Однако расправу с Хабаровым можно связывать не только с личными качествами воеводы-самодура. Хабаров вносил с пашни десятый сноп, т. е. натуральный налог. Он был переселенцем с Русского Севера, где десятинной государевой пашни не существовало, и стремился сохранить и утвердить на новом месте традиции родины — продуктовую ренту. Сибирская же администрация считала, что «десятинная пашня оброка прибыльнее», и препятствовала распространению оброка. Поступок Головина можно рассматривать как борьбу администрации с более прогрессивной формой налогового обложения, за принудительное насаждение казенной барщины.
Действуя по своей «воеводской правде», уже после конфискации пашни, Головин потребовал, чтобы Хабаров помог своими деньгами пустой якутской казне. Хабаров это сделать отказался. На этой почве в Якутске произошло его столкновение с Головиным. За дерзость и «невежливые слова» в адрес воеводы Хабаров был брошен в тюрьму. Находясь там, он написал обстоятельную жалобу на воеводу, которую закончил горькими словами: «Впредь… тое пашнишки заводить нечем. Воевода Петр Головин… разорил до конца».
Казалось бы, незаслуженно обиженного и потерпевшего материальные убытки Хабарова не было основания держать в тюрьме. Но у Головина вскоре нашелся повод задержать там Хабарова на два с половиной года. Попытка Головина повысить налоговое обложение нерусского населения вызвала крупное восстание якутов. Они осадили Якутский острог, где находились воевода и его администрация. Восстание было жестоко подавлено. Головин обвинил в подстрекательстве к нему не только русских промышленников, но даже и своих ближайших помощников — воеводу М. Глебова, письменного голову Е. Бахтеярова и дьяка В. Филатьева. Взаимные обвинения администрации разожгли обычную в Сибири воеводскую смуту. В обострившейся обстановке более 100 русских людей было брошено в тюрьму. В причастности к «изменному делу» обвинили и Хабарова. Из тюрьмы он вторично написал челобитную, в которой рассказал о «мучительствах» и разорении его Головиным: о дважды конфискованной пашне, отнятой соляной варнице, о несправедливой замене десятого снопа пятым, об аресте и заточении в тюрьму. В заключение он просил отпустить его в Соль Вычегодскую к семье, «чтоб женишко свое и детишка с правежу освободить… и в государевых податях и долгах расплатиться». «В свое место» на время отъезда «у пашнишки» он просил оставить «братишку своего родного Микифорку Хабарова».
Челобитная Хабарова, как доказательство одной из «вин» Головина, была привезена и передана в Сибирский приказ сторонниками противостоящей воеводе группировки. Их же старанием она попала в руки дьяка Сибирского приказа Григория Протопопова, а затем доложена судье приказа боярину Никите Ивановичу Одоевскому. Из Москвы в Якутск пришел ответ. Поскольку Головина сместили, ответ был адресован сменившим его воеводам Василию Пушкину и Кириллу Супоневу. Им предлагалось выяснить «допряма» и отписать в Москву «не замотчав», «… сколь давно и при котором воеводе ему, Ерофейку, та земля… дана из десятого ль или пятого снопа, и на сколько лет, и что у него с тое земли и иных каких оброков велено имать, и будет ему, Ерофейку, та земля дана из десятова снопа, и для чево Петр Головин у него, Ерофейка, с тое земли взял пятой сноп, а не десятой, и для чево у него те землю и варницу взял… и его, Ерофейка, в Якуцком остроге держал и к Руси не отпускал?»
Как видно из документа, вопросов у Сибирского приказа возникло много. Новые воеводы исполнили поручение. Допросили Ерофея Павловича, свидетелей и отправили в Москву подробную отписку. Через 2 года пришел ответ. Сибирский приказ признал действия Головина неправильными и предложил воеводам Супоневу и Пушкину выдать Хабарову из казны 500 руб. в счет тех убытков, которые он имел при конфискации усть-куцкой пашни, варницы и мельницы. Но казна в Якутске была пуста. И, сославшись на это, воеводы денег Хабарову за понесенные убытки так и не выплатили.
Пока челобитная Хабарова и воеводские отписки шли в Москву, а царские грамоты — из Москвы, прошло несколько лет. За это время Хабаров вышел из тюрьмы, вернулся на Киренгу и снова начал кипучую деятельность.
Натура Ерофея Хабарова была такова, что куда бы он ни пришел и за какое бы дело ни взялся, он всегда и во всем был пионером. Он первым из местных жителей распахал пашню и доказал перспективность земледелия на Лене, первым нашел соль и организовал ее добычу. Теперь он решил принести в Восточную Сибирь практику, широко распространенную в родном Поморье, — самому организовать сельское поселение и стать слободчиком. В середине XVII в. такие сельские поселения — слободы уже имелись в Западной Сибири. А в целом по Сибири их насчитывалось около 20. Государство было вынуждено мириться с созданием слобод на частные средства, поскольку само не могло обеспечить всех переселенцев.