В царствование Ивана IV границы русского государства стремительно расширялись, русские казаки после ермаковских походов в сибирскую землицу бесстрашно двинулось на восток, «встреч солнцу». Учет и межевание земель, картографирование новых территорий становится первейшим государственным делом.
Враждебное окружение русских земель (Крымское, Астраханское, Казанское ханства) обусловило частые столкновения с немирными соседями и определило необходимость расширения границ России, освоения новых земель. За Каменный пояс русские люди прошли задолго до известной эпопеи с походом Ермака в 1581 – 85 гг., однако 90-е годы XVI в. стали переломными. Земли Сибирского ханства простирались от Урала до среднего течения Оби. Земли будущего Алтайского края были за его пределами. О тюркских племенах, кочевавших здесь, летописных сведений не сохранилось [5, 17]. Освоение Сибири русскими людьми совпало с похолоданием климата, т. н. «малым ледниковым веком», ядро холода которого пришлось на 1550–1600 гг., когда русские познакомились с землями в бассейне Верхней Оби. Обживание новых мест в 1600–1800 гг. проходило в условиях далеко не столь комфортных, как в наше время глобального потепления. Часто случались голод и массовый мор людей. Тем не менее, опыт, накопленный ранее, пригодился и при освоении сибирских необъятных просторов.
Народная форма русской колонизации Сибири в первые годы осуществлялась жителями северных русских губерний, где не было боярского и дворянского землевладения. На пути в сибирские земли русские люди столкнулись с воинственными племенами хантов, манси, ненцев, татар, якутов, чукчей, юкагиров и т. д. Сибирь к этому времени была редко, но населена и по-своему обжита. Понадобилось немало времени и сил на русский этап ее освоения, когда шло возведение крепостей для защиты первопоселков, организации пашенного хозяйства, сбора ясака и т. д.
Постепенно, шаг за шагом, преодолевая сопротивление аборигенов, русское крестьянство осваивало сибирские земли. По мере собирания русских земель в XV–XVI веках и усиления власти московских князей, а затем царя Ивана Грозного все большую роль начинает играть дворянское служилое сословие, ставшее прочной опорой самодержавной власти. За службу государь жаловал дворян землями. Разовые «дачи» поместий с течением времени превратились в систему распределения государевых земель – первоначально на правах условного владения. Затем Соборное уложение 1649 г. узаконило право наследования поместных земель потомками служилых дворян (при сохранении условия служения государю), уравняв в правах новоявленных помещиков с родовыми княжеско-боярскими вотчинниками. Уложение 1649 г. считается законодательным актом окончательного закрепощения крестьянства. Теперь помещики получили право не только на труд крестьянина, но и на его имущество и личность, причем навсегда. Отменялись прежние «урочные лета», в течение которых мог проводиться сыск беглых крестьян для возвращения старым владельцам. Крепостное право, по мнению Б.В. Пояркова, способствовало преодолению первого экологического кризиса в России [31].
Сформировалось три крупных отряда земельных собственников: государство, помещики и монастыри (не считая дворцового хозяйства, которому принадлежали земли лично царской семьи). «Черные» земли, населяемые юридически свободными черносошными крестьянами, сохранились только за Волгой и на Русском Севере [8].
К тому времени, когда в 1555 г. Иван IV добавил к царскому титулу «всея Сибирские земли повелитель» от кочевой державы монголов остались разрозненные осколки – Золотая, Белая Орда, а степные и лесостепные сибирские земли оказались в составе Сибирского татарского ханства, с воинством которого пришлось столкнуться казачьей дружине Ермака. В 1598 г. отчаянные казаки разгромили хана Кучума и тем положили начало освоению Сибири. Нынешняя территория Алтайского края была занята различными племенами – алтайцы, кумандинцы, челкарцы, шорцы и др., в хозяйственном укладе которых преобладало скотоводство, охота, рыболовство. В разных пропорциях присутствовало мотыжное земледелие. В степных и лесостепных ландшафтах преобладало пастушеское скотоводство.
Через шесть лет, в 1604 г. на землях томских татар была основана очередная русская сибирская крепость Томск, затем в 1618 г. – Кузнецкий острог, однако распространение русского владычества на более южные районы Приобья случилось не вдруг. Понадобилось почти сто лет для преодоления противостояния воинственных кочевников. Этому помогло изменение геополитической обстановки на юге в результате военного столкновения Китая и Джунгарии.