Порядок использования и охраны земель водного фонда определяется Земельным кодексом и водным законодательством. Вместе с тем к земельным отношениям нормы водного законодательства применяются, если эти отношения не урегулированы земельным законодательством (ст. 3 ЗК РФ).
Разграничение полномочий между Российской Федерацией и ее субъектами в области земельных и водных отношений определяется земельным и водным законодательством, а при необходимости – заключенными в соответствии с ними договорами. В России установлена государственная собственность на водные объекты, которая может быть федеральной или субъекта Федерации.
Муниципальная и частная собственность допускается только на обособленные водные объекты. Изменение русла реки или иное изменение местоположения водного объекта не влечет изменения формы и вида собственности на водный объект. В муниципальной собственности – городских и сельских поселений, других муниципальных образований – находятся воды, предназначенные для местных, муниципальных нужд; ими управляют органы местного самоуправления.
В статье 12 ВК РФ установлено, что собственники, владельцы и пользователи земельных участков, примыкающих к поверхностным водным объектам, могут использовать водные объекты только для своих нужд в той мере, в какой это не нарушает права и законные интересы других лиц. Каждый может пользоваться водными объектами общего пользования и иными водными объектами, если иное не предусмотрено законодательством (публичный водный сервитут). Права лиц, которым водные объекты предоставлены в долгосрочное или краткосрочное пользование, могут быть ограничены в силу договора либо на основании судебного решения в пользу иных заинтересованных лиц (частный водный сервитут). Водные сервитуты могут устанавливаться в целях забора воды, водопоя и прогона скота, использования водных путей для паромов, лодок, других маломерных плавательных средств.
Приоритетным является использование водных объектов для питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения. Пригодность для него поверхностных и подземных вод определяется органами санитарно-эпидемиологического надзора.
Водопользователи, использующие водные объекты для промышленности, энергетики, сельского и лесного хозяйства, обязаны принимать меры по сокращению изъятия и потерь воды, предотвращению загрязнения земель, засорения и истощения водных объектов, обеспечивать сохранение температурного режима.
Гидроэнергетика осуществляет водопользование с учетом интересов других земле– и водопользователей. При этом режим наполнения и сработки водохранилищ соблюдает приоритет питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения, потребности рыбного хозяйства на участках рек и водохранилищ, имеющих важное значение для сохранения и воспроизводства рыбных запасов. Использование водных объектов и земель водного фонда для добычи торфа, извлечения затонувшей древесины, прокладки кабеля и трубопроводов, проведения дноуглубительных, взрывных работ, строительства и эксплуатации подводных и надводных сооружений осуществляется на основании лицензии на водопользование.
Массовый отдых, туризм, спорт, любительское рыболовство допускаются на землях и в местах, устанавливаемых органами местного самоуправления по согласованию со специально уполномоченными государственными органами. Здесь проявляется конкуренция регулирования земель водного фонда и земель рекреационного назначения.
Забор воды для обеспечения пожарной безопасности допускается из любых водных объектов, с использованием любых земельных участков и производится без особого на то разрешения, бесплатно и в количестве, необходимом для ликвидации пожара. Запрещается использовать для иных целей воду из водных объектов, специально предназначенных для обеспечения пожарной безопасности.
Земли запаса как самостоятельная категория земель включает в себя земли, находящиеся в государственной или муниципальной собственности и не предоставленные гражданам или юридическим лицам, за исключением земель фонда перераспределения земель. Такие земли не имеют постоянной определенной цели использования и служат резервом пополнения земель иных категорий.
Вместе с тем земли запаса могут использоваться для краткосрочных проектов – могут проводиться землеустроительные мероприятия: разработка прогнозов, республиканских и региональных программ, схем использования и охраны земельных ресурсов и схем землеустройства; составление проектов образований новых землевладений, отвод земельных участков в натуре; проведение топографо-геодезических, картографических, почвенных, агрохимических, геоботанических и других обследовательских и изыскательских работ и др. Также из земель запаса могут формироваться специальные фонды земель.