У «Зеленому Домі» є елементи традиційного пригодницького роману: погоні, викрадення, пристрасті, втечі, зради, помсти, бійки, романтичні зітхання. І в центрі всього — дім розпусти, який спершу зображено в дещо опоетизованому вигляді, бо він ніби скрашує нудне життя невеличкого містечка П'юра, в певній мірі протистоячи міщанству і святенництву. Але такий Зелений Дім — уже історія, легенда про те, що майже забулося.
Натомість про сьогоденний (для подій роману) Зелений Дім, який, ніби птах фенікс, постав із попелу, відродився завдяки Чунзі, дочці старого арфіста, розповідь ведеться стримано, скупими, чіткими словами. Тут ніякої романтики, ніякої поетизації, лише сувора, принизлива для людської особистості дійсність. І стає зрозумілим, що великої різниці між колишнім і теперішнім Зеленим Домом немає, бо він, по суті, був і лишається осередком морального розкладу. Його образ алегоричний, і аж ніяк не можна стверджувати, що Льоса сумує за минулим часом, бо він переконаний — в його країні завжди панувала несправедливість, хіба лише зовні вона набувала іншого вигляду; завжди проста людина зазнавала принижень. І письменник показує це на численних прикладах.
Оскільки композиційна побудова твору дуже складна, то читачеві напочатку важко простежити усі сюжетні лінії. Виструнчені в послідовний зв'язок, вони виглядають загалом ось так.
Боніфація, викрадена місіонерами з індіанського племені й вихована в монастирі, згодом стає дружиною сержанта Літуми, але після його ув'язнення, розбещена його ж приятелем, опиняється в будинку розпусти. Однак Літума, повернувшись через кілька років, хоч і карає винного, проте нічим не кращий від своїх приятелів, бо знову відсилає зганьблену дружину на «роботу», а сам живе за її рахунок, ще й приятелів утримує.
Це — одна з драматичних любовних ліній роману. Її можна назвати навіть трагічною. За час виховання в місії язичницька чесність і безгрішність Боніфації обертається фанатичною релігійністю, сліпою вірою в черниць-виховательок. Єдиний гріх вчинила Боніфація, коли, пожалівши маленьких дівчаток-індіанок, яких силоміць забрано в місію на виховання, випускає їх на волю. Дівчатка втікають, а її виганяють з місії. Літума закохується в Боніфацію, коли вона працює служницею в домі лоцмана Ньєвеса, одружується з нею й забирає її до рідного міста, щиро вірячи в свою любов і майбутнє подружнє життя. Але невдовзі Літума потрапляє до в'язниці, й відтоді руйнуються всі його плани щодо майбутнього, зникає віра Дикунки-Боніфації в бога і людей. Це — глибока трагедія, хоч і подана вона скупими, стриманими барвами.
Деякі критики називали японця Фусію, іншого героя роману, «мандрівним лицарем», оскільки Льоса зумисно надав йому певних привабливих рис. Однак переконливішою є думка про те, що він просто злочинець, розбійник, який нічим не гребує заради грошей і самоствердження. Завжди найзаповітнішою мрією Фусії було розбагатіти. Отож, очоливши уамбісів, він підмовляє їх грабувати інші індіанські племена, займається контрабандою й певний час живе, як йому заманеться. Але Фусія, як і всі головні персонажі роману, покараний життям, він помирає в лепрозорії, гниючи заживо. Льоса показує, що «зелений дім» — це свого роду замкнуте коло. В такому суспільстві виживає тільки можновладець, а інші приречені на поразку в боротьбі за існування.
Лоцман Ньєвес завжди намагався жити порядно. Силоміць його забирають до війська, та він звідти дезертирує і, випадково опинившись на острові, де владарює Фусія, працює в нього лоцманом, однак участі в злочинах не бере. Врешті Ньєвес тікає від Фусії разом з Лалітою, в яку закоханий, і живе довгий час спокійно, але потім його заарештовують, як прибічника Фусії, і кидають до в’язниці. Лаліта згодом забуває про нього, виходить заміж за жандарма на прізвисько Важкий, народжує йому кількох дітей і стає щасливою матір’ю — одна дитина від Фусії, двоє від Ньєвеса, ще двоє від Важкого. Така доля цієї жінки.
Випущений на волю після довголітнього ув’язнення, лоцман Ньєвес не знає, куди подітися. Його родина вже давно не його родина, а свої кращі роки він провів у в’язниці. Ньєвес наймається знову водити човни десь по маловідомих річках, яких безліч у сельві басейну Амазонки. Там загубиться колись і його шлях.
Поетичний, навіть у чомусь міфологічний, образ дона Ансельмо, завдяки якому в П’юрі певний час панує святкова атмосфера, несе й інше навантаження. Химерний карнавал Зеленому Дому з його десятиліттями не старіючим арфістом доном Ансельмо, що стає символом веселого, легкого життя, раптом обертається на глибоко трагічну історію, перетворюється на жахливу драму.