Наряду с предоставлением Иордании права последовать примеру Египта и заключить собственный мирный договор с Израилем, Осло заложило основу для возможного создания автономного палестинского государства, которое, в идеале, должно было сосуществовать с безопасным Израилем, находящимся в мире со своими соседями. Но старые раны и приманка насилия вместо компромисса между фракциями с обеих сторон оказались слишком сильны, чтобы преодолеть их. Рабин был убит ультраправым израильским экстремистом в 1995 году. Его либеральный преемник, Шимон Перес, пробыл у власти семь месяцев, после чего проиграл внеочередные выборы Биньямину "Биби" Нетаньяху, лидеру правой партии "Ликуд", чья платформа когда-то включала полную аннексию палестинских территорий. Недовольные соглашениями Осло, такие жесткие организации, как Хамас и Палестинский исламский джихад, начали подрывать авторитет Арафата и его партии ФАТХ среди палестинцев, призывая к вооруженной борьбе, чтобы вернуть арабские земли и столкнуть Израиль в море.
После поражения Нетаньяху на выборах 1999 года его более либеральный преемник Эхуд Барак предпринял усилия по установлению более широкого мира на Ближнем Востоке, в том числе наметил решение о двух государствах, которое пошло дальше всех предыдущих предложений Израиля. Однако Арафат потребовал новых уступок, и переговоры потерпели крах. Тем временем, в один из дней сентября 2000 года лидер партии Ликуд Ариэль Шарон во главе группы израильских законодателей совершил намеренно провокационное и широко разрекламированное посещение одного из самых святых мест ислама — Иерусалимской Храмовой горы. Это был трюк, призванный утвердить притязания Израиля на обширную территорию, который бросил вызов лидерству Эхуда Барака и разозлил арабов вблизи и вдали. Четыре месяца спустя Шарон стал следующим премьер-министром Израиля и правил на протяжении всего периода, который стал известен как Вторая интифада: четыре года насилия между двумя сторонами, отмеченные слезоточивым газом и резиновыми пулями, направленными на бросающих камни демонстрантов; палестинскими террористами-смертниками, взорванными у израильского ночного клуба и в автобусах, перевозивших пожилых людей и школьников; смертоносными ответными рейдами ЦАХАЛа и неизбирательными арестами тысяч палестинцев; ракетами, выпущенными ХАМАСом из Газы по израильским приграничным городам, на которые отвечали поставленные США израильские вертолеты "Апач".Израильские вертолеты "Апач", поставляемые США, уничтожают целые кварталы.
За этот период погибло около тысячи израильтян и трех тысяч палестинцев, включая десятки детей, и к тому времени, когда насилие утихло в 2005 году, перспективы разрешения основного конфликта коренным образом изменились. Администрация Буша сосредоточилась на Ираке, Афганистане и войне с терроризмом, и у нее оставалось мало времени для того, чтобы беспокоиться о мире на Ближнем Востоке, и хотя Буш официально поддерживал решение о двух государствах, он неохотно давил на Шарона по этому вопросу. Публично Саудовская Аравия и другие страны Персидского залива продолжали оказывать поддержку палестинскому делу, но их все больше заботило ограничение иранского влияния и искоренение экстремистских угроз собственным режимам. Сами палестинцы раскололись после смерти Арафата в 2004 году: Газа перешла под контроль ХАМАС и вскоре оказалась под жесткой израильской блокадой, а Палестинская администрация под управлением ФАТХ, которая продолжала управлять Западным берегом, стала восприниматься даже некоторыми ее сторонниками как бездарная и коррумпированная.