазії.
Несподівано для своїх шанувальників Маріо Варгас Льоса вдався й до сатиричного жанру. В романі «Панталеон та відвідувачки» (1973) він розповідає про життя в глибинних провінціях Перу. Тема роману «Зелений Дім» тут виразано продовжується. Тепер бордель для військових — це такий самий Зелений Дім, як і в П’юрі, тільки на колесах, роз’їзний. Своїм твором автор гостро засуджує порядки в перуанській армії.
Після сатиричного роману «Тітонька Хулія й писар» (1977), в якому йдеться про пригоди молодого письменника, з’явився друком роман «Війна наприкінці світу» (1981). В творчому доробку Льоси він найбільший за обсягом і, як зазначає критика, найепічніший. Події розгортаються наприкінці XIX століття у віддаленій частині Бразілії. Народне повстання набирає час від часу то прогресивного, то реакційного спрямування. Головна постать твору, фанатичний проповідник Консехаро, веде за собою народні маси, але, одержимий релігійними ідеями, доходить до абсурду в своїх вимогах, і тому події закінчуються трагічно.
Останній роман Маріо Варгаса Льоси «Хто вбив Паломіно Молеро?» (1986) — це історія розслідування вбивства молодого солдата Паломіно Молеро. Впродовж розслідування письменник, як завжди, не шкодуючи сатиричних фарб, змальовує військових та цивільних, які прямо чи опосередковано замішані в цьому вбивстві; він показує, що коли за злочином стоять «сильні світу цього», то правду знайти неможливо, хоч як би цього хотіли слідчі.
Маріо Варгас Льоса ще й автор двох літературознавчих книг «Гарсія Маркес: історія одного міфа» (1971) та «Невпинна оргія: Флобер і «Мадам Боварі» (1975), трьох п’єс «Сеньйорита з Тасни» (1981), «Каті й гіпопотам» (1983), «Ля Чунга» (1986). Літературознавчі статті та есе, які він написав протягом двадцяти років (1962–1982), видано окремим томом «Проти вітру й хвиль» (1983). Льоса відзначається умінням побачити потрібну деталь, сконцентрувати на ній увагу читача й досягти ефекту, часом більшого, ніж, можливо, розраховував сам письменник. Як-от у романі «Зелений Дім».
Попервах цей роман може здатися читачеві досить важким. Незвична композиційна побудова, химерно сплетені часово-просторові виміри, зміщені логічні зв’язки різних сюжетних ліній. Десь посередині твору читач зрештою віднаходить змістовий зв’язок подій, і тільки наприкінці стає зрозумілою вся структура роману, розвиток сюжетних ліній, сповнених драматизму, а то й трагізму, відчуттям апокаліптичної безвиході. Через таку своєрідну композицію створюється ілюзія того, що всі події в творі відбуваються майже воднораз, час набирає лінійного виміру, паралельність усіх подій наближає минуле до сучасного, підкреслює їхній нерозривний зв’язок, взаємозалежність.